研究紹介

放射光科学研究センター

生命系放射光利用システム開発チーム

チームリーダー 山本 雅貴 (Ph.D.)
山本 雅貴 (Ph.D.)

生命系放射光利用システム開発チームは、SPring-8において、高難度タンパク質からの結晶構造解析に向けた装置や迅速回折強度データ収集システム構築等のビームライン利用技術の研究開発を進めています。また、超高輝度マイクロビームビームラインである理研ターゲットタンパクビームライン(BL32XU)をはじめ、計4本の構造生物学研究用ビームライン(BL26B1&B2, BL38B1)の管理・運転も行っています。さらに、SACLAの超高輝度・短パルス性能を利用した無損傷結晶構造解析やクライオX線回折イメージング等の生命科学研究の推進を目指した手法開発も行っています。

研究主分野

生物学

研究関連分野

工学 / 農学 / 医歯薬学

構造生物化学 / 生物物理学 / 量子ビーム科学

キーワード

  • 放射光ビームライン
  • タンパク質結晶構造解析
  • 生体高分子小角散乱
  • コヒーレント回折イメージング

主要論文

  1. Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Masaki Yamamoto.:
    "KAMO: towards automated data processing for microcrystals."
    Acta Crystallographica Section D 74 (5), 441-449 (2018)
  2. Kazuya Hasegawa, Keitaro Yamashita, T Murai, Nipawan Nuemket, Kunio Hirata, Go Ueno, Hideo Ago, Toru Nakatsu, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto.:
    ”Development of a dose-limiting data collection strategy for serial synchrotron rotation crystallography”
    Journal of Synchrotron Radiation 24 (1), 29-41 (2017)
  3. Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Keiya Shirahama, Yasufumi Torizuka Masahiro Manoda, Masayoshi Nakasako, and Masaki Yamamoto.:
    "TAKASAGO-6 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological non-crystalline particles using X-ray free electron laser at SACLA."
    Review of Scientific Instruments 87, 053109 (2016)
  4. Keitaro Yamashita, Dongqing Pan, Tomohiko Okuda, Michihiro Sugahara, Atsushi Kodan, Tomohiro Yamaguchi, Tomohiro Murai, Keiko Gomi, Naoki Kajiyama, Eiichi Mizohata, Mamoru Suzuki, Eriko Nango, Kensuke Tono, Yasumasa Joti, Takashi Kameshima, Jaehyun Park, Changyong Song, Takaki Hatsui, Makina Yabashi, So Iwata, Hiroaki Kato, Hideo Ago, Masaki Yamamoto, and Toru Nakatsu.:
    "An isomorphous replacement method for efficient de novo phasing for serial femtosecond crystallography."
    Scientific Reports 5、 14017 (2015)
  5. Suga, M., Akita, F., Hirata, K., Ueno, G., Murakami, H., Nakajima, Y., Shimizu, T., Yamashita, K., Yamamoto, M., Ago, H., and Shen J.R.:
    “Native structure of photosystem II at 1.95A resolution viewed by femtosecond X-ray pulses”
    Nature 517, 99-103 (2015).
  6. Hirata, K., Shinzawa-Itoh, K., Yano, N., Takemura, S., Kato, K., Hatanaka, M., Muramoto, K., Kawahara, T., Tsukihara, T., Yamashita, E., Tono, K., Ueno, G., Hikima, T., Murakami, H., Inubushi, Y., Yabashi, M., Ishikawa, T., Yamamoto, M., Ogura, T., Sugimoto, H., Shen, J. R., *Yoshikawa, S. and Ago, H.:
    ”Determination of damage-free crystal structure of an X-ray-sensitive protein using an XFEL”
    Nature Methods 11, 734-746 (2014)
  7. Kumazaki, K., Chiba, S., Takemoto, M., Furukawa, A., Nishiyama, K., Sugano, Y., Mori, T., Dohmae, N., Hirata, K., Nakada-Nakura, Y., Maturana, AD., Tanaka, Y., Mori, H., Sugita, Y., Arisaka, F., Ito, K., Ishitani, R., Tsukazaki, T., Nureki, O.:
    "Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC"
    Nature 509, 516?520 (2014)
  8. Nishizawa, T., Kita, S., Maturana, A.D., Furuya, N., Hirata, K., Kasuya, G., Ogasawara, S., Dohmae, N., Iwamoto, T., Ishitani, R., Nureki, O.:
    "Structural Basis for the Counter-Transport Mechanism of a H+/Ca2+ Exchanger."
    Science 341, (6142): 168-172 (2013)
  9. Nakasako, M, Takayama, Y, Oroguchi, T, Sekiguchi Y, Kobayashi, A, Shirahama, K, Yamamoto, M, Hikima, T, Yonekura, K, Maki-Yonekura, S, Kohmura Y, Inubushi, Y, Takahashi, Y, Suzuki A, Matsunaga, S, Inui, Y, Tono, K, Kameshima, T, Joti, Y, Hoshi, T.:
    "KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging"
    Rev. Sci. Instrum. 84, 093705 (2013).
  10. Hirata, K., Kawano, Y., Ueno, G., Hashimoto, K., Murakami, H., Hasegawa, K., Hikima, T., Kumasaka, T., Yamamoto, M.:
    "Achievement of protein micro-crystallography at SPring-8 beamline BL32XU."
    J. Phys.: Conf. Ser. 425, 012002 (2013).

メンバーリスト

主宰者

山本 雅貴
チームリーダー

メンバー

吾郷 日出夫
専任研究員
杉本 宏
専任研究員
當舎 武彦
専任研究員
河野 能顕
専任技師
上野 剛
専任技師
平田 邦生
専任技師
引間 孝明
研究員
小林 周
基礎科学特別研究員

お問い合わせ先

〒679-5148 兵庫県佐用郡佐用町光都1-1-1 構造生物学研究棟
Tel: 0791-58-2839
Fax: 0791-58-2834

yamamoto [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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