研究紹介

生命機能科学研究センター

分子配列比較解析ユニット

ユニットリーダー 工樂 樹洋 (Ph.D.)
工樂 樹洋 (Ph.D.)

DNAシークエンサーと質量分析計を利用した研究支援業務を行うとともに、分子進化に関わる独自の研究を行っています。遺伝子発現とそのエピジェネティック制御に関する大規模解析などを、実験サンプルを評価する研究者とバイオインフォマティクススタッフを共存させるという稀有なスタッフ構成でシームレスに進めています。複数の非モデル生物の国際ゲノムプロジェクトに参画した実績をベースに、ヒトライフサイエンスにつなげるべく、分子配列情報の種間比較リテラシーに基づく解析支援および独自の研究開発も進めています。

キーワード

  • ゲノム進化、生物多様性

主要論文

  1. Nishimura O, Hara Y, Kuraku S.
    "gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies"
    Bioinformatics, in press. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx445 (2017).
  2. Kadota M, Hara Y, Tanaka K, Takagi W, Tanegashima C, Nishimura O, Kuraku S.
    "CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution"
    Scientific Reports, 7, 4957 doi:10.1038/s41598-017-04506-x (2017).
  3. Sugahara F, Pascual-Anaya J, Oisi Y, Kuraku S, Aota S, Adachi N, Takagi W, Hirai T, Sato N, Murakami Y, Kuratani S.
    "Evidence from cyclostomes for complex regionalization of the ancestral vertebrate brain"
    Nature, 531(7592), 97-100 (2016).
  4. Moriyama Y, Ito F, Takeda H, Yano T, Okabe M, Kuraku S, Keeley FW, Koshiba-Takeuchi K.
    "Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene."
    Nat Commun, 7, 10397 (2016).
  5. Kuraku S, Feiner N, Keeley SD, Hara Y.
    "Incorporating tree-thinking and evolutionary time scale into developmental biology."
    Dev Growth Differ., 58(1), 131-42 (2016).
  6. Sunagawa GA, Sumiyama K, Ukai-Tadenuma M, Perrin D, Fujishima H, Ukai H, Nishimura O, Shi S, Ohno R, Narumi R, Shimizu Y, Tone D, Ode KL, Kuraku K, Ueda HR.
    "Mammalian reverse genetics without crossing reveals Nr3a as a short-sleeper gene"
    Cell Reports, 14(3), 662-677 (2016).
  7. Tatsumi K, Nishimura O, Itomi K, Tanegashima C, and Kuraku S.
    "Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing"
    Biotechniques, 58(5), 253-257 (2015).
  8. Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Katoh K.
    "aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity."
    Nucleic Acids Res, 41, W22-28 (2013).
  9. Smith JJ, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell MS, Yandell MD, Manousaki T, Meyer A, Bloom OE, Morgan JR, Buxbaum JD, Sachidanandam R, Sims C, Garruss AS, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann LM, Sower SA, Decatur WA, Hall JA, Amemiya CT, Saha NR, Buckley KM, Rast JP, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin CJ, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken BL, Searle SM, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown CT, Chung-Davidson YW, Nanlohy KG, Libants SV, Yeh CY, McCauley DW, Langeland JA, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong PJ, Zhu B, Fulton LL, Theising B, Flicek P, Bronner ME, Warren WC, Clifton SW, Wilson RK, Li W.
    "Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution"
    Nat Genet, 45(4), 415-421 (2013).
  10. Kuraku S.
    "Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes."
    Semin Cell Dev Biol, 24(2), 119-127 (2013).

メンバーリスト

主宰者

工樂 樹洋
ユニットリーダー

メンバー

門田 満隆
上級技師
西村 理
技師
中川 れい子
技師
原 雄一郎
基礎科学特別研究員
鬼丸 洸
研究員
山口 和晃
特別研究員
MOHAMED Rehab
テクニカルスタッフⅠ
種子島 千春
テクニカルスタッフⅡ
辰見 香織
テクニカルスタッフⅡ
KEELEY Sean
テクニカルスタッフⅡ
佐井藤 紗代
アシスタント

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
CDB C棟2階S204号室

shigehiro.kuraku [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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