研究紹介

情報基盤センター

バイオインフォマティクス研究開発ユニット

ユニットリーダー 二階堂 愛 (Ph.D.)
二階堂 愛 (Ph.D.)

生命現象は、生命を構成する部品が相互作用することで実現されます。DNAシーケンサーの技術革新により、生命の部品である遺伝子産物の量やその相互作用を包括的に測定できるようになりました。しかしシーケンサーから得らえるデータは多様かつ巨大で、よくコントロールされた実験と高度なデータ解析技術が必須です。当ユニットでは、理研各所のシーケンス施設と連携し、実験生物学者と実験をデザインしながら、多様な生命情報を定量・統合し、理解するデータ解析手法やソフトウェアの研究開発を行います。さらに、理研共通のデータ解析プラットフォームの構築や教育を通じて、実験生物学者のデータ解析リテラシー向上へ貢献します。

研究主分野

情報学

研究関連分野

総合生物

キーワード

  • バイオインフォマティクス
  • 1細胞RNAシーケンス
  • エピゲノム
  • クラウドコンピューティング

主要論文

  1. Matsumoto H, Kiryu H, Furusawa C, Ko MSH, Ko SBH, Gouda N, Hayashi T, Nikaido I.:
    “SCODE: An efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation”
    Bioinformatics.(2017).
  2. G. Morota, F. Peñagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki and I.Nikaido.:
    An application of MeSH enrichment analysis in livestock.
    Animal Genetics.(2015).
  3. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido.:
    MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis.
    BMC Bioinformatics. 16:45.(2015)
  4. Kenjiro Adachi*, Itoshi Nikaido*, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda & Hitoshi Niwa.:
    Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells.
    Molecular Cell. (2013)(*Equally contributions)
  5. Sasagawa Y*, Nikaido I*, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T and Ueda HR.:
    Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity.
    Genome Biology. 14. (2013) (*Equally contributions)
  6. Kasukawa T*, Masumoto KH*, Nikaido I*, Nagano M, Uno KD, Tsujino K, Hanashima C, Shigeyoshi Y, Ueda HR.:
    “Quantitative expression profile of distinct functional regions in the adult mouse brain.”
    PLoS One. 2011;6(8):e23228. Epub 2011 Aug 12. (*Equally contributions) (2011)
  7. Nikaido I, Saito C, Wakamoto A, Tomaru Y, Arakawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y.:
    “EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes.”
    Nucleic Acids Res. Jan 1;32:D548-51. (2004)
  8. Nikaido I, Saito C, Mizuno Y, Meguro M, Bono H, Kadomura M, Kono T, Morris GA, Lyons PA, Oshimura M, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members.:
    “Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling.”
    Genome Res. Jun;13(6B):1402-9. (2003)
  9. Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, Adachi J, Bono H, Kondo S, Nikaido I, Osato N, Saito R, Suzuki H, Yamanaka I, Kiyosawa H, Yagi K, Tomaru Y, Hasegawa Y, Nogami A, Schönbach C, Gojobori T, Baldarelli R, Hill DP, Bult C, Hume DA, Quackenbush J, Schriml LM, Kanapin A, Matsuda H, Batalov S, Beisel KW, Blake JA, Bradt D, Brusic V, Chothia C, Corbani LE, Cousins S, Dalla E, Dragani TA, Fletcher CF, Forrest A, Frazer KS, Gaasterland T, Gariboldi M, Gissi C, Godzik A, Gough J, Grimmond S, Gustincich S, Hirokawa N, Jackson IJ, Jarvis ED, Kanai A, Kawaji H, Kawasawa Y, Kedzierski RM, King BL, Konagaya A, Kurochkin IV, Lee Y, Lenhard B, Lyons PA, Maglott DR, Maltais L, Marchionni L, McKenzie L, Miki H, Nagashima T, Numata K, Okido T, Pavan WJ, Pertea G, Pesole G, Petrovsky N, Pillai R, Pontius JU, Qi D, Ramachandran S, Ravasi T, Reed JC, Reed DJ, Reid J, Ring BZ, Ringwald M, Sandelin A, Schneider C, Semple CA, Setou M, Shimada K, Sultana R, Takenaka Y, Taylor MS, Teasdale RD, Tomita M, Verardo R, Wagner L, Wahlestedt C, Wang Y, Watanabe Y, Wells C, Wilming LG, Wynshaw-Boris A, Yanagisawa M, Yang I, Yang L, Yuan Z, Zavolan M, Zhu Y, Zimmer A, Carninci P, Hayatsu N, Hirozane-Kishikawa T, Konno H, Nakamura M, Sakazume N, Sato K, Shiraki T, Waki K, Kawai J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Miyazaki A, Sakai K, Sasaki D, Shibata K, Shinagawa A, Yasunishi A, Yoshino M, Waterston R, Lander ES, Rogers J, Birney E, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team.:
    “Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs.”
    Nature. Dec 5;420(6915):563-73. (2002)
  10. Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, Yoshino M, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Hara A, Fukunishi Y, Konno H, Adachi J, Fukuda S, Aizawa K, Izawa M, Nishi K, Kiyosawa H, Kondo S, Yamanaka I, Saito T, Okazaki Y, Gojobori T, Bono H, Kasukawa T, Saito R, Kadota K, Matsuda H, Ashburner M, Batalov S, Casavant T, Fleischmann W, Gaasterland T, Gissi C, King B, Kochiwa H, Kuehl P, Lewis S, Matsuo Y, Nikaido I, Pesole G, Quackenbush J, Schriml LM, Staubli F, Suzuki R, Tomita M, Wagner L, Washio T, Sakai K, Okido T, Furuno M, Aono H, Baldarelli R, Barsh G, Blake J, Boffelli D, Bojunga N, Carninci P, de Bonaldo MF, Brownstein MJ, Bult C, Fletcher C, Fujita M, Gariboldi M, Gustincich S, Hill D, Hofmann M, Hume DA, Kamiya M, Lee NH, Lyons P, Marchionni L, Mashima J, Mazzarelli J, Mombaerts P, Nordone P, Ring B, Ringwald M, Rodriguez I, Sakamoto N, Sasaki H, Sato K, Schönbach C, Seya T, Shibata Y, Storch KF, Suzuki H, Toyo-oka K, Wang KH, Weitz C, Whittaker C, Wilming L, Wynshaw-Boris A, Yoshida K, Hasegawa Y, Kawaji H, Kohtsuki S, Hayashizaki Y; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium.:
    “Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection.”
    Nature. Feb 8;409(6821):685-90. (2001)

メンバーリスト

主宰者

二階堂 愛
ユニットリーダー

メンバー

笹川 洋平
上級センター研究員
林 哲太郎
センター研究員
團野 宏樹
センター研究員
松嶋 明宏
センター技師
石井 学
テクニカルスタッフⅠ
海老沢 昌史
テクニカルスタッフⅠ
梅田 茉奈
テクニカルスタッフⅠ
芳村 美佳
テクニカルスタッフⅠ
露崎 弘毅
特別研究員
尾崎 遼
基礎特別研究員
松本 拡高
訪問研究員
小杉 孝嗣
大学院生リサーチ・アソシエイト

お問い合わせ先

〒351-0198 埼玉県和光市広沢2-1
情報基盤棟3F 311

itoshi.nikaido [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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