研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

分子配列比較解析ユニット

ユニットリーダー 工樂 樹洋 (Ph.D.)
工樂 樹洋 (Ph.D.)

DNAシークエンサーと質量分析計を利用した研究支援業務を行うとともに、分子進化に関わる独自の研究を行っています。遺伝子発現とそのエピジェネティック制御に関する大規模解析などを、実験サンプルを評価する研究者とバイオインフォマティクススタッフを共存させるという稀有なスタッフ構成でシームレスに進めています。複数の非モデル生物の国際ゲノムプロジェクトに参画した実績をベースに、ヒトライフサイエンスにつなげるべく、分子配列情報の種間比較リテラシーに基づく解析支援および独自の研究開発も進めています。

研究テーマ

  • 大規模な遺伝子発現解析をはじめとする分子解析の広範囲な支援
  • ゲノム・エピゲノム研究のための新規解析技術の導入
  • 配列アノテーションなどのバイオインフォマティクス解析支援
  • 脊椎動物の進化ゲノミクス解析

主要論文

  1. Sugahara F, Pascual-Anaya J, Oishi Y, Kuraku S, Aota S, Adachi N, Takagi W, Hirai T, Sato N, Murakami Y, and Kuratani S.:
    “Evidence from cyclostomes for complex regionalization of the ancestral vertebrate brain.”
    Nature, in press (2016).
  2. Moriyama Y, Ito F, Takeda H, Yano T, Okabe M, Kuraku S, Keeley F,W, and Koshiba-Takeuchi K.:
    “Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene.”
    Nature Communications,7, 10397 (2016).
  3. Kuraku S, Feiner N, Keeley S, and Hara Y.:
    “Incorporating tree-thinking and evolutionary time scale into developmental biology.”
    Development Growth and Differentiation, 58(1),131-142 (2016).
  4. Hara Y, Tatsumi K, Yoshida M, Kajikawa E, Kiyonari H, Kuraku S.:
    “Optimizing and benchmarking de novo transcriptome sequencing: from library preparation to assembly evaluation.”
    BMC Genomics., 16(1), 977 (2015).
  5. Noro M, Sugahara F, Kuraku S.:
    “Reevaluating Emx gene phylogeny: homopolymeric amino acid tracts as a potential factor obscuring orthology signals in cyclostome genes.”
    BMC Evol Biol, 15, 78 (2015).
  6. Tatsumi K, Nishimura O, Itomi K, Tanegashima C, and Kuraku S.:
    “Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing”
    Biotechniques, 58(5), 253-257 (2015).
  7. Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Katoh K.:
    “aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity.”
    Nucleic Acids Res, 41, W22-28 (2013).
  8. Wang Z, Pascual-Anaya J, Zadissa A, Li W, Niimura Y, Huang Z, Li C, White S, Xiong Z, Fang D, Wang B, Ming Y, Chen Y, Zheng Y, Kuraku S, Pignatelli M, Herrero J, Beal K, Nozawa M, Li Q, Wang J, Zhang H, Yu L, Shigenobu S, Wang J, Liu J, Flicek P, Searle S, Wang J, Kuratani S, Yin Y, Aken B, Zhang G, Irie N.:
    “The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan.”
    Nat Genet, 45(6), 701-706 (2013).
  9. Smith J, Kuraku S, …. Flicek P, Bronner M, Warren WC, Clifton SW, Wilson RK, and Li W.:
    “Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution.”
    Nature Genetics 45, 415–421 (2013)
  10. Kuraku S.:
    “Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes.”
    Semin Cell Dev Biol, 24(2), 119-127 (2013).

メンバーリスト

主宰者

工樂 樹洋
ユニットリーダー

メンバー

門田 満隆
上級技師
西村 理
技師
中川 れい子
技師
原 雄一郎
基礎科学特別研究員
鬼丸 洸
研究員
山口 和晃
特別研究員
MOHAMED Rehab
テクニカルスタッフⅠ
種子島 千春
テクニカルスタッフⅡ
辰見 香織
テクニカルスタッフⅡ
KEELEY Sean
テクニカルスタッフⅡ
佐井藤 紗代
アシスタント

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
CDB C棟2階S204号室

shigehiro.kuraku [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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