研究紹介

環境資源科学研究センター

ケミカルゲノミクス研究グループ

グループディレクター 吉田 稔 (D.Agr.)
吉田 稔 (D.Agr.)

ケミカルバイオロジーのアプローチにより、様々な生命現象を理解し、それを人為的に制御するためには、ユニークな活性を持つ新たな小分子リガンドの開発が必須です。そこで当グループは、化合物ライブラリーから環境資源科学の進展に貢献可能な新しい分子リガンドの発見を目指します。具体的には、動植物・微生物細胞を用いた表現型スクリーニング系、あるいは代謝調節やエピゲノム等を標的としたin vitroスクリーニング系を構築し、探索研究を行います。さらにハイスループットスクリーニングの高度化を目指した基盤研究を行います。これらのケミカルバイオロジー研究を通じて、環境資源科学研究の新しい方法論を開拓することを研究目標としています。

研究主分野

生物学

研究関連分野

化学

キーワード

  • ケミカルバイオロジー
  • エピジェネティクス
  • 作用機作
  • 遺伝子発現制御
  • 創薬スクリーニング

主要論文

  1. Matsumoto, K., Kose, S., Kuwahara, I., Yoshimura, M., Imamoto, N., Yoshida, M.:
    "Y-box protein-associated acidic protein (YBAP1/C1QBP) affects the localization and cytoplasmic functions of YB-1."
    Sci. Rep., 8, 6198 (2018)
  2. Takase, S., Kurokawa, R., Arai, D., Kanemoto Kanto, K,, Okino, T., Nakao, Y., Kushiro, T., Yoshida, M., Matsumoto, K.:
    "A quantitative shRNA screen identifies ATP1A1 as a gene that regulates cytotoxicity by aurilide B."
    Sci. Rep., 7, 2002 (2017)
  3. Piotrowski, J.S., Li, S.C., Deshpande, R., Simpkins, S.W., Nelson, J., Yashiroda, Y., Barber, J.M., Safizadeh, H., Wilson, E., Okada, H., Gebre, A.A., Kubo, K., Torres, N., Leblanc, M.B., Andrusiak, K., Okamoto, R., Yoshimura, M., van Leeuwen, J., Shirahige, K., Baryshnikova, A., Brown, G., Saito, T., Costanzo, M., Andrews, B., Ohya, Y., Osada, H., Yoshida, M., Myers, C.L., Boone, C.:
    "Functional annotation of chemical libraries across diverse biological processes."
    Nat. Chem. Biol., 13, 982-993 (2017)
  4. Nakaoka, S., Sasaki, K., Ito, A., Nakao, Y., Yoshida, M.:
    "A genetically encoded FRET probe to detect intranucleosomal histone H3K9 or H3K14 acetylation using BRD4, a BET family member."
    ACS Chem. Biol., 11, 729-33 (2016)
  5. Sun, X., Hirai, G., Ueki, M., Hirota, H., Wang, Q., Hongo, Y., Nakamura, T., Hitora, Y., Takahashi, H., Sodeoka, M., Osada, H., Hamamoto, M., Yoshida, M., Yashiroda, Y.:
    "Identification of novel secreted fatty acids that regulate nitrogen catabolite repression in fission yeast."
    Sci. Rep., 6, 20856 (2016)
  6. Ling, F., Niu, R., Hatakeyama, R., Goto, Y., Shibata, T., and Yoshida, M.:
    "ROS stimulate mitochondrial allele segregation towards homoplasmy in human cells."
    Mol. Biol. Cell, 27, 1684-93 (2016)
  7. Ito, A., Shimazu, T., Maeda, S., Shah, A.A., Tsunoda, T., Iemura, S., Natsume, T., Suzuki, T., Motohashi, H., Yamamoto, M., Yoshida, M.:
    "The subcellular localization and activity of cortactin is regulated by acetylation and interaction with Keap1."
    Sci. Signal., 8, ra120 (2015)
  8. Arita, Y., Nishimura, S., Ishitsuka, R., Kishimoto, T., Ikenouchi, J., Ishii, K., Umeda, M., Matsunaga, S., Kobayashi, T., Yoshida, M.:
    "Targeting cholesterol in a liquid-disordered environment by theonellamides modulates cell membrane order and cell shape."
    Chem. Biol., 222, 604-610 (2015)
  9. Feldman, J.L., Dittenhafer-Reed, K.E., Kudo, N., Thelen, J.N., Ito, A., Yoshida, M., Denu, J.M.:
    "Kinetic and structural basis for acyl-group selectivity and NAD(+) dependence in sirtuin-catalyzed deacylation."
    Biochemistry, 54, 3037-3050 (2015)
  10. Hirohama, M., Kumar, A., Fukuda, I., Matsuoka, S., Igarashi, Y., Saitoh, H., Takagi, M., Shin-Ya, K., Honda, K., Kondoh, Y., Saito, T., Nakao, Y., Osada, H., Zhang, K.Y., Yoshida, M., Ito, A.:
    "Spectomycin B1 as a novel SUMOylation inhibitor that directly binds to SUMO E2."
    ACS Chem. Biol., 8, 2635-2642 (2013)

メンバーリスト

主宰者

吉田 稔
グループディレクター

メンバー

松本 健
専任研究員
松山 晃久
専任研究員
LING Feng
専任研究員
八代田 陽子
専任研究員
SCHNEIDER-POETSCH Tilman Hans Jorg
研究員
佐々木 和樹
研究員
岡本 真也
研究員
松岡 真生
特別研究員
平塚 知成
特別研究員
大澤 晋
特別研究員
CHHIPI SHRESTHA Jagat Krishna
特別研究員
落合 佳樹
大学院生リサーチ・アソシエイト
黒川 留美
テクニカルスタッフⅠ
稲場 瞳子
テクニカルスタッフⅠ
橋本 敦史
テクニカルスタッフⅡ
高瀬 恵
テクニカルスタッフⅡ