環境資源科学研究センター ケミカルゲノミクス研究グループ
グループディレクター 吉田 稔(D.Agr.)
研究概要

ケミカルバイオロジーのアプローチにより、様々な生命現象を理解し、それを人為的に制御するためには、ユニークな活性を持つ新たな小分子リガンドの開発が必須です。そこで当グループは、化合物ライブラリーから環境資源科学の進展に貢献可能な新しい分子リガンドの発見を目指します。具体的には、動植物・微生物細胞を用いた表現型スクリーニング系、あるいは代謝調節やエピゲノム等を標的としたin vitroスクリーニング系を構築し、探索研究を行います。さらにハイスループットスクリーニングの高度化を目指した基盤研究を行います。これらのケミカルバイオロジー研究を通じて、環境資源科学研究の新しい方法論を開拓することを研究目標としています。
研究主分野
- 生物学
研究関連分野
- 化学
キーワード
- ケミカルバイオロジー
- エピジェネティクス
- 作用機作
- 遺伝子発現制御
- 創薬スクリーニング
主要論文
- 1.
Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Suzuki, T., Mito, M., Khan, K., Dohmae, N., Iwasaki, S., Yoshida, M.:
"Splicing modulators elicit global translational repression by condensate-prone proteins translated from introns."
Cell Chem. Biol. 29(2), 259-275 (2022) - 2.
Yoshimoto, R., Chhipi-Shrestha, J.K., Schneider-Poetsch, T., Furuno, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Mayeda, A., Nakagawa, S., Kaida, D., Iwasaki, S., Yoshida, M.:
"Spliceostatin A interaction with SF3B1 limits U1 snRNP availability and causes premature cleavage and polyadenylation."
Cell Chem. Biol. 28(9), 1356-1365.e4. (2021) - 3.
Kobayashi, H., Hatakeyama, H., Nishimura, H., Yokota, M., Suzuki, S., Tomabechi, Y., Shirouzu, M., Osada, H., Mimaki, M., Goto, Y., Yoshida, M.:
"Chemical reversal of abnormalities in cells carrying mitochondrial DNA mutations."
Nat. Chem. Biol. 17(3), 335-343 (2021) - 4.
Han, P., Shichino, Y., Schneider-Poetsch, T., Mito, M., Hashimoto, S., Udagawa, T., Kohno, K., Yoshida, M., Mishima, Y., Inada, T., Iwasaki, S.:
"Genome-wide survey of ribosome collision."
Cell Rep. 31(5), 107610 (2020) - 5.
Ling, F., Bradshaw, E., Yoshida, M.:
"Prevention of mitochondrial genomic instability in yeast by the mitochondrial recombinase Mhr1."
Sci. Rep. 9(1), 5433 (2019) - 6.
Schneider-Poetsch, T., Yoshida, M.:
"Along the central dogma-controlling gene expression with small molecules."
Annu. Rev. Biochem. 87, 391-420 (2018). - 7.
Piotrowski, J.S., Li, S.C., Deshpande, R., Simpkins, S.W., Nelson, J., Yashiroda, Y., Barber, J.M., Safizadeh, H., Wilson, E., Okada, H., Gebre, A.A., Kubo, K., Torres, N., Leblanc, M.B., Andrusiak, K., Okamoto, R., Yoshimura, M., van Leeuwen, J., Shirahige, K., Baryshnikova, A., Brown, G., Saito, T., Costanzo, M., Andrews, B., Ohya, Y., Osada, H., Yoshida, M., Myers, C.L., Boone, C.:
"Functional annotation of chemical libraries across diverse biological processes."
Nat. Chem. Biol. 13(9), 982-993 (2017) - 8.
Yoshimoto, R., Kaida, D., Furuno, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Suzuki, H., Kawamura, Y., Hayashizaki, Y., Mayeda, A., Yoshida, M.:
"Global analysis of pre-mRNA subcellular localization following splicing inhibition by spliceostatin A."
RNA 23(1), 47-57 (2017) - 9.
Vo, T.V., Das, J., Meyer, M.J., Cordero, N.A., Akturk, N., Wei, X., Fair, B.J., Degatano, A.G., Fragoza, R., Liu, L.G., Matsuyama, A., Trickey, M., Horibata, S., Grimson, A., Yamano, H., Yoshida, M., Roth, F.P., Pleiss, J.A., Xia, Y., Yu, H.:
"A proteome-wide fission yeast interactome reveals network evolution principles from yeasts to human."
Cell 164, 310-323 (2016) - 10.
Ito, A., Shimazu, T., Maeda, S., Shah, A.A., Tsunoda, T., Iemura, S.-I., Natsume, T., Suzuki, T., Motohashi, H., Yamamoto, M., and Yoshida, M.:
"The subcellular localization and activity of cortactin is regulated by acetylation and interaction with Keap1."
Sci. Signal. 8, ra120 (2015)
研究成果(プレスリリース)
2022年6月21日
生細胞内のヒストンメチル化を追う2022年5月20日
植物が病原菌特有の脂質を認識するしくみ2021年9月14日
イントロン由来の異常タンパク質が与えるストレス2021年3月30日
スプライシング調節化合物がもたらす新たな作用を発見2020年11月10日
機能低下したミトコンドリアを活性化させる化合物2020年5月6日
リボソームの交通渋滞を見つける方法2019年4月17日
ミトコンドリアゲノムの欠失阻止機構を解明2017年11月7日
植物の耐塩性に関わるヒストン脱アセチル化酵素の同定2017年7月25日
化合物の標的機能を決定するツールを開発2017年5月23日
化合物の標的分子の同定を効率化2016年4月28日
ミトコンドリアゲノムの初期化機構を発見2016年2月26日
酵母のアミノ酸取り込みを調節する化合物を発見2015年12月24日
植物の耐塩性を高める化合物を発見2015年12月2日
がん細胞の運動を制御する新しい仕組みを発見2015年5月25日
海洋天然物セオネラミドはコレステロールに結合し細胞膜の秩序を乱す2010年6月14日
抗カビ物質の新たな作用メカニズムを発見、抗真菌剤の謎を解く
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 吉田 稔
- グループディレクター
メンバー
- 松本 健
- 専任研究員
- 松山 晃久
- 専任研究員
- LING Feng
- 専任研究員
- 八代田 陽子
- 専任研究員
- 佐々木 和樹
- 上級研究員
- 工藤 紀雄
- 上級研究員
- 伊藤 孝
- 上級研究員
- SCHNEIDER-POETSCH Tilman Hans Jorg
- 研究員
- CHHIPI SHRESTHA Jagat Krishna
- 特別研究員
- NURMILA Sari
- 訪問研究員
- AZADEH Fereshteh
- 大学院生リサーチ・アソシエイト
- 黒川 留美
- テクニカルスタッフⅠ
- 新 真由美
- テクニカルスタッフⅠ
- 橋本 敦史
- テクニカルスタッフⅡ
- 高瀬 恵
- テクニカルスタッフⅡ
お問い合わせ先
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