研究紹介

情報基盤センター (ACCC)

姫野 龍太郎 (D.Eng.)
センター長
姫野 龍太郎
(D.Eng.)
情報基盤センターは、理研全体で共通的な課題となっている、計算工学、計算化学、バイオインフォマティクス等に関する研究開発・技術開発・動向調査などの業務を行っています。また、実験機器の進化などに伴い、急速に巨大化するデータをいかに効率的に処理するか、など、コンピュータやネットワークなどのハードウェアと処理アルゴリズムなどを同時に検討しないと解決しない問題に対して、課題を持つ研究者とともに一緒に考え、取り組んでいます。

研究主分野

情報学 / 複合領域 / 総合理工 / 化学 / 工学 / 総合生物

研究テーマ

  • HPCに関する技術開発
  • 計算工学、計算化学に関する研究開発
  • ライフサイエンス・医工学分野のソフトウェア開発・普及
  • マルチスケール,マルチフィジックス問題の数値解法の検討
  • 階層的オミックスの新しいデータ解析手法と実験手法の開発
  • 実験生物学者とのバイオインフォマティクスを通じた共同研究
  • MEMSセンサーなどの情報機器を用いた計測や分析に関する技術開発
  • 仮想現実感などの情報機器を用いた可視化に関する技術開発

キーワード

  • HPC
  • 生体力学、計算工学
  • バイオインフォマティックス
  • 計算化学
  • データベース

主要論文

  1. Kitamura Kunihiro, Tamura Yunoshin, Ueki Tomokazu, Ogata Koji, Noda Shigeho, Himeno Ryutaro, Chuman Hiroshi.:
    "Binding Free-Energy Calculation Is a Powerful Tool for Drug Optimizaiont: Calculation and Measurement of Binding Free Energy for 7-Azaindole Derivatives to Glycogen Synthase Kinase-3β"
    J. Chem. Inf. Model, Vol. 54, No.6 pp. 1653-1660 (2014)
  2. Sugiyama Kazuyasu, Yasuhiro Kawashima, Noda Shigeho, Ii Hitoshi, Koyama Hiroshi, Takagi Shu, Matsumoto Yoichiro, Himeno Ryutaro.:
    "Massively parallel computing of novel fluid-structure interaction solver on the K computer"
    HPCS 2013, IPSJ-HPCS2013050 (2013)
  3. Furuta Takuya, Ishikawa Kenichi, Fukunishi Nobuhisa, Noda Shigeho, Takagi Shu, Maeyama Takuya, Fukasaku Kazuaki, Himeno Ryutaro.:
    "Implementation of OpenMP and MPI hybrid parallelization to Monte Carlo dose simulation for particle therapy"
    IFMBE Proceedings, 2099--2102 (2013)
  4. Oho Yuko, Shimokawa Kazuro, Kanauchi-Takemoto Satoko, Asami Hirakiyama, Nakamura Sakiko, Tsujimura Yuki, Nishimura Masaomi, Kasukawa Takeya, Masumoto Koh-hei, Nikaido Itoshi, Shigeyoshi Yasufumi, Ueda Hiroki, Song Gang, Gee James, Himeno Ryutaro, Yokota Hideo.:
    "ranscriptome tomography for brain analysis in the web-accessible anatomical space"
    PLOS ONE, 7 Vol. 9 pp. e45373:1--10 (2012)
  5. Abalenkovs Maksims, Costen Fumie, Berenger Jean-Pierre, Himeno Ryutaro, Yokota Hideo, Fujii Masafumi.:
    "Huygens Subgridding for 3D Frequency-Dependent Finite-Difference Time-Domain Method"
    IEEE Transactions on Antennas and Propagation, 60 Vol. 9 pp. 4366--4344 (2012)
  6. Fujisaki Kazuhiro, Yokota Hideo, Furushiro Naomichi, S. Komatani, S. Ohzawa, Y. Sato, D. Matsunaga, Himeno Ryutaro, Higuchi Toshirou, Makinouchi Akitake.:
    "Three-Dimensional Microscopic Elemental Analysis Using an Automated High-Precision Serial Sectioning System"
    Microscopy and Microanalysis, 17(2) pp. 246--251 (2011)
  7. Y. Hirano, J. Kimurak, Y. Nambo, Yokota Hideo, Nakamura Sakiko, Kanauchi-Takemoto Satoko, Himeno Ryutaro, T. Mishima, M. Matsui, Y.-I. Miyake.:
    "Population of Follicles and Luteal Structures during the Oestrous Cycle of Mares Detected by Three-Dimensional Internal Structure Microscopy"
    Anatomia, Histologia, Embryologia, 38(3) pp. 214--218 (2009)
  8. Liang Fuyou, Takagi Shu, Himeno Ryutaro, Liu Hao.:
    "Biomechanical characterization of ventricular-arterial coupling during aging: a multi-scale model study"
    Journal of Biomechanics, 42 pp.692--704, (2009)
  9. Liang Fuyou, Takagi Shu, Himeno Ryutaro, Liu Hao.:
    "Multi-scale modeling of the human cardiovascular system with applications to aortic valvular and arterial stenoses"
    Medical and Biological Engineering and Computing, 47 pp. 743--755 (2009)
  10. Kikugawa Gota, Rossen Apostolov, Kamiya Narutoshi, Taiji Makoto, Himeno Ryutaro, Nakamura haruki, Yonezawa Yasushige.:
    "Application of MDGRAPE-3, a special purpose board for molecular dynamics simulations, to periodic biomolecular systems"
    Journal of Computational Chemistry, 30 Vol. 1 pp.110--118, (2009)

組織

お問い合わせ先

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Fax: 048-462-4634

accc-info [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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