生命機能科学研究センター 構造バイオインフォマティクス研究チーム
チームリーダー ZHANG Kam（Ph.D.）
研究概要
タンパク質の複雑な生物学的機能は、同じく複雑な三次元構造によって決定されます。私たちは、こうしたタンパク質の構造を計算科学的に研究することで、その機能を理解し、調節することを目指しています。そのため、タンパク質構造予測における手法を開発し、また、設計原理を応用し、新規の構造をもつ、新しい生物学的機能あるいは治療効果のあるタンパク質を創造します。新たな手段を探索し、X線結晶構造解析における位相問題の解決にも取り組み、さらには様々な創薬標的に対する新たな阻害剤の発見に向けた、計算手法の開発や応用を行います。
研究主分野
- 学際研究
研究関連分野
- 物理学
- 化学
- 生物学 & 生化学
- コンピューター科学
研究テーマ
- タンパク質構造予測および設計
- X線結晶構造の位相問題
- バーチャルスクリーニングおよび薬剤設計
主要論文
- 1.
Jiang X., Kumar A., Motomura Y., et al.:
"A series of compounds bearing a dipyrido-pyrimidine scaffold acting as novel human and insect pest chitinases inhibitors."
Journal of Medicinal Chemistry 63, 987-1001 (2020). doi:10.1021/acs.jmedchem.9b01154. - 2.
Kumar A., Zhang KYJ.:
"Improving ligand 3D shape similarity-based pose prediction with a continuum solvent model."
Journal of Computer-Aided Molecular Design 33, 1045-1055 (2019). doi:10.1007/s10822-019-00220-0. - 3.
Terada D, Voet ARD, Noguchi H, et al.:
"Computational design of a symmetrical s-trefoil lectin with cancer cell binding activity."
Scientific Reports 7. 5943 (2017) doi:10.1038/s41598-017-06332-7. - 4.
Matsuoka M, Kumar A, Muddassar M, et al.:
"Discovery of Fungal Denitrification Inhibitors by Targeting Copper Nitrite Reductase from Fusarium Oxysporum."
Journal of Chemical Information and Modeling 57. 203-213 (2017) doi:10.1021/acs.jcim.6b00649. - 5.
Kumar A, Zhang KYJ.:
"A pose prediction approach based on ligand 3D shape similarity."
Journal of Computer-Aided Molecular Design 30. 457-469 (2016) doi:10.1007/s10822-016-9923-2. - 6.
Voet ARD, Noguchi H, Addy C, et al.:
"Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein."
Angewandte Chemie International Edition 54. 9857-9860 (2015) doi:10.1002/anie.201503575. - 7.
Kumar A, Ito A, Hirohama M, et al.:
"Identification of Sumoylation Inhibitors Targeting a Predicted Pocket in Ubc9."
Journal of Chemical Information and Modeling 54. 2784?2793 (2014) doi: 10.1021/ci5004015 - 8.
Voet ARD, Noguchi H, Addy C, et al.:
"Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein."
Proceedings of the National Academy of Sciences of United States of America111. 15102-15107 (2014) doi: 10.1073/pnas.1412768111 - 9.
Simoncini D, Zhang KYJ.:
"Efficient sampling in fragment-based protein structure prediction using an estimation of distribution algorithm."
PLoS ONE 8. e68954 (2013) doi: 10.1371/journal.pone.0068954 - 10.
Berenger F, Zhou Y, Shrestha R, Zhang KYJ.:
"Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys."
Bioinformatics 27. 939-945 (2011) doi: 10.1093/bioinformatics/btr072
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- ZHANG Kam
- チームリーダー
メンバー
- KUMAR Ashutosh
- 上級研究員
- KAUSHIK Rahul
- 研究員
- PADHI Aditya
- 訪問研究員
- TAM Chun Lai
- 国際プログラム・アソシエイト
- MUHAMMAD Erma Fatiha Binti
- 研修生
- KALARICKAL VIJAYAN Dileep
- 客員研究員
- BERENGER Francois
- 客員研究員
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