研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

制御分子設計研究チーム

チームリーダー 本間 光貴 (Ph.D.)
本間 光貴 (Ph.D.)

創薬研究が進んだ現在、低分子医薬品を開発しやすい標的分子の多くは、すでにやり尽くされつつあります。一方で、難治性のがん、アルツハイマー病、遺伝病に加え、新しい感染症のリスクは増大しており、これまでにない革新的な新薬に対するニーズは非常に強いものがあります。当チームは、新薬の対象として低分子だけではなく、タンパク質・核酸のすべての分子種を自在に設計し、次世代創薬及び生命システムの解明を加速する研究を行います。また、低分子が結合しにくいターゲットに対するFragment-based Drug Discovery (FBDD)の技術開発も実施します。

研究主分野

コンピューター科学

研究関連分野

化学 / 薬学 & 毒物学

研究テーマ

  • 新規インシリコスクリーニング技術の開発と実際の創薬ターゲットへの適用
  • 難易度の高い創薬ターゲットに適用できるFBDD基盤の構築
  • 非天然型の核酸・タンパク質に対するシミュレーション・設計技術の開発

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Okada-Iwabu, M.; Yamauchi, T.; Iwabu, M.; Honma, T.; Hamagami, K. I.; Matsuda, K.; Yamaguchi, M.; Tanabe, H.; Kimura-Someya, T.; Shirouzu, M.; Ogata, H.; Tokuyama, K.; Ueki, K.; Nagano, T.; Tanaka, A.; Yokoyama, S.; Kadowaki, T.:
    “A small-molecule AdipoR agonist for type 2 diabetes and short life in obesity.”
    Nature, 503, 493-499, 2013.
  2. Saito, Y.; Yuki, H.; Kuratani, M.; Hashizume, Y.;Takagi, S.; Honma, T.; Tanaka, A.; Shirouzu, M.; Mikuni, J.; Handa, N.; Ogahara, I.; Sone, A.; Najima, Y.; Tomabechi, Y.; Wakiyama, M.; Uchida, N.; Tomizawa-Murasawa, M.; Kaneko, A.; Tanaka, S.; Suzuki, N.; Kajita, H.; Aoki, Y.; Ohara, O.; Shultz, L.D.; Fukami, T.; Goto, T.; Taniguchi, S.; Yokoyama, S.; Ishikawa, F.:
    “A pyrrolo-pyrimidine derivative targets human primary AML stem cells in vivo.”
    Sci Transl Med 5(181): 181ra152, 2013.
  3. Shiba, T.; Kido, Y.; Sakamoto, K.; Inaoka, D. K.; Tsuge, C.; Tatsumi, R.; Takahashi, G.; Balogun, E. O.; Nara, T.; Aoki, T.; Honma, T.; Tanaka, A.; Inoue, M.; Matsuoka, S.; Saimoto, H.; Moore, A. L.; Harada, S.; Kita, K.:
    “Structure of the trypanosome cyanide-insensitive alternative oxidase.”
    Proc Natl Acad Sci U S A, 110(12), 4580-5, 2013.
  4. Takaya, D.; Sato, T.; Yuki, H.; Sasaki, S.; Tanaka, A.; Yokoyama, S.; Honma, T.
    “Prediction of Ligand-Induced Structural Polymorphism of Receptor Interaction Sites Using Machine Learning.”
    J Chem Inf Model, 53 (3), 704–716, 2013.
  5. Sato, T.; Watanabe, H.; Tsuganezawa, K.; Yuki, H.; Mikuni, J.; Yoshikawa, S.; Kukimoto-Niino, M.; Fujimoto, T.; Terazawa, Y.; Wakiyama, M.; Kojima, H.; Okabe, T.; Nagano, T.; Shirouzu, M.; Yokoyama, S.; Tanaka, A.; Honma, T.:
    “Identification of novel drug-resistant EGFR mutant inhibitors by in silico screening using comprehensive assessments of protein structures.”
    Bioorg. Med. Chem., 20(12), 3756-67, 2012.
  6. Tsuganezawa, K.; Watanabe, H.; Parker, L.; Yuki, H.; Taruya, S.; Nakagawa, Y.; Kamei, D.; Mori, M.; Ogawa, N.; Tomabechi, Y.; Handa, N.; Honma, T.; Yokoyama, S.; Kojima, H.; Okabe, T.; Nagano, T.; Tanaka, A.:
    “A novel Pim-1 kinase inhibitor targeting residues that bind the substrate peptide.”
    J Mol Biol, 417(3), 240-52, 2012.
  7. Yuki, H.; Honma, T.; Hata, M.; Hoshino, T.:
    “Prediction of sites of metabolism in a substrate molecule, instanced by carbamazepine oxidation by CYP3A4.”
    Bioorg Med Chem, 20(2), 775-83, 2011.
  8. Sato, T.; Honma, T.; Yokoyama, S.:
    “Combining Machine Learning and Pharmacophore-based Interaction Fingerprint for in silico Screening.”
    J Chem Inf Model, 50(1), 170-85, 2010.
  9. Sato, T.; Matsuo Y.; Honma, T.; Yokoyama, S.:
    “In silico functional profiling of small molecules and its applications.”
    J Med Chem, 51(24), 7705-16, 2008.
  10. *Sakiyama Y.; Yuki, H.; Moriya, T.; Hattori, K.; Suzuki, M.; Shimada, K.; Honma, T.:
    “Predicting human liver microsomal stability with machine learning techniques.”
    J Mol Graph Model 26(6), 907-915, 2008.

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel: 045-503-9433
Fax: 045-503-9432

honma [at] gsc.riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。