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環境資源科学研究センターケミカルゲノミクス研究グループ

グループディレクター吉田稔（D.Agr.）

英語ページ

研究概要

ケミカルバイオロジーのアプローチにより、様々な生命現象を理解し、それを人為的に制御するためには、ユニークな活性を持つ新たな小分子リガンドの開発が必須です。そこで当グループは、化合物ライブラリーから環境資源科学の進展に貢献可能な新しい分子リガンドの発見を目指します。具体的には、動植物・微生物細胞を用いた表現型スクリーニング系、あるいは代謝調節やエピゲノム等を標的としたin vitroスクリーニング系を構築し、探索研究を行います。さらにハイスループットスクリーニングの高度化を目指した基盤研究を行います。これらのケミカルバイオロジー研究を通じて、環境資源科学研究の新しい方法論を開拓することを研究目標としています。

研究主分野

生物学

研究関連分野

化学

キーワード

ケミカルバイオロジー
エピジェネティクス
作用機作
遺伝子発現制御
創薬スクリーニング

主要論文

1. Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Suzuki, T., Mito, M., Khan, K., Dohmae, N., Iwasaki, S., Yoshida, M.:
"Splicing modulators elicit global translational repression by condensate-prone proteins translated from introns."
Cell Chem. Biol. 29(2), 259-275 (2022)
2. Yoshimoto, R., Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Furuno, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Mayeda, A., Nakagawa, S., Kaida, D., Iwasaki, S., Yoshida, M.:
"Spliceostatin A interaction with SF3B1 limits U1 snRNP availability and causes premature cleavage and polyadenylation."
Cell Chem. Biol. 28(9), 1356-1365.e4. (2021)
3. Kobayashi, H., Hatakeyama, H., Nishimura, H., Yokota, M., Suzuki, S., Tomabechi, Y., Shirouzu, M., Osada, H., Mimaki, M., Goto, Y., Yoshida, M.:
"Chemical reversal of abnormalities in cells carrying mitochondrial DNA mutations."
Nat. Chem. Biol. 17(3), 335-343 (2021)
4. Han, P., Shichino, Y., Schneider-Poetsch, T., Mito, M., Hashimoto, S., Udagawa, T., Kohno, K., Yoshida, M., Mishima, Y., Inada, T., Iwasaki, S.:
"Genome-wide survey of ribosome collision."
Cell Rep. 31(5), 107610 (2020)
5. Ling, F., Bradshaw, E., Yoshida, M.:
"Prevention of mitochondrial genomic instability in yeast by the mitochondrial recombinase Mhr1."
Sci. Rep. 9(1), 5433 (2019)
6. Schneider-Poetsch, T., Yoshida, M.:
"Along the central dogma-controlling gene expression with small molecules."
Annu. Rev. Biochem. 87, 391-420 (2018).
7. Piotrowski, J.S., Li, S.C., Deshpande, R., Simpkins, S.W., Nelson, J., Yashiroda, Y., Barber, J.M., Safizadeh, H., Wilson, E., Okada, H., Gebre, A.A., Kubo, K., Torres, N., Leblanc, M.B., Andrusiak, K., Okamoto, R., Yoshimura, M., van Leeuwen, J., Shirahige, K., Baryshnikova, A., Brown, G., Saito, T., Costanzo, M., Andrews, B., Ohya, Y., Osada, H., Yoshida, M., Myers, C.L., Boone, C.:
"Functional annotation of chemical libraries across diverse biological processes."
Nat. Chem. Biol. 13(9), 982-993 (2017)
8. Yoshimoto, R., Kaida, D., Furuno, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Suzuki, H., Kawamura, Y., Hayashizaki, Y., Mayeda, A., Yoshida, M.:
"Global analysis of pre-mRNA subcellular localization following splicing inhibition by spliceostatin A."
RNA 23(1), 47-57 (2017)
9. Vo, T.V., Das, J., Meyer, M.J., Cordero, N.A., Akturk, N., Wei, X., Fair, B.J., Degatano, A.G., Fragoza, R., Liu, L.G., Matsuyama, A., Trickey, M., Horibata, S., Grimson, A., Yamano, H., Yoshida, M., Roth, F.P., Pleiss, J.A., Xia, Y., Yu, H.:
"A proteome-wide fission yeast interactome reveals network evolution principles from yeasts to human."
Cell 164, 310-323 (2016)
10. Ito, A., Shimazu, T., Maeda, S., Shah, A.A., Tsunoda, T., Iemura, S.-I., Natsume, T., Suzuki, T., Motohashi, H., Yamamoto, M., and Yoshida, M.:
"The subcellular localization and activity of cortactin is regulated by acetylation and interaction with Keap1."
Sci. Signal. 8, ra120 (2015)