研究紹介

生命医科学研究センター

一細胞解析技術研究チーム

チームリーダー CARNINCI Piero (Ph.D.)
CARNINCI Piero (Ph.D.)

当ユニットでは、Population transcriptomicsを用いて生物学的試料を含有するRNAにごとに分類し、単一細胞からなる細胞集団として記述するための方法を開発しています。この新たな手法を用いて数万個の個別細胞から得たシーケンスライブラリーを比較します。Population transcriptomicsは、バイオマーカーの発見とモニタリングに貢献し、薬物治療および細胞の再プログラム化への影響に関するあらゆる研究を高分解能で行えるようにするものと期待されます。

研究主分野

総合生物

キーワード

  • トランスクリプトーム
  • 単一細胞
  • オープンソース

主要論文

  1. Arnaud O., Kato S., Poulain S., Plessy C.:
    "Targeted reduction of highly abundant transcripts using pseudo-random primers"
    Biotechniques. 2016 Apr 1;60(4):169-74. PMID: 27071605.
  2. Kratz A., Beguin P., Kaneko M., Chimura T., Suzuki AM., Matsunaga A., Kato S., Bertin N., Lassmann T., Vigot R., Carninci P., Plessy C., Launey T.:
    "Digital expression profiling of the compartmentalized translatome of Purkinje neurons"
    Genome Res. 2014 Aug;24(8):1396-410. PMID: 24904046
  3. Abdelhamid RF., Plessy C., Yamauchi Y., Taoka M., de Hoon M., Gingeras TR., Isobe T., Carninci P.:
    "Multiplicity of 5' Cap Structures Present on Short RNAs"
    PLoS One. 2014 Jul 31;9(7):e102895. PMID: 25079783
  4. Haberle V., Li N., Hadzhiev Y., Plessy C., Previti C., Nepal C., Gehrig J., Dong X., Akalin A., Suzuki AM., van IJcken WF., Armant O., Ferg M., Strähle U., Carninci P., Müller F., Lenhard B.:
    "Two independent transcription initiation codes overlap on vertebrate core promoters"
    Nature. 2014 Mar 20;507(7492):381-5. PMID: 24531765
  5. Harbers M., Kato S., de Hoon M., Hayashizaki Y., Carninci P., Plessy C.:
    "Comparison of RNA- or LNA-hybrid oligonucleotides in template-switching reactions for high-speed sequencing library preparation"
    BMC Genomics. 2013 Sep 30 14(1):665. PMID: 24079827
  6. Plessy C., Desbois L., Fujii T., Carninci P.:
    "Population transcriptomics with single-cell resolution: a new field made possible by microfluidics: a technology for high throughput transcript counting and data-driven definition of cell types"
    Bioessays. 2013 Feb;35(2):131-40. Epub 2012 Dec 27. PMID: 23281054 (review article)
  7. Tang DT., Plessy C., Salimullah M., Suzuki AM., Calligaris R., Gustincich S., Carninci P.:
    "Suppression of artifacts and barcode bias in high-throughput transcriptome analyses utilizing template switching"
    Nucleic Acids Res. 2013 Feb 1;41(3):e44. Epub 2012 Nov 24. PMID: 23180801
  8. Plessy C., Pascarella G., Bertin N., Akalin A., Carrieri C., Vassalli A., Lazarevic D., Severin J., Vlachouli C., Simone R., Faulkner GJ., Kawai J., Daub CO., Zucchelli S., Hayashizaki Y., Mombaerts P., Lenhard B., Gustincich S., Carninci P.:
    "Promoter architecture of mouse olfactory receptor genes"
    Genome Res. 2012 Mar;22(3):486-97. Epub 2011 Dec 22. PMID: 22194471
  9. Plessy C., Bertin N., Takahashi H., Simone R., Salimullah M., Lassmann T., Vitezic M., Severin J., Olivarius S., Lazarevic D., Hornig N., Orlando V., Bell I., Gao H., Dumais J., Kapranov P., Wang H., Davis CA., Gingeras TR., Kawai J., Daub CO., Hayashizaki Y., Gustincich S., Carninci P.:
    "Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan"
    Nat Methods. 2010 Jul;7(7):528-34. Epub 2010 Jun 13. PMID: 20543846
  10. Olivarius S., Plessy C., Carninci P.:
    "High-throughput verification of transcriptional starting sites by Deep-RACE"
    Biotechniques. 2009 Feb;46(2):130-2. PMID: 19317658