研究紹介

生命医科学研究センター

医科学数理研究チーム

チームリーダー 角田 達彦 (Ph.D., Ph.D.)
角田 達彦 (Ph.D., Ph.D.)

医学は、患者の個人間の多様性を診断し、それぞれの患者に合わせた適切な種類と量の治療を施すことが視野に入りつつあります。多様性の原因となるものは、個人の遺伝子配列の多様性や環境などの違いです。当研究室は遺伝的多様性を全ゲノムシークエンスレベルで捉え、また細胞の状態をマイクロアレーなどに基づく遺伝子発現プロファイルにより捉えることによって、両者を統合解析し、診断・治療に貢献する研究を行っています。最も重要な貢献として、疾患関連遺伝子同定のためのゲノムワイド関連研究や薬剤の効果や副作用の多様性の研究での解析があげられます。また次世代シークエンサーで日本人のゲノムや患者のゲノムの多様性、あるいはがんゲノムの変異・変化を高精度に網羅的にとらえ解析することを行っています。さらに多様性やそれらの連鎖不平衡、臨床情報、遺伝子発現データの実際の大規模なデータを現実的に扱う数理的枠組み、アルゴリズム、疾患原因遺伝子探索、疾患機序解明の研究を行っています。

研究主分野

医歯薬学

研究関連分野

数物系科学

キーワード

  • 疾患オミックス解析
  • ゲノム医療
  • プレシジョン医療
  • 医科学数理

主要論文

  1. Shigemizu, D., Iwase, T., Yoshimoto, M., Suzuki, Y., Miya, F., Boroevich, K.A., Katagiri, T., Zembutsu, H., and Tsunoda, T.:
    "The prediction models for postoperative overall survival and disease-free survival in patients with breast cancer"
    Cancer Medicine, 6, 1627-1638 (2017).
  2. Fujimoto, A.+, Furuta, M.+, Totoki, Y.+, Tsunoda, T.+, Kato, M.+ (+: co-first), Shiraishi, Y., Tanaka, H., Taniguchi, H., Kawakami, Y., Ueno, M., Gotoh, K., Ariizumi, S., Wardell, C.P., Hayami, S., Nakamura, T., Aikata, H., Arihiro, K., Boroevich, K.A., Abe, T., Nakano, K., Maejima, K., Sasaki-Oku, A., Ohsawa, A., Shibuya, T., Nakamura, H., Hama, N., Hosoda, F., Arai, Y., Ohashi, S., Urushidate, T., Nagae, G., Yamamoto, S., Ueda, H., Tatsuno, K., Ojima, H., Hiraoka, N., Okusaka, T., Kubo, M., Marubashi, S., Yamada, T., Hirano, S., Yamamoto, M., Ohdan, H., Shimada, K., Ishikawa, O., Yamaue, H., Chayama, K., Miyano, S., Aburatani, H., Shibata, T., and Nakagawa, H.:
    "Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer"
    Nature Genetics, 48, 500-509 (2016).
  3. Fujimoto, A., Furuta, M., Shiraishi, Y., Gotoh, K., Kawakami, Y., Arihiro, K., Nakamura, T., Ueno, M., Ariizumi, S., Hai Nguyen, H., Shigemizu, D., Abe T., Boroevich, KA., Nakano, K., Sasaki, A., Kitada, R., Maejima, K., Yamamoto, Y., Tanaka, H., Shibuya, T., Shibata, T., Ojima, H., Shimada, K., Hayami, S., Shigekawa, Y., Aikata, H., Ohdan, H., Marubashi, S., Yamada, T., Kubo, M., Hirano, S., Ishikawa, O., Yamamoto, M., Yamaue, H., Chayama, K., Miyano, S., Tsunoda, T.*, and Nakagawa, H.*:
    "Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity"
    Nature Communications. 6, 6120 (2015).
  4. Fujimoto, A., Totoki, Y., Abe, T., Boroevich, K.A., Hosoda, F., Nguyen, H.H., Aoki, M., Hoshono, N., Kubo, M., Miya, F., Arai, Y., Takahashi, H., Shirakihara, T., Nagasaki, M., Shibuya, T., Nakano, K., Watanabe-Makino, K., Tanaka, H., Nakamura, H., Kusuda, J., Ojima, H., Shimada, K., Okusaka, T., Ueno, M., Shigekawa, Y., Kawakami, Y., Arihiro, K., Ohdan, H., Gotoh, K., Ishikawa, O., Ariizumi, S., Yamamoto, M., Yamada, T., Chayama, K., Kosuge, T., Yamaue, H., Kamatani, N., Miyano, S., Nakagama, H., Nakamura, Y., Tsunoda, T., Shibata, T., and Nakagawa, H.:
    "Whole Genome Sequencing of Liver Cancers Identifies Etiological Influences on Mutation Patterns and Recurrent Mutations in Chromatin Regulators"
    Nature Genetics, 44, 760-764 (2012).
  5. Fujimoto, A., Nakagawa, H., Hosono, N., Nakano, K., Abe, T., Boroevich, K.A., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Shibuya, T., Kubo, M., Miyano, S., Nakamura, Y., and Tsunoda, T.:
    "Whole genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing"
    Nature Genetics, 42, 931-936 (2010).
  6. The International Cancer Genome Consortium:
    "International network of cancer genome projects"
    Nature, 464, 993-998 (2010).
  7. Kato, M., Kawaguchi, T., Ishikawa, S., Umeda, T., Nakamichi, R., Shapero, M.H., Jones, K.W., Nakamura, Y., Aburatani, H., and Tsunoda, T.:
    "Population-genetic nature of copy number variations in the human genome"
    Human Molecular Genetics, 19, 761-773 (2010).
  8. The International HapMap Consortium:
    "A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs"
    Nature, 449, 851-862 (2007).
  9. The International HapMap Consortium:
    "A haplotype map of the human genome"
    Nature, 437, 1299-1320 (2005).
  10. Tsunoda, T., Lathrop, G.M., Sekine, A., Yamada, R., Takahashi, A., Ohnishi, Y., Tanaka, T., and Nakamura, Y.:
    "Variation of gene-based SNPs and linkage disequilibrium patterns in the human genome"
    Human Molecular Genetics, 13, 1623-1632 (2004).

メンバーリスト

主宰者

角田 達彦
チームリーダー

メンバー

SHARMA Alokanand
研究員
LYSENKO Artem
特別研究員
森園 隆
テクニカルスタッフⅠ
BOROEVICH Keith Anthony
テクニカルスタッフⅠ

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22 北研究棟
Tel: 045-503-9556
Fax: 045-503-7003

tatsuhiko.tsunoda [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

関連リンク

最新の研究成果