研究紹介

生命医科学研究センター

予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット

開発ユニットリーダー 川路 英哉 (Ph.D.)
川路 英哉 (Ph.D.)

予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット (Preventive medicine and applied genomics unit )では、安全かつ慎重に行われるべき臨床情報と大量に産出されるゲノミクスデータの双方を適切に扱う情報処理技術の開発、情報処理環境の設計や構築とその運用、これらを用いた現実の臨床研究解析を実施します。社会知創成事業 予防医療・診断技術開発プログラムで行われる臨床研究を主な適用対象とすることで、臨床研究の現場に有用な技術開発を行います。また、これまでに取得され公開されてきた数多くのゲノミクスデータを効果的・効率的に活用するための研究開発を行います。

研究主分野

複合領域

研究関連分野

総合生物

キーワード

  • トランスクリプトーム
  • ゲノミクス
  • バイオインフォマティクス

主要論文

  1. Yoshihara M, Sasamoto Y, Hayashi R, Ishikawa Y, Tsujikawa M, Hayashizaki Y, Itoh M, Kawaji H, Nishida K.:
    "High-resolution promoter map of human limbal epithelial cells cultured with keratinocyte growth factor and rho kinase inhibitor"
    Sci Rep 7: 2845. (2017)
  2. Takamochi K, Ohmiya H, Itoh M, Mogushi K, Saito T, Hara K, Mitani K, Kogo Y, Yamanaka Y, Kawai J, Hayashizaki Y, Oh S, Suzuki K, Kawaji H.:
    "Novel biomarkers that assist in accurate discrimination of squamous cell carcinoma from adenocarcinoma of the lung"
    BMC Cancer 16: 760.(2016)
  3. Lizio M, Harshbarger J, Shimoji H, Severin J, Kasukawa T, Sahin S, Abugessaisa I, Fukuda S, Hori F, Ishikawa-Kato S, Mungall CJ, Arner E, Baillie J, Bertin N, Bono H, de Hoon M, Diehl AD, Dimont E, Freeman TC, Fujieda K, Hide W, Kaliyaperumal R, Katayama T, Lassmann T, Meehan TF, Nishikata K, Ono H, Rehli M, Sandelin A, Schultes EA, ‘t Hoen P, Tatum Z, Thompson M, Toyoda T, Wright DW, Daub CO, Itoh M, Carninci P, Hayashizaki Y, Forrest A, Kawaji H.:
    "Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas"
    Genome Biol 16: 22 (2015)
  4. Forrest ARR, Kawaji H, Rehli M, et al.:
    "A promoter-level mammalian expression atlas"
    Nature 507:462–70 (2014)
  5. Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, Ntini E, Arner E, Valen E, Li K, Schwarzfischer L, Glatz D, Raithel J, Lilje B, Rapin N, Bagger FO, Jørgensen M, Andersen PR, Bertin N, Rackham O, Burroughs AM, Baillie JK, Ishizu Y, Shimizu Y, Furuhata E, Maeda S, Negishi Y, Mungall CJ, Meehan TF, Lassmann T, Itoh M, Kawaji H, Kondo N, Kawai J, Lennartsson A, Daub CO, Heutink P, Hume DA, Jensen TH, Suzuki H, Hayashizaki Y, Müller F, Forrest ARR, Carninci P, Rehli M, Sandelin A. 2014.:
    "An atlas of active enhancers across human cell types and tissues"
    Nature 507:455–61 (2014)
  6. Kawaji H, Lizio M, Itoh M, et al.:
    "Comparison of CAGE and RNA-seq transcriptome profiling using clonally amplified and single-molecule next-generation sequencing"
    Genome Res. 24:708–717 (2014)
  7. Kajiyama K, Okada-Hatakeyama M, Hayashizaki Y, Kawaji H, Suzuki H.:
    "Capturing drug responses by quantitative promoter activity profiling"
    CPT pharmacometrics Syst Pharmacol. 2:e77 (2013)
  8. Kawano M, Kawaji H, Grandjean V, Kiani J, Rassoulzadegan M.:
    "Novel small noncoding RNAs in mouse spermatozoa, zygotes and early embryos"
    PLoS One. 7:e44542 (2012)
  9. Kawaji H, Nakamura M, Takahashi Y, et al.:
    "Hidden layers of human small RNAs"
    BMC Genomics. 9:157 (2008).
  10. Kawaji H, Frith MC, Katayama S, et al.:
    "Dynamic usage of transcription start sites within core promoters."
    Genome Biol. 7(12):R118 (2006).

メンバーリスト

主宰者

川路 英哉
開発ユニットリーダー

メンバー

森岡 勝樹
センター研究員
廣瀬 直毅
特別研究員
バカット シュルティ
国際プログラム・アソシエイト
伊藤 陽介
大学院生リサーチ・アソシエイト
高橋 智昭
大学院生リサーチ・アソシエイト
佐野 浩美
テクニカルスタッフⅠ