研究紹介

情報基盤センター (ACCC)

姫野 龍太郎 (D.Eng.)
センター長
姫野 龍太郎
(D.Eng.)
情報基盤センターは、スーパーコンピュータやネットワーク等の情報基盤の整備・運用・利用者サポート、電子ジャーナルや文献データベースを含む図書館業務を行うと共に、ハイ・パフォーマンス・コンピューティング(HPC)、バイオインフォマティクス、情報セキュリティやネットワーク等に関する研究開発・技術開発・動向調査などの業務を行っています。また、実験機器の進化などに伴い急速に巨大化するデータの効率的な処理といった研究と情報基盤のより高度結びつきが必要な課題解決に研究者とともに取り組んでいます。

研究テーマ

  • HPC,ネットワークに関する技術開発
  • ライフサイエンス・医工学分野のソフトウェア開発・普及
  • マルチスケール,マルチフィジックス問題の数値解法の検討
  • 階層的オミックスの新しいデータ解析手法と実験手法の開発
  • 実験生物学者とのバイオインフォマティクスを通じた共同研究

主要論文

  1. Kitamura Kunihiro, Tamura Yunoshin, Ueki Tomokazu, Ogata Koji, Noda Shigeho, Himeno Ryutaro, Chuman Hiroshi.:
    “Binding Free-Energy Calculation Is a Powerful Tool for Drug Optimizaiont:
    Calculation and Measurement of Binding Free Energy for 7-Azaindole Derivatives to Glycogen Synthase Kinase-3β”
    J. Chem. Inf. Model, Vol. 54, No.6 pp. 1653-1660 (2014)
  2. Sugiyama Kazuyasu, Yasuhiro Kawashima, Noda Shigeho, Ii Hitoshi, Koyama Hiroshi, Takagi Shu, Matsumoto Yoichiro, Himeno Ryutaro.:
    "Massively parallel computing of novel fluid-structure interaction solver on the K computer"
    HPCS 2013, IPSJ-HPCS2013050 (2013)
  3. Furuta Takuya, Ishikawa Kenichi, Fukunishi Nobuhisa, Noda Shigeho, Takagi Shu, Maeyama Takuya, Fukasaku Kazuaki, Himeno Ryutaro.:
    "Implementation of OpenMP and MPI hybrid parallelization to Monte Carlo dose simulation for particle therapy"
    IFMBE Proceedings, 2099--2102 (2013)
  4. Oho Yuko, Shimokawa Kazuro, Kanauchi-Takemoto Satoko, Asami Hirakiyama, Nakamura Sakiko, Tsujimura Yuki, Nishimura Masaomi, Kasukawa Takeya, Masumoto Koh-hei, Nikaido Itoshi, Shigeyoshi Yasufumi, Ueda Hiroki, Song Gang, Gee James, Himeno Ryutaro, Yokota Hideo.:
    "ranscriptome tomography for brain analysis in the web-accessible anatomical space"
    PLOS ONE, 7 Vol. 9 pp. e45373:1--10 (2012)
  5. Abalenkovs Maksims, Costen Fumie, Berenger Jean-Pierre, Himeno Ryutaro, Yokota Hideo, Fujii Masafumi.:
    "Huygens Subgridding for 3D Frequency-Dependent Finite-Difference Time-Domain Method"
    IEEE Transactions on Antennas and Propagation, 60 Vol. 9 pp. 4366?4344 (2012)
  6. Fujisaki Kazuhiro, Yokota Hideo, Furushiro Naomichi, S. Komatani, S. Ohzawa, Y. Sato, D. Matsunaga, Himeno Ryutaro, Higuchi Toshirou, Makinouchi Akitake.:
    "Three-Dimensional Microscopic Elemental Analysis Using an Automated High-Precision Serial Sectioning System"
    Microscopy and Microanalysis, 17(2) pp. 246--251 (2011)
  7. Y. Hirano, J. Kimurak, Y. Nambo, Yokota Hideo, Nakamura Sakiko, Kanauchi-Takemoto Satoko, Himeno Ryutaro, T. Mishima, M. Matsui, Y.-I. Miyake.:
    "Population of Follicles and Luteal Structures during the Oestrous Cycle of Mares Detected by Three-Dimensional Internal Structure Microscopy"
    Anatomia, Histologia, Embryologia, 38(3) pp. 214--218 (2009)
  8. Liang Fuyou, Takagi Shu, Himeno Ryutaro, Liu Hao.:
    "Biomechanical characterization of ventricular-arterial coupling during aging: a multi-scale model study"
    Journal of Biomechanics, 42 pp.692--704, (2009)
  9. Liang Fuyou, Takagi Shu, Himeno Ryutaro, Liu Hao.:
    "Multi-scale modeling of the human cardiovascular system with applications to aortic valvular and arterial stenoses"
    Medical and Biological Engineering and Computing, 47 pp. 743--755 (2009)
  10. Kikugawa Gota, Rossen Apostolov, Kamiya Narutoshi, Taiji Makoto, Himeno Ryutaro, Nakamura haruki, Yonezawa Yasushige.:
    "Application of MDGRAPE-3, a special purpose board for molecular dynamics simulations, to periodic biomolecular systems"
    Journal of Computational Chemistry, 30 Vol. 1 pp.110--118, (2009)

組織

組織図PDF(334KB)

  • 計算化学応用開発ユニット
    中村 振一郎 (Ph.D.)

お問い合わせ先

〒351-0198 埼玉県和光市広沢 2-1
Tel: 048-467-9323
Fax: 048-462-4634

accc-info [at] riken.jp
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関連リンク

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