研究紹介

バイオリソースセンター

マウス表現型知識化研究開発ユニット

ユニットリーダー 桝屋 啓志 (Ph.D.)
桝屋 啓志 (Ph.D.)

マウス表現型知識化研究開発ユニットでは、バイオリソースの生物学的な特性の情報を、分かりやすく効果的に発信することで、リソースへのアクセスを高める事を目指しています。
バイオリソースは、それぞれに固有な生物学的特性(表現型や遺伝的特性)を持っています。これらは、研究開発、イノベーションに不可欠な情報です。リソースの示す多様な特性を、統合、解析し、生物学的機能、疾患の治療、創薬、健康の増進、環境問題などの人間の社会活動における有用性と結びつけていくことは、バイオインフォマティクスの重要な課題でもあります。
当ユニットでは、バイオリソースセンターが保有する生物特性情報を対象にして、オントロジー、セマンティックウェブ、統計解析技術などの情報統合技術を用いて、生物特性データを統合、解析し、わかりやすく発信するための技術開発を行います。また、国際マウス表現型解析コンソーシアムへの参画など、国内外の研究機関と協力し、リソースの特性情報を、国内をはじめ、世界中で共有するための標準化の問題にも取り組みます。

研究主分野

情報学

研究関連分野

生物学

キーワード

  • 情報統合
  • バイオインフォマティクス
  • バイオリソース
  • データベース
  • セマンティックウェブ

主要論文

  1. Karp NA, Mason J, Beaudet AL, Benjamini Y, Bower L, Braun RE, Brown SDM, Chesler EJ, Dickinson ME, Flenniken AM, Fuchs H, Angelis MH, Gao X, Guo S, Greenaway S, Heller R, Herault Y, Justice MJ, Kurbatova N, Lelliott CJ, Lloyd KCK, Mallon AM, Mank JE, Masuya H, McKerlie C, Meehan TF, Mott RF, Murray SA, Parkinson H, Ramirez-Solis R, Santos L, Seavitt JR, Smedley D, Sorg T, Speak AO, Steel KP, Svenson KL; International Mouse Phenotyping Consortium, Wakana S, West D, Wells S, Westerberg H, Yaacoby S, White JK.
    "Prevalence of sexual dimorphism in mammalian phenotypic traits"
    Nat Commun. 8:15475. (2017)
  2. Kobayashi N, Lentz K, Masuya H,
    "RIKEN MetaDatabase: A Database Platform as a Microcosm of Linked Open Data Cloud in the Life Sciences"
    In: Li YF. et al. (eds) Semantic Technology. JIST 2016. Lecture Notes in Computer Science, vol 10055. Springer, Cham. (2016)
  3. Maier H, Schütt C, Steinkamp R, Hurt A, Schneltzer E, Gormanns P, Lengger C, Griffiths M, Melvin D, Agrawal N, Alcantara R, Evans A, Gannon D, Holroyd S, Kipp C, Raj NP, Richardson D, LeBlanc S, Vasseur L, Masuya H, Kobayashi K, Suzuki T, Tanaka N, Wakana S, Walling A, Clary D, Gallegos J, Fuchs H, de Angelis MH, Gailus-Durner V.
    "Principles and application of LIMS in mouse clinics."
    Mamm Genome. 9-10:467-481 (2015)
  4. Karp NA, Meehan TF, Morgan H, Mason JC, Blake A, Kurbatova N, Smedley D, Jacobsen J, Mott RF, Iyer V, Matthews P, Melvin DG, Wells S, Flenniken AM, Masuya H, Wakana S, White JK, Lloyd KC, Reynolds CL, Paylor R, West DB, Svenson KL, Chesler EJ, de Angelis MH, Tocchini-Valentini GP, Sorg T, Herault Y, Parkinson H, Mallon AM, Brown SD.
    "Applying the ARRIVE Guidelines to an In Vivo Database"
    PLoS Biol. 5:e1002151 (2015)
  5. Toki H, Inoue M, Minowa O, Motegi H, Saiki Y, Wakana S, Masuya H, Gondo Y, Shiroishi T, Yao R, Noda T.
    "Novel retinoblastoma mutation abrogating the interaction to E2F2/3, but not E2F1, led to selective suppression of thyroid tumors."
    Cancer Sci. 10):1360-1368. (2014)
  6. Sarntivijai S, Lin Y, Xiang Z, Meehan TF, Diehl AD, Vempati UD, Schürer SC, Pang C, Malone J, Parkinson H, Liu Y, Takatsuki T, Saijo K, Masuya H, Nakamura Y, Brush MH, Haendel MA, Zheng J, Stoeckert CJ, Peters B, Mungall CJ, Carey TE, States DJ, Athey BD, He Y.
    "CLO: The cell line ontology."
    J Biomed Semantics. 5:37. (2014)
  7. Suzuki T, Furuse T, Yamada I, Motegi H, Kozawa Y, Masuya H, Wakana S.
    "Pheno-Pub: a total support system for the publication of mouse phenotypic data on the web"
    Mamm Genome. 11-12:473-483. (2013)
  8. Masuya H.:
    "Roles and applications of biomedical ontologies in Experimental Animal Science"
    Experimental Animals, 61(4):365-373 (2012)
  9. Masuya H., Makita Y., Kobayashi N., Nishikata K., Yoshida Y., Mochizuki Y., Doi K., Takatsuki T., Waki K., Tanaka N., Ishii M., Matsushima A., Takahashi S., Hijikata A., Kozaki K., Furuichi T., Kawaji H., Wakana S., Nakamura Y., Yoshiki A., Murata T., Fukami-Kobayashi K., Mohan S., Ohara O., Hayashizaki Y., Mizoguchi R., Obata Y., Toyoda T.:
    "The RIKEN integrated database of mammals"
    Nucleic Acids Research, 39: D861-D870 (2010)
  10. Tanaka N., Waki K., Kaneda H., Suzuki T., Yamada I., Furuse T., Kobayashi K., Motegi H., Toki H., Inoue M., Minowa O., Noda T., Takao K., Miyakawa T., Takahashi A.,Koide T., Wakana S., Masuya H.:
    "SDOP-DB: A comparative standardised-protocol database for mouse phenotypic analyses"
    Bioinformatics, 26(8):1133-1134 (2010)
  11. Schofield P.N. et al.:
    "Post-publication sharing of data and tools"
    Nature, 461(7261):171-173 (2009)

メンバーリスト

主宰者

桝屋 啓志
ユニットリーダー

メンバー

小林 紀郎
開発研究員
田中 信彦
開発研究員
高月 照江
テクニカルスタッフⅡ