研究紹介

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医科学イノベーションハブ推進プログラム

健康医療データAI予測推論開発ユニット

ユニットリーダー 川上 英良 (M.D., Ph.D.)
川上 英良 (M.D., Ph.D.)

当研究室では、オミクスデータを中心とした網羅的測定データを活用し、疾患・生命現象を理解・予測するための数理的基盤を確立することを目標に研究を行っています。生命システムは常に状態変化をしながら、動的な恒常性を維持しています。生命システムの状態遷移過程にひそむ秩序・規則を明らかにすることは、予測・個別医療に向けた理論的土台となります。当研究室では、健康・医療データに対して、機械学習、ネットワーク、統計といった様々な数理科学を柔軟に応用し、疾患・生命現象の理解と予測・個別医療の実現を目指します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

情報学 / 複合領域 / 数物系科学 / 生物学 / 医歯薬学

キーワード

  • 生命動態
  • 機械学習
  • システム生物学
  • バイオインフォマティクス

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Kochi Y, Kamatani Y, Kondo Y, Suzuki A, Kawakami E, Hiwa R, Momozawa Y, Fujimoto M, Jinnin M, Tanaka Y, Kanda T, Cooper RG, Chinoy H, Rothwell S, Lamb JA, Vencovský J, Mann H, Ohmura K, Myouzen K, Ishigaki K, Nakashima R, Hosono Y, Tsuboi H, Kawasumi H, Iwasaki Y, Kajiyama H, Horita T, Ogawa-Momohara M, Takamura A, Tsunoda S, Shimizu J, Fujio K, Amano H, Mimori A, Kawakami A, Umehara H, Takeuchi T, Sano H, Muro Y, Atsumi T, Mimura T, Kawaguchi Y, Mimori T, Takahashi A, Kubo M, Kohsaka H, Sumida T, Yamamoto K.:
    “Splicing variant of WDFY4 augments MDA5 signalling and the risk of clinically amyopathic dermatomyositis.”
    Ann Rheum Dis 77, 602-611 (2018)
  2. Kawakami E, Adachi N, Senda T, Horikoshi M.:
    “Leading role of TBP in the Establishment of Complexity in Eukaryotic Transcription Initiation Systems.”
    Cell Rep 21, 3941-3956 (2017)
  3. Hayatsu N, Miyao T, Tachibana M, Murakami R, Kimura A, Kato T, Kawakami E, Endo TA, Setoguchi R, Watarai H, Nishikawa T, Yasuda T, Yoshida H, Hori S.:
    “Analyses of a Mutant Foxp3 Allele Reveal BATF as a Critical Transcription Factor in the Differentiation and Accumulation of Tissue Regulatory T Cells.”
    Immunity 47, 268-283. e9 (2017)
  4. Kawakami E, Nakaoka S, Ohta T, Kitano H.:
    “Weighted enrichment method for prediction of transcription regulators from transcriptome and global chromatin immunoprecipitation data.”
    Nucleic Acids Res 44, 5010-21 (2016)
  5. Kawakami E, Singh VK, Matsubara K, Ishii T, Matsuoka Y, Hase T, Kulkarni P, Siddiqui K, Kodilkar J, Danve N, Subramanian I, Katoh M, Shimizu-Yoshida Y, Ghosh S, Jere A, Kitano H.:
    “Network analyses based on comprehensive molecular interaction maps reveal robust control structures in yeast stress response pathways.”
    NPJ Syst Biol Appl 2, 15018 (2016)
  6. *Watanabe T, Kawakami E (contributed equally), Shoemaker JE, Lopes TJ, Matsuoka Y, Tomita Y, Kozuka-Hata H, Gorai T, Kuwahara T, Takeda E, Nagata A, Takano R, Kiso M, Yamashita M, Sakai-Tagawa Y, Katsura H, Nonaka N, Fujii H, Fujii K, Sugita Y, Noda T, Goto H, Fukuyama S, Watanabe S, Neumann G, Oyama M, Kitano H, Kawaoka Y.:
    “Influenza virus-host interactome screen as a platform for antiviral drug development.”
    Cell Host Microbe 16, 795-805 (2014)
  7. *Imai M, Watanabe T, Hatta M, Das SC, Ozawa M, Shinya K, Zhong G, Hanson A, Katsura H, Watanabe S, Li C, Kawakami E, Yamada S, Kiso M, Suzuki Y, Maher EA, Neumann G, Kawaoka Y.:
    “Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets.”
    Nature 486, 420-8 (2012)
  8. *Noda T, Sugita Y, Aoyama K, Hirase A, Kawakami E, Miyazawa A, Sagara H, Kawaoka Y.:
    “Three-dimensional analysis of ribonucleoprotein complexes in influenza A virus.”
    Nat Commun 3, 639 (2012)
  9. *Watanabe T, Kiso M, Fukuyama S, Nakajima N, Imai M, Yamada S, Murakami S, Yamayoshi S, Iwatsuki-Horimoto K, Sakoda Y, Takashita E, McBride R, Noda T, Hatta M, Imai H, Zhao D, Kishida N, Shirakura M, de Vries RP, Shichinohe S, Okamatsu M, Tamura T, Tomita Y, Fujimoto N, Goto K, Katsura H, Kawakami E, Ishikawa I, Watanabe S, Ito M, Sakai-Tagawa Y, Sugita Y, Uraki R, Yamaji R, Eisfeld AJ, Zhong G, Fan S, Ping J, Maher EA, Hanson A, Uchida Y, Saito T, Ozawa M, Neumann G, Kida H, Odagiri T, Paulson JC, Hasegawa H, Tashiro M, Kawaoka Y.:
    “Characterization of H7N9 influenza A viruses isolated from humans.”
    Nature 501, 551-5 (2013)
  10. *Kawakami E, Watanabe T, Fujii K, Goto H, Watanabe S, Noda T, Kawaoka Y.:
    “Strand-specific real-time RT-PCR for distinguishing influenza vRNA, cRNA, and mRNA.”
    J Virol Methods 173, 1-6 (2011)

メンバーリスト

主宰者

川上 英良
ユニットリーダー

メンバー

石川 哲朗
リサーチアソシエイト
古関 恵太
研究パートタイマーⅠ
五島 祐樹
研究パートタイマーⅠ
市原 祐一郎
事務パートタイマーⅡ

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

eiryo.kawakami [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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