研究紹介

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医科学イノベーションハブ推進プログラム

健康医療データAI解析標準化ユニット

ユニットリーダー 清田 純 (M.D., Ph.D.)
清田 純 (M.D., Ph.D.)

当研究室では深層学習の健康・医療データへの応用を研究します。健康・医療データには様々な特性のパラーメーターが存在することから、高精度で効率の良い深層学習にはデータの標準化が鍵となります。当研究室では健康・医療データの生成・プライバシー保護・標準化・正規化・深層学習、そして結果の視覚化などによる理解の各ステップを研究対象とし統合することにより、高精度の予測による個別化医療の実現を目指します。

研究主分野

複合領域

研究関連分野

情報学 / 総合生物 / 生物学 / 医歯薬学

キーワード

  • 深層学習
  • システムバイオロジー
  • システム医学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Koga T, Nonaka N, Sakuma J, Seita J.:
    "General-to-Detailed GAN for Infrequent Class Medical Images."
    Machine Learning for Health (ML4H) Workshop at NeurIPS 2018.
  2. Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
    "Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate."
    Nature. 2018 Dec 5.
  3. Tsai JM, Sinha R, Seita J, Fernhoff N, Christ S, Koopmans T, Krampitz GW, McKenna KM, Xing L, Sandholzer M, Sales JH, Shoham M, McCracken M, Joubert LM, Gordon SR, Poux N, Wernig G, Norton JA, Weissman IL, Rinkevich Y.:
    "Surgical adhesions in mice are derived from mesothelial cells and can be targeted by antibodies against mesothelial markers."
    Sci Transl Med. 2018 Nov 28;10(469)
  4. Chan C, Gulati G, Sinha R, Tompkins J, Lopez M, Carter A, Ransom R, Reinisch A, Wearda T, Murphy M, Brewer R, Koepke L, Marecic O, Manjunath A, Seo EY, Leavitt T, Lu WJ, Nguyen A, Conley S, Salhotra A, Ambrosi T, Borrelli M, Siebel T, Chan K, Schallmoser K, Seita J, Sahoo D, Goodnough H, Bishop J, Gardner M, Majeti R, Wan D, Goodman S, Weissman IL, Chang H, Longaker M.:
    "Identification of the Human Skeletal Stem Cell."
    Cell 2018 Sep 20; 175(1): 43-56.
  5. *Seita J*, Beerman I*, Inlay M, Weissman IL, Rossi DJ.:
    “Quiescent hematopoietic stem cells accumulate DNA damage during aging that is repaired upon entry into cell cycle.”
    Cell Stem Cell 2014 Jul 3;15(1)
  6. *Seita J, Sahoo D, Rossi DJ, Battacharya D, Serwold T, Inlay MA, Ehrlich LIR, Fathman JW, Dill DL, Weissman IL.:
    “Gene Expression Commons: an open platform for absolute gene expression profiling.”
    PLoS ONE 2012;7(7)
  7. *Seita J* , Ji H*, Ehrlich LI* (equal contribution), Murakami P, Doi A, Lindau P, Lee H, Aryee MJ, Irizarry RA, Kim K, Rossi DJ, Inlay MA, Serwold T, Karsunky H, Ho L, Daley GQ, Weissman IL, Feinberg AP.:
    “Comprehensive methylome map of lineage commitment from haematopoietic progenitors.”
    Nature. 2010 Sep 16;467(7313)
  8. *Kim K, Doi A, Wen B, Ng K, Zhao R, Cahan P, Kim J, Aryee MJ, Ji H, Ehrlich LI, Yabuuchi A, Takeuchi A, Cunniff KC, Hongguang H, McKinney-Freeman S, Naveiras O, Yoon TJ, Irizarry RA, Jung N, Seita J, Hanna J, Murakami P, Jaenisch R, Weissleder R, Orkin SH, Weissman IL, Feinberg AP, Daley GQ.:
    “Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells.”
    Nature. 2010 Sep 16:467(7313)
  9. *Chen JY, Miyanishi M, Wang SK, Yamazaki S, Shinha R, Kao KS, Seita J, Sahoo D, Nakauchi H, Weissman IL.:
    “Hoxb5 marks long-term haematopoietic stem cells and reveals a homogenous perivascular niche.”
    Nature. 2016 Feb 11;530(7589)
  10. *Chan CK, Seo EY, Chen JY, Lo D, McArdle A, Sinha R, Tevlin R, Seita J, Vincent-Tompkins J, Wearda T, Lu WJ, Senarath-Yapa K, Chung MT, Marecic O, Tran M, Yan KS, Upton R, Walmsley GG, Lee AS, Sahoo D, Kuo CJ, Weissman IL, Longaker MT.:
    “Identification and specification of the mouse skeletal stem cell.”
    Cell. 2015 Jan 15;160(1-2)

メンバーリスト

主宰者

清田 純
ユニットリーダー

メンバー

野中 尚輝
特別研究員
古賀 樹
研究パートタイマーⅡ
髙橋 宗知
研究パートタイマーⅡ
河野 有紗
研究パートタイマーⅡ
山梨 貴士
研究パートタイマーⅡ
廣瀬 和子
研究パートタイマーⅡ

お問い合わせ先

〒103-0027 東京都中央区日本橋1-4-1
日本橋一丁目三井ビルディング15階
Tel: 03-6225-2246

jun.seita [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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