研究紹介

ライフサイエンス技術基盤研究センター

構造バイオインフォマティクス研究チーム

チームリーダー ZHANG Kam (Ph.D.)
ZHANG Kam (Ph.D.)

タンパク質の複雑な生物学的機能は、同じく複雑な三次元構造によって決定されます。私たちは、こうしたタンパク質の構造を計算科学的に研究することで、その機能を理解し、調節することを目指しています。そのため、タンパク質構造予測における手法を開発し、また、設計原理を応用し、新規の構造をもつ、新しい生物学的機能あるいは治療効果のあるタンパク質を創造します。新たな手段を探索し、X線結晶構造解析における位相問題の解決にも取り組み、さらには様々な創薬標的に対する新たな阻害剤の発見に向けた、計算手法の開発や応用を行います。

研究主分野

学際研究

研究関連分野

物理学 / 化学 / 生物学 & 生化学 / コンピューター科学

研究テーマ

  • タンパク質構造予測および設計
  • X線結晶構造の位相問題
  • バーチャルスクリーニングおよび薬剤設計

主要論文

  1. Voet, A. R. D., Noguchi, H., Addy, C., Zhang, K. Y. J., Tame, J. R. H.:
    “Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein.”
    Angew. Chem. Int. Ed., 54, 9857-9860. DOI:10.1002/anie.201503575. 2015
  2. Voet, A. R. D., Noguchi, H., Addy, C., Simoncini, D., Terada, D., Unzai, S., Park, S-Y., Zhang, K. Y. J., Tame, J. R. H.:
    “Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein.”
    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 111, 15102-15107. 2014.
  3. Kumar, A., Ito, A., Hirohama, M., Yoshida, M., Zhang, K. Y. J.:
    “Identification of Sumoylation Inhibitors Targeting a Predicted Pocket in Ubc9.”
    J. Chem. Inf. Model., 54, 2784−2793. 2014.
  4. Voet, A.R.D., Ito, A., Hirohama, M., Matsuoka, S., Tochio, N., Kigawa, T., Yoshida, M., Zhang, K. Y. J.:
    “Discovery of small molecule inhibitors targeting the SUMO-SIM interaction using a protein interface consensus approach. 12.”
    Med. Chem. Commun., 5, 783-786. 2014.
  5. Kumar, A., Ito, A., Takemoto, M., Yoshida, M., Zhang, K. Y. J.:
    “Identification of 1, 2, 5-Oxadiazoles as a New Class of SENP2 Inhibitors Using Structure Based Virtual Screening.”
    J. Chem. Inf. Model., 54, 870–880. 2014
  6. Berenger, F., Voet, A., Lee, X.Y., Zhang, K. Y. J.:
    “A rotation-translation invariant molecular descriptor of partial charges and its use in ligand-based virtual screening.”
    J. Cheminformatics, 6:23. 2014.
  7. Voet, A., Kumar, A., Berenger, F., Zhang, K. Y. J.:
    “Combining in silico and in cerebro approaches for virtual screening and pose prediction in SAMPL4.”
    J. Comput-Aided Mol. Des., 28, 363-373. 2014.
  8. Shrestha, R., Zhang, K. Y. J.:
    “Improving fragment quality for de novo structure prediction.”
    Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 82, 2240-2252. 2014.
  9. Simoncini, D., Zhang, K. Y. J.:
    “Efficient sampling in fragment-based protein structure prediction using an estimation of distribution algorithm.”
    PLoS ONE. 8 e68954. 2013.
  10. Berenger, F., Zhou, Y., Shrestha, R., Zhang, K. Y. J.:
    “Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys.”
    Bioinformatics. 27 939. 2011.

メンバーリスト

主宰者

ZHANG Kam
チームリーダー

メンバー

KUMAR Ashutosh
研究員
THEVENET Pierre
特別研究員
寺田 大樹
大学院生リサーチ・アソシエイト
JANEZIC Matej
国際プログラム・アソシエイト
SHRESTHA Rojan
客員研究員
SIMONCINI David
客員研究員
KALARICKAL VIJAYAN Dileep
訪問研究員
PADHI Aditya
特別研究員

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel: 045-503-9560
Fax: 045-503-9559

kamzhang [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

関連リンク

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