研究紹介

生命システム研究センター

合成生物学研究グループ

グループディレクター 上田 泰己 (M.D., Ph.D.)
上田 泰己 (M.D., Ph.D.)

生命科学研究は還元論的アプローチから、生命の部品を組み合わせて生命現象を再現・設計する構成論的アプローチへパラダイムシフトが起こりつつあります。合成生物学が新しい生命科学研究の領域として認識されつつある一方で、遺伝子やタンパク質などの生命の部品を調整・設計・制御し、生命を創るための技術は十分確立されていません。当グループでは、このような状況を鑑み、概日時計や睡眠現象をモデル系として生命システムの制御および設計の先見的な実現例を示すとともに、合成生物学の基盤テクノロジーを開発することを目指します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

化学 / 生物学

キーワード

  • システム生物学
  • 合成生物学
  • 時間生物学
  • 睡眠
  • 概日時計

主要論文

  1. Susaki E.A., Ukai H., and Ueda H.R.;
    "Next-generation mammalian genetics toward organism-level systems biology"
    npj. Syst. Biol. Appl. 3, article number 15 (2017)
  2. Ode K.L., Ukai H., Susaki E.A., et al.:
    "Knockout-rescue embryonic stem cell-derived mouse reveals circadian-period control by quality and quantity of CRY1"
    Mol. Cell 65, 176-190 (2017)
  3. Narumi, R., Shimizu, Y., Ukai-Tadenuma, M., et al.:
    "Mass spectrometry-based absolute quantification reveals rhythmic variation of mouse circadian clock proteins"
    PNAS 113, E3461-7 (2016)
  4. Tatsuki, F., Sunagawa, G.A., Shi, S., et al.:
    "Involvement of Ca2+-Dependent Hyperpolarization in Sleep Duration in Mammals"
    Neuron 90, 1-16 (2016)
  5. Susaki E.A., and Ueda H.R.;
    "Whole-body and Whole-Organ Clearing and Imaging Techniques with Single-Cell Resolution: Toward Organism-Level Systems Biology in Mammals"
    Cell Chem. Biol. 23, 137-57 (2016)
  6. Sunagawa, G.A., Sumiyama, K., Ukai-Tadenuma, M., et al.:
    "Mammalian Reverse Genetics without Crossing Reveals Nr3a as a Short-Sleeper Gene"
    Cell Reports 14, 662-77 (2016)
  7. Susaki, E.A., Tainaka, K., Perrin, D., et al.:
    "Advanced CUBIC protocols for whole-brain and whole-body clearing and imaging"
    Nat. prot. 10,1709-27 (2015)
  8. Tainaka, K., Kubota, S. I., Suyama, T. Q., Susaki, E. A., Perrin, D., et al.:
    "Whole-Body Imaging with Single-Cell Resolution by Tissue Decolorization"
    Cell 159, 911-924 (2014)
  9. Jolley, C. C., Ukai-Tadenuma, M., Perrin, D. & Ueda, H. R.:
    "A Mammalian Circadian Clock Model Incorporating Daytime Expression Elements"
    Biophys. J. 107, 1462-1473 (2014)
  10. Susaki, E. A., Tainaka, K., Perrin, D., Kishino, F., Tawara, T., et al.:
    "Whole-Brain Imaging with Single-Cell Resolution Using Chemical Cocktails and Computational Analysis"
    Cell 157, 726-739 (2014)

メンバーリスト

主宰者

上田 泰己
グループディレクター

メンバー

山田 陸裕
上級研究員
鵜飼 英樹
上級研究員
小山 洋平
研究員
丹羽 康貴
基礎科学特別研究員
神田 元紀
基礎科学特別研究員
幸長 弘子
基礎科学特別研究員
MILLIUS Arthur Robert
国際特別研究員
篠原 雄太
特別研究員
松本 桂彦
特別研究員
井内 仁志
大学院生リサーチ・アソシエイト
鵜飼 磨貴
テクニカルスタッフⅠ
藤島 博史
テクニカルスタッフⅠ
清水 知佳
テクニカルスタッフⅠ
ギャルソン 淳子
テクニカルスタッフⅠ
鳴海 良平
テクニカルスタッフⅠ
塩川 真悠
テクニカルスタッフⅠ
藤原 由起
テクニカルスタッフⅠ

組織