研究紹介

医科学イノベーションハブ推進プログラム

バイオマーカー計測グループ

グループディレクター 小原 收 (Ph.D.)
小原 收 (Ph.D.)

当研究グループは、近年顕著な進展が見られるゲノム科学をバイオマーカー探索に利用するためのパイプライン開発とその実運用をミッションとしています。計測対象は、たんぱく質、RNA、DNAなどの複数の生体分子をカバーし、1細胞から臓器・組織の階層までを対象として目的に応じた網羅性での解析をデザイン・運用します。また、こうした計測の再現性の評価や質担保の問題も重要であり、データ計測だけでなくデータの一次解析も視野に入れた研究開発を行います。

研究主分野

生物学

研究関連分野

医歯薬学

生物物理学 / 分子生物学

キーワード

  • ゲノム解析技術開発
  • バイオマーカー解析技術開発

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Shirasaki Y, Ohara O.:
    "Challenges in Developing Protein Secretion Assays at a Single-Cell Level."
    Methods Mol Biol. 2018;1808:1-7. doi:10.1007/978-1-4939-8567-8_1. PubMed PMID: 29956169.
  2. *Fujiki R, Ikeda M, Yoshida A, Akiko M, Yao Y, Nishimura M, Matsushita K, Ichikawa T, Tanaka T, Morisaki H, Morisaki T, Ohara O.:
    "Assessing the Accuracy of Variant Detection in Cost-Effective Gene Panel Testing by Next-Generation Sequencing. J Mol Diagn. 2018 Jun 25. pii: S1525-1578(17)30554-8."
    doi:10.1016/j.jmoldx.2018.04.004. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 29953964.
  3. Isobe Y, Kawashima Y, Ishihara T, Watanabe K, Ohara O, Arita M.:
    "Identification of Protein Targets of 12/15-Lipoxygenase-Derived Lipid Electrophiles in Mouse Peritoneal Macrophages Using Omega-Alkynyl Fatty Acid."
    ACS Chem Biol. 2018 Apr 20;13(4):887-893. doi: 10.1021/acschembio.7b01092. Epub 2018 Mar 1. PubMed PMID: 29461797.
  4. Kadowaki T, Ohnishi H, Kawamoto N, Hori T, Nishimura K, Kobayashi C, Shigemura T, Ogata S, Inoue Y, Kawai T, Hiejima E, Takagi M, Imai K, Nishikomori R, Ito S, Heike T, Ohara O, Morio T, Fukao T, Kanegane H.:
    "Haploinsufficiency of A20 causes autoinflammatory and autoimmune disorders. J Allergy Clin Immunol. 2018 Apr;141(4):1485-1488.e11."
    doi: 10.1016/j.jaci.2017.10.039. Epub 2017 Dec 11.PubMed PMID: 29241730.
  5. Bin BH, Bhin J, Takaishi M, Toyoshima KE, Kawamata S, Ito K, Hara T, Watanabe T, Irié T, Takagishi T, Lee SH, Jung HS, Rho S, Seo J, Choi DH, Hwang D, Koseki H, Ohara O, Sano S, Tsuji T, Mishima K, Fukada T.:
    "Requirement of zinc transporter ZIP10 for epidermal development: Implication of the ZIP10-p63 axis in epithelial homeostasis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Nov 14;114(46):12243-12248. "
    doi:10.1073/pnas.1710726114. Epub 2017 Oct 23. PubMed PMID: 29078349; PubMed Central PMCID: PMC5699059.
  6. Dong Y, Isono KI, Ohbo K, Endo TA, Ohara O, Maekawa M, Toyama Y, Ito C, Toshimori K, Helin K, Ogonuki N, Inoue K, Ogura A, Yamagata K, Kitabayashi I, Koseki H.:
    "EPC1/TIP60-Mediated Histone Acetylation Facilitates Spermiogenesis inMice."
    Mol Cell Biol. 2017 Sep 12;37(19). pii: e00082-17. doi:10.1128/MCB.00082-17. Print 2017 Oct 1. PubMed PMID: 28694333; PubMed Central PMCID: PMC5599718.
  7. Endoh M, Endo TA, Shinga J, Hayashi K, Farcas A, Ma KW, Ito S, Sharif J, Endoh T, Onaga N, Nakayama M, Ishikura T, Masui O, Kessler BM, Suda T, Ohara O, Okuda A, Klose R, Koseki H.:
    "PCGF6-PRC1 suppresses premature differentiation of mouse embryonic stem cells by regulating germ cell-related genes."
    Elife. 2017 Mar 17;6. pii: e21064. doi: 10.7554/eLife.21064. Erratum in: Elife. 2017 Apr 25;6:. PubMed PMID: 28304275; PubMed Central PMCID: PMC5375644.
  8. *Fujiki R, Hijikata A, Shirai T, Okada S, Kobayashi M, Ohara O.:
    "Molecular mechanism and structural basis of gain-of-function of STAT1 caused by pathogenic R274Q mutation."
    J Biol Chem. 2017 Apr 14;292(15):6240-6254. doi:10.1074/jbc.M116.753848. Epub 2017 Mar 3. PubMed PMID: 28258222; PubMed Central PMCID: PMC5391754.
  9. Kagawa R, Fujiki R, Tsumura M, Sakata S, Nishimura S, Itan Y, Kong XF, Kato Z, Ohnishi H, Hirata O, Saito S, Ikeda M, El Baghdadi J, Bousfiha A, Fujiwara K, Oleastro M, Yancoski J, Perez L, Danielian S, Ailal F, Takada H, Hara T, Puel A, Boisson-Dupuis S, Bustamante J, Casanova JL, Ohara O, Okada S, Kobayashi M.:
    "Alanine-scanning mutagenesis of human signal transducer and activator of transcription 1 to estimate loss- or gain-of-function variants."
    J Allergy Clin Immunol. 2017 Jul;140(1):232-241. doi: 10.1016/j.jaci.2016.09.035. Epub 2016 Dec 20. PubMed PMID: 28011069; PubMed Central PMCID: PMC5471135.
  10. Hashimoto-Tane A, Sakuma M, Ike H, Yokosuka T, Kimura Y, Ohara O, Saito T.:
    "Micro-adhesion rings surrounding TCR microclusters are essential for T cell activation."
    J Exp Med. 2016 Jul 25;213(8):1609-25. doi: 10.1084/jem.20151088. Epub 2016 Jun 27. PubMed PMID: 27354546; PubMed Central PMCID: PMC4986522.

メンバーリスト

主宰者

小原 收
グループディレクター

メンバー

矢崎 潤史
上級研究員
遠藤 高帆
上級研究員
桒原 玲子
テクニカルスタッフⅠ