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生命機能科学研究センター エピジェネティクス制御研究チーム

チームリーダー 梅原 崇史(Ph.D.)

研究概要

梅原 崇史 (Ph.D.)

エピジェネティクス(後成遺伝学)は、先天的な遺伝情報に「後付け」される生命情報を扱う研究分野です。この「後付け」は、ヌクレオソームと呼ばれるゲノムDNAとヒストンタンパク質の複合体に対する化学修飾が主な実体です。エピジェネティクスは癌や生活習慣病などの疾病に関わることから、創薬標的として注目を集めています。当研究室は、様々なエピジェネティクス情報を持つヌクレオソームを精密に再構成する技術を開発し、ヒトのエピジェネティクス状態を試験管内で再現することをめざします。さらに、エピジェネティクスを制御する分子の開発を通して、細胞の機能や疾病を制御することをめざします。

研究主分野

  • 医歯薬学

研究関連分野

  • 化学
  • 生物学

キーワード

  • クロマチン
  • 創薬
  • エピゲノム
  • 遺伝子発現
  • ヌクレオソーム

主要論文

  • 1. Niwa, H., Watanabe, C., Sato, S., Harada, T., Watanabe, H., Tabusa, R., Fukasawa, S., Shiobara, A., Hashimoto, T., Ohno, O., Nakamura, K., Tsuganezawa, K., Tanaka, A., Shirouzu, M., Honma, T., Matsuno, K. and Umehara, T.:
    "Structure-activity relationship and in silico evaluation of cis- and trans-PCPA-derived inhibitors of LSD1 and LSD2"
    ACS Med. Chem. Lett. 13 1485-1492. 2022.
  • 2. Kikuchi, M., Morita, S., Goto, M., Wakamori, M., Katsura, K., Hanada, K., Shirouzu, M. and Umehara, T.:
    "Elucidation of binding preferences of YEATS domains to site-specific acetylated nucleosome core particles"
    J. Biol. Chem. 298 102164. 2022.
  • 3. Sasaki, K., Suzuki, M., Sonoda, T., Schneider-Poetsch, T., Ito, A., Takagi, M., Fujishiro, S., Sohtome, Y., Dodo, K., Umehara, T., Aburatani, H., Shin-Ya, K., Nakao, Y., Sodeoka, M. and Yoshida, M.:
    "Visualization of the dynamic interaction between nucleosomal histone H3K9 tri-methylation and HP1α chromodomain in living cells"
    Cell Chem. Biol. 29 1153-1161. 2022.
  • 4. Koda, Y., Sato, S., Yamamoto, H., Niwa, H., Watanabe, H., Watanabe, C., Sato, T., Nakamura, K., Tanaka, A., Shirouzu, M., Honma, T., Fukami, T., Koyama, H. and Umehara, T.:
    "Design and synthesis of tranylcypromine-derived LSD1 inhibitors with improved hERG and microsomal stability profiles"
    ACS Med. Chem. Lett. 13 848-854. 2022.
  • 5. Kitagawa, H., Kikuchi, M., Sato, S., Watanabe, H., Umezawa, N., Kato, M., Hisamatsu, Y., Umehara, T. and Higuchi, T.:
    "Structure-based identification of potent lysine-specific demethylase 1 inhibitor peptides and temporary cyclization to enhance proteolytic stability and cell growth-inhibitory activity"
    J. Med. Chem. 64 3707-3719. 2021.
  • 6. Wakamori, M., Okabe, K., Ura, K., Funatsu, T., Takinoue, M. and Umehara, T.:
    "Quantification of the effect of site-specific histone acetylation on chromatin transcription rate"
    Nucleic Acids Res. 48 12648-12659. 2020.
  • 7. Wu, H.D., Kikuchi, M., Dagliyan, O., Aragaki, A.K., Nakamura, H., Dokholyan, N.V., Umehara, T. and Inoue, T.:
    "Rational design and implementation of a chemically inducible hetero-trimerization system"
    Nature Methods. 17 928-936. 2020.
  • 8. Furukawa, A., Wakamori, M., Arimura, Y., Ohtomo, H., Tsunaka, Y., Kurumizaka, H., Umehara, T. and Nishimura, Y.:
    "Acetylated histone H4 tail enhances histone H3 tail acetylation by altering their mutual dynamics in the nucleosome"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 117 19661-19663. 2020.
  • 9. Saito, S., Kikuchi, J., Koyama, D., Sato, S., Koyama, H., Osada, N., Kuroda, Y., Akahane, K., Inukai, T., Umehara, T. and Furukawa, Y.:
    "Eradication of central nervous system leukemia of T-cell origin with a brain-permeable LSD1 inhibitor"
    Clin. Cancer Res. 25 1601-1611. 2019.
  • 10. Handoko, L., Kaczkowski, B., Hon, C.C., Lizio, M., Wakamori, M., Matsuda, T., Ito, T., Jeyamohan, P., Sato, Y., Sakamoto, K., Yokoyama, S., Kimura, H., Minoda, A. and Umehara, T.:
    "JQ1 affects BRD2-dependent and independent transcription regulation without disrupting H4-hyperacetylated chromatin states"
    Epigenetics. 13 410-431. 2018.

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

梅原 崇史
チームリーダー

メンバー

丹羽 英明
上級技師
菊地 正樹
研究員
DAS Nando
研究員
森田 鋭
技師
若森 昌聡
技師
佐藤 心
技師
渡邉 寿美
技師
青木 大将
研究生
斉藤 由紀
アシスタント

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22-W221
Tel: 045-503-9457
Fax: 045-503-9201
Email: takashi.umehara [at] riken.jp
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