研究紹介

生命医科学研究センター

応用計算ゲノミクス研究チーム

チームリーダー DE HOON Michiel Jan Laurens (Ph.D.)
DE HOON Michiel Jan Laurens(Ph.D.)

FANTOMやENCODEに代表されるゲノムワイドなトランスクリプトームにより遺伝子座には様々な転写産物の多型があり、タンパク質をコードしていないものが存在することが明らかにされました。ほとんどの場合、このようなノンコーディングRNAの機能は解明されていませんが、細胞特異的な発現パターンから細胞のタイプを決定する重要な役割を果たしていることが示唆されています。我々のユニットでは、次世代シーケンサーから得られたデータを解析する新しい方法論を開発し、RNA分子の分類や機能の解明、生物学的な分子ネットワークにおける役割を解明することを目指します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

生物学

キーワード

  • ノンコーディングRNA

主要論文

  1. De Hoon, M., Shin, J.W., Carninci, P.:
    "Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects"
    Mammalian Genome 26, 391-402 (2015).
  2. Arner, E.; Daub, C.O.; Vitting-Seerup, K.; Andersson, R.; Lilje, B.; Drabløs, F.; Lennartsson, A.; Rönnerblad, M.; Hrydziuszko, O.; Vitezic, M.; Freeman, T.C.; Alhendi, A.M.; Arner, P.; Axton, R.; Baillie, J.K.; Beckhouse, A.; Bodega, B.; Briggs, J.; Brombacher, F.; Davis, M.; Detmar, M.; Ehrlund, A.; Endoh, M.; Eslami, A.; Fagiolini, M.; Fairbairn, L.; Faulkner, G.J.; Ferrai, C.; Fisher, M.E.; Forrester, L.; Goldowitz, D.; Guler, R.; Ha, T.; Hara, M.; Herlyn, M.; Ikawa, T.; Kai, C.; Kawamoto, H.; Khachigian, L.M.; Klinken, S.P.; Kojima, S.; Koseki, H.; Klein, S.; Mejhert, N.; Miyaguchi, K.; Mizuno, Y.; Morimoto, M.; Morris, K.J.; Mummery, C.; Nakachi, Y.; Ogishima, S.; Okada-Hatakeyama, M.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Ovchinnikov, D.; Passier, R.; Patrikakis, M.; Pombo, A.; Qin, X.Y.; Roy, S.; Sato, H.; Savvi, S.; Saxena, A.; Schwegmann, A.; Sugiyama, D.; Swoboda, R.; Tanaka, H.; Tomoiu, A.; Winteringham, L.N.; Wolvetang, E.; Yanagi-Mizuochi, C.; Yoneda, M.; Zabierowski, S.; Zhang, P.; Abugessaisa, I.; Bertin, N.; Diehl, A.D.; Fukuda, S.; Furuno, M.; Harshbarger, J.; Hasegawa, A.; Hori, F.; Ishikawa-Kato, S.; Ishizu, Y.; Itoh, M.; Kawashima, T.; Kojima, M.; Kondo, N.; Lizio, M.; Meehan, T.F.; Mungall, C.J.; Murata, M.; Nishiyori-Sueki, H.; Sahin, S.; Nagao-Sato, S.; Severin, J.; De Hoon, M.J.L.; Kawai, J.; Kasukawa, T.; Lassmann, T.; Suzuki, H.; Kawaji, H.; Summers, K.M.; Wells, C.; FANTOM Consortium; Hume, D.A.; Forrest, A.R.; Sandelin, A.; Carninci, P.; Hayashizaki, Y.:
    "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells"
    Science 347, 1010-1014 (2015).
  3. Boele, J., Persson, H., Shin, J.W., Ishizu, Y., Newie, I.S., Søkilde, R., Hawkins, S.M., Coarfa, C., Ikeda, K., Takayama, K.I., Horie-Inoue, K., Ando, Y., Burroughs, A.M., Sasaki, C,, Suzuki, C., Sakai, M., Aoki, S., Ogawa, A., Hasegawa, A., Lizio, M., Kaida, K., Teusink, B., Carninci, P., Suzuki, H., Inoue, S., Gunaratne, P.H., Rovira, C., Hayashizaki, Y., De Hoon, M.J.L.:
    "PAPD5-mediated 3' adenylation and subsequent degradation of miR-21 is disrupted in proliferative disease"
    Proceedings of the National Academy of Sciences USA 111, 11467-11472 (2014).
  4. Fort, A., Hashimoto, K., Yamada, D., Salimullah, M., Keya, C.A., Saxena, A., Bonetti, A., Voineagu, I., Bertin, N., Kratz, A., Noro, Y., Wong, C.H., De Hoon, M.J.L., Andersson, R., Sandelin, A., Suzuki, H., Wei, C.L., Koseki, H., The FANTOM Consortium, Hasegawa, Y., Forrest, A.R.R., Carninci, P.:
    "Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance"
    Nature Genetics 46, 558-566 (2014).
  5. FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT).:
    "A promoter-level mammalian expression atlas"
    Nature 507, 462-470 (2014)
  6. Francia, S., Michelini, F., Saxena, A., Tang, D., De Hoon, M.J.L., Anelli, V., Mione, M., Carninci, P., d'Adda di Fagagna, F.:
    "Site-specific DICER and DROSHA RNA products control the DNA-damage response"
    Nature 488, 231-235 (2012)
  7. Burroughs, A.M., Ando, Y., De Hoon, M.J.L., Tomaru, Y., Nishibu, T., Ukekawa, R., Funakoshi, T., Kurokawa, T., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Daub, C.O.:
    "A comprehensive survey of 3' animal miRNA modification events and a possible role for 3' adenylation in modulating miRNA targeting effectiveness"
    Genome Research 20, 1398-1410 (2010)
  8. De Hoon, M.J.L., Taft, R.J., Hashimoto, T., Kanamori-Katayama, M., Kawaji, H., Kawano, M., Kishima, M., Lassmann, T., Faulkner, G.J., Mattick, J.S., Daub, C.O., Carninci, P., Kawai, J., Suzuki, H., Hayashizaki, Y.:
    "Cross-mapping and the identification of editing sites in mature microRNAs in high-throughput sequencing libraries"
    Genome Research 20, 257-264 (2010)
  9. Cock, P.J., Antao, T., Chang, J.T., Chapman, B.A., Cox, C.J., Dalke, A., Friedberg, I., Hamelryck, T., Kauff, F., Wilczynski, B., De Hoon, M.J.L.:
    "Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics"
    Bioinformatics 25, 1422-1423 (2009)
  10. The FANTOM Consortium & Riken Omics Science Center.:
    "The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line"
    Nature Genetics 41, 553-562 (2009)

メンバーリスト

主宰者

DE HOON Michiel Jan Laurens
チームリーダー

メンバー

AGRAWAL Saumya
特別研究員
LASSMANN Timo
客員研究員