研究紹介

生命医科学研究センター

マイクロバイオーム研究チーム

チームリーダー 服部 正平 (Ph.D.)
服部 正平 (Ph.D.)

マイクロバイオーム研究チームでは、ヒトを主体とする宿主と共生細菌叢との相互作用研究における微生物ゲノム解析・メタゲノム解析等を行うため、次世代シークエンサーを用いた微生物のゲノム配列解析からそのゲノム情報科学・生命情報科学的解析まで統合的に研究を推進します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

情報学 / 総合生物 / 生物学 / 医歯薬学

キーワード

  • マイクロバイオーム
  • メタゲノム
  • 腸内細菌叢
  • 常在菌
  • 微生物ゲノム

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Takayasu L, Suda W, Watanabe E, Fukuda S, Takanashi K, Ohno H, Takayasu M, Takayasu H, Hattori M.:
    "A 3-dimensional mathematical model of microbial proliferation that generates the characteristic cumulative relative abundance distributions in gut microbiomes"
    PLoS One 12: e0180863 (2017).
  2. *Takayasu L, Suda W, Takanashi K, Erica Iioka E, Kurokawa R, Shindo C, Hattori Y, Yamashita N, Nishijima S, Oshima K, and Hattori M.:
    "Circadian oscillations of microbial and functional composition in the human salivary microbiome"
    DNA Res., 24: 261-270 (2017).
  3. *Iwasawa K, Suda W, Tsunoda T, Oikawa-Kawamoto M, Umetsu S, Inui A, Fujisawa T, Morita H, Sogo T, Hattori M.:
    "Characterisation of the faecal microbiota in Japanese patients with paediatric-onset primary sclerosing cholangitis"
    Gut, 66: 1344-1346 (2017).
  4. *Nishijima S, Suda W, Oshima K, Kim S-W, Hirose Y, Morita H, Hattori M.:
    "The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness"
    DNA Res. 23: 125-133 (2016).
  5. *Atarashi K, Tanoue T, Ando M, Kamada N, Nagano Y, Narushima S, Suda W, Imaoka A, Setoyama H, Nagamori T, Ishikawa E, Shima T, Hara T, Kado S, Jinnohara T, Ohno H, Kondo T, Toyooka K, Watanabe E, Yokoyama SI, Tokoro S, Mori H, Noguchi Y, Morita H, Ivanov II, Sugiyama T, Nuñez G, Camp JG, Hattori M, Umesaki Y, Honda K.:
    "Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells"
    Cell 163: 367-380 (2015).
  6. *Miyake S, Kim S, Suda W, Oshima K, Nakamura M, Matsuoka T, Chihara N, Tomita A, Sato W, Kim SW, Morita H, Hattori M, Yamamura T.:
    "Dysbiosis in the Gut Microbiota of Patients with Multiple Sclerosis, with a Striking Depletion of Species Belonging to Clostridia XIVa and IV Clusters"
    PLoS One. 10: e0137429 (2015).
  7. *Kawamoto S, Maruya M, Kato LM, Suda W, Atarashi K, Doi Y, Tsutsui Y, Qin H, Honda K, Okada T, Hattori M, Fagarasan S.:
    "Symbiotic regulatory loop between Foxp3+ T cells, IgA and gut microbiota"
    Immunity 41: 152-65 (2014).
  8. *Said HS, Suda W, Nakagome S, Chinen H, Oshima K, Kim S, Kimura R, Iraha A, Ishida H, Fujita J, Mano S, Morita H, Dohi T, Oota H, Hattori M.:
    "Dysbiosis of salivary microbiota in inflammatory bowel diseases and its association with oral immunological biomarkers"
    DNA Res. 21: 15-25 (2014).
  9. *Atarashi K, Tanoue T, Oshima K, Suda W, Nagano Y, Kim S, Narushima S, Fukuda S, Hase K, Ohno H, Olle B, Taniguchi T, Morita H, Hattori M, Honda K.:
    "Treg induction by a rationally selected mixture of Clostridia strains from the human microbiota"
    Nature 500: 232-236 (2013).
  10. *Kim SW, Suda W, Kim S, Oshima K, Fukuda S, Ohno H, Morita H, Hattori M.:
    "Robustness of gut microbiota of healthy adult in response to probiotic intervention revealed by high-throughput pyrosequencing"
    DNA Res. 20: 241-253 (2013).

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