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医科学イノベーションハブ推進プログラム 健康データ深層学習チーム

チームリーダー 清田 純(M.D., Ph.D.)

研究概要

清田 純 (M.D., Ph.D.)

Society 5.0はサイバー空間とフィジカル空間が高度に融合した社会と定義され、健康・医療データのAI解析によるヒトの健康向上は重要なテーマの一つです。近い将来、様々なIoTデバイスの普及によりヒトの状態がデータ化される機会は大幅に増え、健康データと医療データの境界も再定義が必要になるでしょう。当研究室はこの大量の健康・医療データへの深層学習の応用を研究しています。

研究主分野

  • 複合領域

研究関連分野

  • 情報学
  • 総合生物
  • 生物学
  • 医歯薬学
  • 機械学習
  • 医療情報
  • システム生物学

キーワード

  • 深層学習
  • システムバイオロジー
  • システム医学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Koga T, Ema R, Hirose K, Seita J.:
    "Human and GAN collaboration to create haute couture dress."
    Machine Learning for Creativity and Design Workshop at NeurIPS 2019.
  • 2. Nonaka H, Seita J.:
    "Demographic Information Initialized Stacked Gated Recurrent Unit for an Early Prediction of Sepsis."
    PhysioNet Computing in Cardiology Challenge 2019
  • 3. Koga T, Nonaka N, Sakuma J, Seita J.:
    "General-to-Detailed GAN for Infrequent Class Medical Images."
    Machine Learning for Health (ML4H) Workshop at NeurIPS 2018.
  • 4. Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
    "Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate."
    Nature. 2018 Dec 5.
  • 5. Tsai JM, Sinha R, Seita J, Fernhoff N, Christ S, Koopmans T, Krampitz GW, McKenna KM, Xing L, Sandholzer M, Sales JH, Shoham M, McCracken M, Joubert LM, Gordon SR, Poux N, Wernig G, Norton JA, Weissman IL, Rinkevich Y.:
    "Surgical adhesions in mice are derived from mesothelial cells and can be targeted by antibodies against mesothelial markers."
    Sci Transl Med. 2018 Nov 28;10(469)
  • 6. Chan C, Gulati G, Sinha R, Tompkins J, Lopez M, Carter A, Ransom R, Reinisch A, Wearda T, Murphy M, Brewer R, Koepke L, Marecic O, Manjunath A, Seo EY, Leavitt T, Lu WJ, Nguyen A, Conley S, Salhotra A, Ambrosi T, Borrelli M, Siebel T, Chan K, Schallmoser K, Seita J, Sahoo D, Goodnough H, Bishop J, Gardner M, Majeti R, Wan D, Goodman S, Weissman IL, Chang H, Longaker M.:
    "Identification of the Human Skeletal Stem Cell."
    Cell 2018 Sep 20; 175(1): 43-56.
  • 7. *Seita J*, Beerman I*, Inlay M, Weissman IL, Rossi DJ.:
    "Quiescent hematopoietic stem cells accumulate DNA damage during aging that is repaired upon entry into cell cycle."
    Cell Stem Cell 2014 Jul 3;15(1)
  • 8. *Seita J, Sahoo D, Rossi DJ, Battacharya D, Serwold T, Inlay MA, Ehrlich LIR, Fathman JW, Dill DL, Weissman IL.:
    "Gene Expression Commons: an open platform for absolute gene expression profiling."
    PLoS ONE 2012;7(7)
  • 9. *Seita J* , Ji H*, Ehrlich LI* (equal contribution), Murakami P, Doi A, Lindau P, Lee H, Aryee MJ, Irizarry RA, Kim K, Rossi DJ, Inlay MA, Serwold T, Karsunky H, Ho L, Daley GQ, Weissman IL, Feinberg AP.:
    "Comprehensive methylome map of lineage commitment from haematopoietic progenitors."
    Nature. 2010 Sep 16;467(7313)
  • 10. *Kim K, Doi A, Wen B, Ng K, Zhao R, Cahan P, Kim J, Aryee MJ, Ji H, Ehrlich LI, Yabuuchi A, Takeuchi A, Cunniff KC, Hongguang H, McKinney-Freeman S, Naveiras O, Yoon TJ, Irizarry RA, Jung N, Seita J, Hanna J, Murakami P, Jaenisch R, Weissleder R, Orkin SH, Weissman IL, Feinberg AP, Daley GQ.:
    "Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells."
    Nature. 2010 Sep 16:467 (7313)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

清田 純
チームリーダー

メンバー

齋藤 奈美
上級研究員
野中 尚輝
特別研究員
古賀 樹
研究パートタイマーⅡ
髙橋 宗知
研究パートタイマーⅡ
河野 有紗
研究パートタイマーⅡ
山梨 貴士
研究パートタイマーⅡ
福地 清康
研究パートタイマーⅡ
須賀 幹太
研究パートタイマーⅡ
西尾 萌波
研究パートタイマーⅡ
宮坂 藍
研修生
加藤 浩介
研修生
千田 篤
研修生

お問い合わせ先

〒103-0027 東京都中央区日本橋1-4-1 日本橋一丁目三井ビルディング15階
Tel: 03-6225-2246
Email: jun.seita [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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