研究紹介

環境資源科学研究センター

バイオ生産情報研究チーム

チームリーダー 持田 恵一 (Ph.D.)
持田 恵一 (Ph.D.)

草本系のセルロースバイオマスの量的・質的な生産性を向上させた植物の開発を目指しています。草本モデル植物を用いて植物の高生産性、環境ストレス耐性などの有用形質を付与するための遺伝子探索を進めます。また、バイオマス資源用植物への応用研究を大学や研究機関との連携研究で推進します。

研究主分野

生物学

研究関連分野

情報学 / 農学

キーワード

  • ゲノム
  • バイオインフォマティクス
  • 植物バイオマスの増産
  • 草本植物
  • ゲノムの倍数性

主要論文

  1. Mochida K, Koda S, Inoue K, Hirayama T, Tanaka S, Nishii R, Melgani F.:
    “Computer vision-based phenotyping for improvement of plant productivity: a machine learning perspective.”
    Gigascience 1;8(1).(2019)
  2. Mochida K, Koda S, Inoue K, Nishii R.:
    “Statistical and Machine Learning Approaches to Predict Gene Regulatory Networks From Transcriptome Datasets.”
    Front Plant Sci 29;9:1770.(2018)
  3. Kouzai Y, Noutoshi Y, Inoue K, Shimizu M, Onda Y, Mochida K.:
    “Benzothiadiazole, a plant defense inducer, negatively regulates sheath blight resistance in Brachypodium distachyon.”
    Sci Rep 26;8(1):17358.(2018)
  4. Takahagi K, Inoue K, Mochida K.:
    “Gene Co-expression Network Analysis Suggests the Existence of Transcriptional Modules Containing a High Proportion of Transcriptionally Differentiated Homoeologs in Hexaploid Wheat.”
    Front Plant Sci 8;9:1163.(2018)
  5. Onda Y, Takahagi K, Shimizu M, Inoue K, Mochida K.:
    “Multiplex PCR Targeted Amplicon Sequencing (MTA-Seq): Simple, Flexible, and Versatile SNP Genotyping by Highly Multiplexed PCR Amplicon Sequencing.”
    Front Plant Sci 23;9:201.(2018)
  6. Takahagi K, Inoue K, Shimizu M, Uehara-Yamaguchi Y, Onda Y, Mochida K.:
    “Homoeolog-specific activation of genes for heat acclimation in the allopolyploid grass Brachypodium hybridum.”
    Gigascience 1;7(4).(2018)
  7. Mochida K, Shinozaki K.:
    “Information Resources for Functional Genomics Studies in Brachypodium distachyon.”
    Methods Mol Biol 1667:87-99.(2017)
  8. Kouzai Y, Kimura M, Watanabe M, Kusunoki K, Osaka D, Suzuki T, Matsui H, Yamamoto M, Ichinose Y, Toyoda K, Matsuura T, Mori IC, Hirayama T, Minami E, Nishizawa Y, Inoue K, Onda Y, Mochida K, Noutoshi Y.:
    “Salicylic acid‐dependent immunity contributes to resistance against Rhizoctonia solani, a necrotrophic fungal agent of sheath blight, in rice and Brachypodium distachyon.”
    New Phytol 217(2):771-783.(2017)
  9. Mochida K, Sakurai T, Seki H, Yoshida T, Takahagi K, Sawai S, Uchiyama H, Muranaka T, Saito K.:
    “Draft genome assembly and annotation of Glycyrrhiza uralensis, a medicinal legume.”
    Plant J 89(2):181-194.(2016)
  10. Takahagi K, Uehara-Yamaguchi Y, Yoshida T, Sakurai T, Shinozaki K, Mochida K, Saisho D.:
    “Analysis of single nucleotide polymorphisms based on RNA sequencing data of diverse bio-geographical accessions in barley.”
    Sci Rep 6(6):33199.(2016)

メンバーリスト

主宰者

持田 恵一
チームリーダー

メンバー

野村 俊尚
研究員
香西 雄介
基礎科学特別研究員
清水 みなみ
テクニカルスタッフⅡ
上原 由紀子
テクニカルスタッフⅡ
井上 小槙
テクニカルスタッフⅡ