研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

トランスクリプトーム研究チーム

チームリーダー CARNINCI Piero (Ph.D.)
CARNINCI Piero (Ph.D.)

細胞内の全DNAの塩基配列情報をさす「ゲノム」に対し、細胞内の全転写産物(全RNA)を「トランスクリプトーム」とよびます。トランスクリプトームの大半はタンパク質の情報を持たないノンコーディングRNA(ncRNA)であり、エピジェネティック制御やタンパク質合成制御、幹細胞性の制御など様々な機能に関わっています。当チームは、ncRNAを網羅的に検出する技術やその機能を網羅的に調べる技術を開発し、新たなバイオマーカーの同定や薬剤候補因子の発見、細胞制御、細胞変換に応用します。ncRNAクロマチン、レトロトランスポゾンのncRNAによる制御や、ncRNAのタンパク質合成における制御を調べます。また定量的な発現解析手法であるCAGE技術等のトランスクリプトーム技術の標準化を進めます。

研究主分野

生物学 & 生化学 / 分子生物 & 遺伝学

研究関連分野

免疫学 / 植物 & 動物学 / 神経科学 & 行動科学 / コンピューター科学

研究テーマ

  • Cap-Analysis Gene Expression (CAGE)法の標準化および自動化
  • クロマチンに結合する調節RNAを広範に検出し、操作する手法の開発
  • 発現しているレトロトランスポゾンを同定し、ゲノム多様性とゲノム制御における役割を 解明する

主要論文

  1. Hashimoto K, Suzuki AM, Dos Santos A, Desterke C, Collino A, Ghisletti S, Braun E, Bonetti A, Fort A, Qin XY, Radaelli E, Kaczkowski B, Forrest AR, Kojima S, Samuel D, Natoli G, Buendia MA, Faivre J, Carninci P.:
    "CAGE profiling of ncRNAs in hepatocellular carcinoma reveals widespread activation of retroviral LTR promoters in virus-induced tumors."
    Genome Res. 2015 Dec;25(12):1812-24. doi: 10.1101/gr.191031.115. Epub 2015 Oct 28.
  2. Fort A, Yamada D, Hashimoto K, Koseki H, Carninci P.:
    "Nuclear transcriptome profiling of induced pluripotent stem cells and embryonic stem cells identify non-coding loci resistant to reprogramming."
    Cell Cycle. 2015;14(8):1148-55. doi: 10.4161/15384101.2014.988031.
  3. Arner E, Daub CO, Vitting-Seerup K, Andersson R, Lilje B, Drabløs F, Lennartsson A, Rönnerblad M, Hrydziuszko O, Vitezic M, Freeman TC, Alhendi AM, Arner P, Axton R, Baillie JK, Beckhouse A, Bodega B, Briggs J, Brombacher F, Davis M, Detmar M, Ehrlund A, Endoh M, Eslami A, Fagiolini M, Fairbairn L, Faulkner GJ, Ferrai C, Fisher ME, Forrester L, Goldowitz D, Guler R, Ha T, Hara M, Herlyn M, Ikawa T, Kai C, Kawamoto H, Khachigian LM, Klinken SP, Kojima S, Koseki H, Klein S, Mejhert N, Miyaguchi K, Mizuno Y, Morimoto M, Morris KJ, Mummery C, Nakachi Y, Ogishima S, Okada-Hatakeyama M, Okazaki Y, Orlando V, Ovchinnikov D, Passier R, Patrikakis M, Pombo A, Qin XY, Roy S, Sato H, Savvi S, Saxena A, Schwegmann A, Sugiyama D, Swoboda R, Tanaka H, Tomoiu A, Winteringham LN, Wolvetang E, Yanagi-Mizuochi C, Yoneda M, Zabierowski S, Zhang P, Abugessaisa I, Bertin N, Diehl AD, Fukuda S, Furuno M, Harshbarger J, Hasegawa A, Hori F, Ishikawa-Kato S, Ishizu Y, Itoh M, Kawashima T, Kojima M, Kondo N, Lizio M, Meehan TF, Mungall CJ, Murata M, Nishiyori-Sueki H, Sahin S, Nagao-Sato S, Severin J, de Hoon MJ, Kawai J, Kasukawa T, Lassmann T, Suzuki H, Kawaji H, Summers KM, Wells C; FANTOM Consortium, Hume DA, Forrest AR, Sandelin A, Carninci P, Hayashizaki Y.:
    "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
    Science. 2015 Feb 27;347(6225):1010-4. doi: 10.1126/science.1259418. Epub 2015 Feb 12.
  4. Fort A, Hashimoto K, Yamada D, Salimullah M, Keya CA, Saxena A, Bonetti A, Voineagu I, Bertin N, Kratz A, Noro Y, Wong CH, de Hoon M, Andersson R, Sandelin A, Suzuki H, Wei CL, Koseki H; FANTOM Consortium, Hasegawa Y, Forrest AR, Carninci P.:
    "Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance."
    Nat Genet. 2014 Jun;46(6):558-66. doi: 10.1038/ng.2965. Epub 2014 Apr 28.
  5. Forrest AR, Kawaji H, Rehli M, Baillie JK, de Hoon MJ, Haberle V, Lassmann T, Kulakovskiy IV, Lizio M, Itoh M, Andersson R, Mungall CJ, Meehan TF, Schmeier S, Bertin N, Jørgensen M, Dimont E, Arner E, Schmidl C, Schaefer U, Medvedeva YA, Plessy C, Vitezic M, Severin J, Semple C, Ishizu Y, Young RS, Francescatto M, Alam I, Albanese D, Altschuler GM, Arakawa T, Archer JA, Arner P, Babina M, Rennie S, Balwierz PJ, Beckhouse AG, Pradhan-Bhatt S, Blake JA, Blumenthal A, Bodega B, Bonetti A, Briggs J, Brombacher F, Burroughs AM, Califano A, Cannistraci CV, Carbajo D, Chen Y, Chierici M, Ciani Y, Clevers HC, Dalla E, Davis CA, Detmar M, Diehl AD, Dohi T, Drabløs F, Edge AS, Edinger M, Ekwall K, Endoh M, Enomoto H, Fagiolini M, Fairbairn L, Fang H, Farach-Carson MC, Faulkner GJ, Favorov AV, Fisher ME, Frith MC, Fujita R, Fukuda S, Furlanello C, Furino M, Furusawa J, Geijtenbeek TB, Gibson AP, Gingeras T, Goldowitz D, Gough J, Guhl S, Guler R, Gustincich S, Ha TJ, Hamaguchi M, Hara M, Harbers M, Harshbarger J, Hasegawa A, Hasegawa Y, Hashimoto T, Herlyn M, Hitchens KJ, Ho Sui SJ, Hofmann OM, Hoof I, Hori F, Huminiecki L, Iida K, Ikawa T, Jankovic BR, Jia H, Joshi A, Jurman G, Kaczkowski B, Kai C, Kaida K, Kaiho A, Kajiyama K, Kanamori-Katayama M, Kasianov AS, Kasukawa T, Katayama S, Kato S, Kawaguchi S, Kawamoto H, Kawamura YI, Kawashima T, Kempfle JS, Kenna TJ, Kere J, Khachigian LM, Kitamura T, Klinken SP, Knox AJ, Kojima M, Kojima S, Kondo N, Koseki H, Koyasu S, Krampitz S, Kubosaki A, Kwon AT, Laros JF, Lee W, Lennartsson A, Li K, Lilje B, Lipovich L, Mackay-Sim A, Manabe R, Mar JC, Marchand B, Mathelier A, Mejhert N, Meynert A, Mizuno Y, de Lima Morais DA, Morikawa H, Morimoto M, Moro K, Motakis E, Motohashi H, Mummery CL, Murata M, Nagao-Sato S, Nakachi Y, Nakahara F, Nakamura T, Nakamura Y, Nakazato K, van Nimwegen E, Ninomiya N, Nishiyori H, Noma S, Noma S, Noazaki T, Ogishima S, Ohkura N, Ohimiya H, Ohno H, Ohshima M, Okada-Hatakeyama M, Okazaki Y, Orlando V, Ovchinnikov DA, Pain A, Passier R, Patrikakis M, Persson H, Piazza S, Prendergast JG, Rackham OJ, Ramilowski JA, Rashid M, Ravasi T, Rizzu P, Roncador M, Roy S, Rye MB, Saijyo E, Sajantila A, Saka A, Sakaguchi S, Sakai M, Sato H, Savvi S, Saxena A, Schneider C, Schultes EA, Schulze-Tanzil GG, Schwegmann A, Sengstag T, Sheng G, Shimoji H, Shimoni Y, Shin JW, Simon C, Sugiyama D, Sugiyama T, Suzuki M, Suzuki N, Swoboda RK, 't Hoen PA, Tagami M, Takahashi N, Takai J, Tanaka H, Tatsukawa H, Tatum Z, Thompson M, Toyodo H, Toyoda T, Valen E, van de Wetering M, van den Berg LM, Verado R, Vijayan D, Vorontsov IE, Wasserman WW, Watanabe S, Wells CA, Winteringham LN, Wolvetang E, Wood EJ, Yamaguchi Y, Yamamoto M, Yoneda M, Yonekura Y, Yoshida S, Zabierowski SE, Zhang PG, Zhao X, Zucchelli S, Summers KM, Suzuki H, Daub CO, Kawai J, Heutink P, Hide W, Freeman TC, Lenhard B, Bajic VB, Taylor MS, Makeev VJ, Sandelin A, Hume DA, Carninci P, Hayashizaki Y.:
    "A promoter-level mammalian expression atlas."
    Nature. 2014 Mar 27;507(7493):462-70. doi: 10.1038/nature13182.
  6. Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F; FANTOM Consortium, Forrest AR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A.:
    "An atlas of active enhancers across human cell types and tissues."
    Nature. 2014 Mar 27;507(7493):455-61. doi: 10.1038/nature12787.
  7. Carrieri C, Cimatti L, Biagioli M, Beugnet A, Zucchelli S, Fedele S, Pesce E, Ferrer I, Collavin L, Santoro C, Forrest AR, Carninci P, Biffo S, Stupka E, Gustincich S.:
    "Long non-coding antisense RNA controls Uchl1 translation through an embedded SINEB2 repeat."
    Nature. 2012 Nov 15;491(7424):454-7. doi: 10.1038/nature11508. Epub 2012 Oct 14.
  8. ENCODE Project Consortium.:
    "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome."
    Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74. doi: 10.1038/nature11247.
  9. Takahashi H, Lassmann T, Murata M, Carninci P.:
    "5' end-centered expression profiling using cap-analysis gene expression and next-generation sequencing."
    Nat Protoc. 2012 Feb 23;7(3):542-61. doi: 10.1038/nprot.2012.005.
  10. Faulkner GJ, Kimura Y, Daub CO, Wani S, Plessy C, Irvine KM, Schroder K, Cloonan N, Steptoe AL, Lassmann T, Waki K, Hornig N, Arakawa T, Takahashi H, Kawai J, Forrest AR, Suzuki H, Hayashizaki Y, Hume DA, Orlando V, Grimmond SM, Carninci P.:
    "The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells."
    Nat Genet. 2009 May;41(5):563-71. doi: 10.1038/ng.368. Epub 2009 Apr 19.

メンバーリスト

主宰者

CARNINCI Piero
チームリーダー

メンバー

橋本 浩介
専任研究員
KRATZ Anton
研究員
PASCARELLA Giovanni
研究員
BONETTI Alessandro
研究員
THONGJUEA Supat
研究員
新田 和広
研究員
村田 光義
技師
末木 広美
技師
小島 美樹
技師
加藤 紗智
技師
SHARMA Harshita
特別研究員
高橋 葉月
リサーチアソシエイト
吉原 正仁
大学院生リサーチ・アソシエイト
BOETTCHER Michael
国際プログラム・アソシエイト
VALENTINE Matthew
テクニカルスタッフⅠ
NGUYEN Quan Hoang
客員研究員
BUDIC Maruska
訪問研究員
鎭西 真理子
研修生
KOZHUHAROVA Ana
研究支援パートタイマー

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

carninci [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

最新の研究成果

その他の関連情報