多方向かつ段階的に進行する細胞分化における運命決定メカニズムの解明究領域略称:細胞運命制御

組織・研究内容

研究課題名
肝細胞分化におけるエピゲノム修飾制御に関する研究

北村 俊雄
研究代表者
油谷 浩幸
東京大学先端科学技術研究センター・教授
研究室HPE-mail

研究内容

本研究はヒトES細胞から肝細胞への分化系をモデルとして、DNAメチル化やヒストン修飾等のエピゲノム標識がどのように変動するかを明らかにする。分化制御因子が結合すると考えられるオープンクロマチン領域の同定、さらには従来肝細胞分化の制御因子として知られるHNF4、β-catenin、smadなどの転写因子や及びインスレーター蛋白であるCTCF結合部位を同定し、エピゲノム制御機構の解明を目指す。

ヒトES細胞およびin vitroの肝細胞分化系を用いる。また、ヒト成人及び胎児から得られた肝組織、肝癌細胞株についても参照データとして取得する。
肝細胞分化に伴うトランスクリプトーム、DNAメチル化、ヒストン修飾等のエピジェネティックな変動データを収集し、肝細胞特異的なメチル化領域、ncRNAの同定を行う。加えてHNF4αのChIP-seqデータを取得する。

1)細胞分化におけるエピゲノム解析
 1-1. RNA-seq解析
 1-2. ヒストン修飾・DNAメチル化解析
2)分化制御ネットワークの解明
 2.1. 組織特異的エピゲノム修飾情報の形成に関する解析
 2.2. HNF4αによる制御機構の解析

主な論文

* correspondence
研究代表者
油谷浩幸

Totoki Y, Tatsuno K, Yamamoto S, Arai Y, Hosoda F, Ishikawa S, Tsutsumi S, Sonoda K, Totsuka H, Shirakihara T, Sakamoto H, Wang L, Ojima H, Shimada K, Kosuge T, Okusaka T, Kato K, Kusuda J, Yoshida T, Aburatani H, Shibata T.
High-resolution characterization of a hepatocellular carcinoma genome.
Nat Genet. 43(5):464-9. 2011

Koinuma D, Tsutsumi S, Kamimura N, Taniguchi H, Miyazawa K, Sunamura M, Imamura T, Miyazono K, *Aburatani H.
ChIP-chip analysis of Smad2/3 binding sites reveals roles of ETS1 and TFAP2A in TGF-{beta} signaling.
Mol Cell Biol. 29:172-86. 2009

Redon R, Ishikawa S, Fitch KR, Feuk L, Perry GH, Andrews TD, Fiegler H, Shapero MH, Carson AR, Chen W, Cho EK, Dallaire S, Freeman JL, Gonzalez JR, Gratacos M, Huang J, Kalaitzopoulos D, Komura D, Macdonald JR, Marshall CR, Mei R, Montgomery L, Nishimura K, Okamura K, Shen F, Somerville MJ, Tchinda J, Valsesia A, Woodwark C, Yang F, Zhang J, Zerjal T, Zhang J, Armengol L, Conrad DF, Estivill X, Tyler-Smith C, Carter NP, *Aburatani H, Lee C, Jones KW, Scherer SW, Hurles ME.
Global variation in copy number in the human genome.
Nature. 444:444-454. 2006

Komura D, Shen F, Ishikawa S, Fitch KR, Chen W, Zhang J, Liu G, Ihara S, Nakamura H, Hurles ME, Lee C, Scherer SW, Jones KW, Shapero MH, Huang J, *Aburatani H.
Genome-wide detection of human copy number variations using high-density DNA oligonucleotide arrays.
Genome Res. 16:1575-1584, 2006

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