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生命機能科学研究センター分子配列比較解析チーム

チームリーダー工樂樹洋（Ph.D.）

英語ページ

研究概要

我々のからだのつくりや生命のいとなみの設計図ともいえるゲノムは、突然創られたものではなく、数十億年にもわたる度重なる変更の産物です。現存のどの生物のゲノムにも歴史があり、その情報を生物種のあいだで比較することによって、過去にどのようなゲノムの改変が起きたのか、推測することができます。ゲノム進化の歴史を紐解くことにより、ヒトをはじめとする多様な生物の現在の活動を支える分子メカニズムの成り立ちを探ることも可能となります。

当研究室では、ゲノム内の多数の遺伝子のあいだの系統関係や進化の時間軸を念頭に置きつつ、先端的なDNA解析技術を駆使して、脊椎動物のゲノム構造やエピゲノム制御メカニズムの進化的変遷について研究を行っています。多様な脊椎動物のゲノムワイドな情報解析を進めながら、そこから得た生物学的知見と技術運用のためのノウハウをヒトや実験動物の広範な生命科学研究につなげることをめざして、分子進化学的・ゲノム学的視野に立った生物多様性リテラシーの普及のための活動も行っています。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

複合領域
生物学

キーワード

ゲノム情報学
分子進化
生物多様性

主要論文

1. Kajikawa E, Horo U, Ide T, Mizuno K, Minegishi K, Hara Y, Ikawa Y, Nishimura H, Uchikawa M, Kiyonari H, Kuraku S, Hamada H.:
"Nodal paralogues underlie distinct mechanisms for visceral left-right asymmetry in reptiles and mammals."
Nature Ecology & Evolution (2020) doi: 10.1038/s41559-019-1072-2
2. Kadota M, Nishimura O, Miura H, Tanaka K, Hiratani I, Kuraku S.:
"Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?"
GigaScience (2020) doi: 10.1093/gigascience/giz158
3. Hara Y, Yamaguchi K, Onimaru K, Kadota M, et al.:
"Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates."
Nature Ecology and Evolution (2018), doi: 10.1038/s41559-018-0673-5.
4. Hara Y, Takeuchi M, Kageyama Y, et al.:
"Madagascar ground gecko genome analysis characterizes asymmetric fates of duplicated genes."
BMC Biology 16.40 (2018)
5. Onimaru K, Kuraku S.:
"Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole genome duplications."
Briefings in Functional Genomics (2018)
6. Nishimura O, Hara Y, Kuraku S.:
"gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies."
Bioinformatics 33(22). 3635-3637 (2017)
7. Kadota M, Hara Y, Tanaka K, et al.:
"CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution."
Scientific Reports 7(1). 4957 (2017)
8. Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Kato K.:
"aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity."
Nucleic Acids Research 41(W1). W22-28 (2013)
9. Smith JJ, Kuraku S, Holt C, et al.:
"Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution."
Nature Genetics 45(4). 415-421 (2013)
10. Kuraku S.:
"Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes."
Seminars in Cell and Developmental Biology 24(2). 119-127 (2013)