広報活動

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2012年1月31日

独立行政法人 理化学研究所

1分子DNAシーケンサーを使ったCAGE解析の自動化に成功

-遺伝子発現を定量解析するCAGE解析のスピードが約5倍向上-

自動化したサンプル調製プラットフォーム

ものごとを進めるには「段取り」が必要で、それをうまくやらないと本番でとんでもない失敗をすることが多々あります。自動車の生産ラインもそうです。流れのスピードそのものより、ラインに必要な部品をいかにタイムリーに供給するか、いかに組み立てやすい部品形状にするか、といった“本番”前のさまざまな準備のほうが重要ともいえます。

一方ライフサイエンス分野では、ゲノムレベルの大規模解析が頻繁に行われるようになっていますが、そこで威力を発揮しているのが、DNAの塩基配列を高速に解読するDNAシーケンサーという装置です。

オミックス基盤研究領域 LSAシステム構築グループの研究チームは、最先端である1分子DNAシーケンサーに、遺伝子転写開始点とその発現量をゲノムワイドに解析できる独自開発のCAGE法を適用し、わずか100ナノグラムのRNA解析に成功しています。しかし、この装置にかけるためのサンプル調製(段取り)は手動で行っており、長い時間と手間が必要でした。

そこで、このサンプル調製にかかる期間を短縮するため、調製工程の自動化に取り組みました。まず、1度で調製できるサンプル数を16から96に増やしました。また、8つのサンプルへ同時に液体を注入できるロボットアーム、複雑な温度調節が可能なプログラマブルインキュベーター、蛍光プレートリーダーなどを備えた「サンプル調製プラットフォーム」を構築、自動化に成功しました。実際にCAGE解析を行ったところ、手動で実働42日間かかっていたサンプル調製期間を5分の1の8日間に短縮し、ヒューマンエラーも回避しました。

今回開発した自動化技術は、理研の技術支援サービスGeNASを通じて外部のさまざまな研究機関へも提供していきます。

理化学研究所
オミックス基盤研究領域
LSAシステム構築グループ オミックス制御研究ユニット
ユニットリーダー 伊藤 昌可(いとう まさよし)
Tel: 045-503-9222 / Fax: 045-503-9216