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医科学イノベーションハブ推進プログラム 健康データ数理推論チーム

チームリーダー 川上 英良(M.D., Ph.D.)

研究概要

川上 英良 (M.D., Ph.D.)

当研究室では、Society 5.0社会実現に向けて、様々なIoTデバイスによって得られる実社会の測定データを活用し、健康/疾患状態変化を理解・予測するための研究を行っています。実社会のデータは項目間の制御メカニズムが明確でないことが多く、特定の仮説やプロセスモデルに依存せずに状態を表現し、個別性を考慮した予測を行う必要があります。当研究室では、機械学習、ネットワーク、統計といった様々な数理科学を柔軟に応用し、健康/疾患状態の理解と一人一人の特性に基づいた予測モデルの確立を目指します。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 情報学
  • 複合領域
  • 数物系科学
  • 生物学
  • 医歯薬学
  • 情報学フロンティア
  • 生物科学
  • 基礎医学

キーワード

  • 生命動態
  • 機械学習
  • システム生物学
  • バイオインフォマティクス

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1.Kawakami E, Tabata J, Yanaihara N, Ishikawa T, Koseki K, Iida Y, Saito M, Komazaki H, Shapiro JS, Goto C, Akiyama Y, Saito R, Saito M, Takano H, Yamada K, Okamoto A.:
    "Application of Artificial Intelligence for Preoperative Diagnostic and Prognostic Prediction in Epithelial Ovarian Cancer Based on Blood Biomarkers"
    Clinical Cancer Research 25, 3006-3015 (2019)
  • 2.Kochi Y, Kamatani Y, Kondo Y, Suzuki A, Kawakami E, Hiwa R, Momozawa Y, Fujimoto M, Jinnin M, Tanaka Y, Kanda T, Cooper RG, Chinoy H, Rothwell S, Lamb JA, Vencovsky J, Mann H, Ohmura K, Myouzen K, Ishigaki K, Nakashima R, Hosono Y, Tsuboi H, Kawasumi H, Iwasaki Y, Kajiyama H, Horita T, Ogawa-Momohara M, Takamura A, Tsunoda S, Shimizu J, Fujio K, Amano H, Mimori A, Kawakami A, Umehara H, Takeuchi T, Sano H, Muro Y, Atsumi T, Mimura T, Kawaguchi Y, Mimori T, Takahashi A, Kubo M, Kohsaka H, Sumida T, Yamamoto K.:
    "Splicing variant of WDFY4 augments MDA5 signalling and the risk of clinically amyopathic dermatomyositis."
    Annals of the Rheumatic Diseases 77, 602-611 (2018)
  • 3.Kawakami E, Adachi N, Senda T, Horikoshi M.:
    "Leading role of TBP in the Establishment of Complexity in Eukaryotic Transcription Initiation Systems."
    Cell Reports 21, 3941-3956 (2017)
  • 4.Hayatsu N, Miyao T, Tachibana M, Murakami R, Kimura A, Kato T, Kawakami E, Endo TA, Setoguchi R, Watarai H, Nishikawa T, Yasuda T, Yoshida H, Hori S.:
    "Analyses of a Mutant Foxp3 Allele Reveal BATF as a Critical Transcription Factor in the Differentiation and Accumulation of Tissue Regulatory T Cells."
    Immunity 47, 268-283. e9 (2017)
  • 5.Kawakami E, Nakaoka S, Ohta T, Kitano H.:
    "Weighted enrichment method for prediction of transcription regulators from transcriptome and global chromatin immunoprecipitation data."
    Nucleic Acids Research 44, 5010-5021 (2016)
  • 6.Kawakami E, Singh VK, Matsubara K, Ishii T, Matsuoka Y, Hase T, Kulkarni P, Siddiqui K, Kodilkar J, Danve N, Subramanian I, Katoh M, Shimizu-Yoshida Y, Ghosh S, Jere A, Kitano H.:
    "Network analyses based on comprehensive molecular interaction maps reveal robust control structures in yeast stress response pathways."
    npj Systems Biology and Applications 2, 15018 (2016)
  • 7.*Watanabe T, Kawakami E (contributed equally), Shoemaker JE, Lopes TJ, Matsuoka Y, Tomita Y, Kozuka-Hata H, Gorai T, Kuwahara T, Takeda E, Nagata A, Takano R, Kiso M, Yamashita M, Sakai-Tagawa Y, Katsura H, Nonaka N, Fujii H, Fujii K, Sugita Y, Noda T, Goto H, Fukuyama S, Watanabe S, Neumann G, Oyama M, Kitano H, Kawaoka Y.:
    "Influenza virus-host interactome screen as a platform for antiviral drug development."
    Cell Host & Microbe 16, 795-805 (2014)
  • 8.*Imai M, Watanabe T, Hatta M, Das SC, Ozawa M, Shinya K, Zhong G, Hanson A, Katsura H, Watanabe S, Li C, Kawakami E, Yamada S, Kiso M, Suzuki Y, Maher EA, Neumann G, Kawaoka Y.:
    "Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets."
    Nature 486, 420-8 (2012)
  • 9.*Watanabe, T., Kiso, M., Fukuyama, S., Nakajima, N., Imai, M., Yamada, S., Murakami, S., Yamayoshi, S., Iwatsuki-Horimoto, K., Sakoda, Y., Takashita, E., McBride, R., Noda, T., Hatta, M., Imai, H., Zhao, D., Kishida, N., Shirakura, M., de Vries, RP., Shichinohe, S., Okamatsu, M., Tamura, T., Tomita, Y., Fujimoto, N., Goto, K., Katsura, H., Kawakami, E., Ishikawa, I., Watanabe, S., Ito, M., Sakai-Tagawa, Y., Sugita, Y., Uraki, R., Yamaji, R., Eisfeld, AJ., Zhong, G., Fan, S., Ping, J., Maher, EA., Hanson, A., Uchida, Y., Saito, T., Ozawa, M., Neumann, G., Kida, H., Odagiri, T., Paulson, JC., Hasegawa, H., Tashiro, M., Kawaoka, Y.:
    "Characterization of H7N9 influenza A viruses isolated from humans."
    Nature 501, 551-5 (2013)
  • 10.*Kawakami, E., Watanabe, T., Fujii, K., Goto, H., Watanabe, S., Noda, T., Kawaoka, Y.:
    "Strand-specific real-time RT-PCR for distinguishing influenza vRNA, cRNA, and mRNA."
    Journal of Virological Methods 173, 1-6 (2011)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

川上 英良
チームリーダー

メンバー

石川 哲朗
特別研究員
華井 明子
特別研究員
加藤 真奈美
テクニカルスタッフⅡ
古関 恵太
研究パートタイマーⅠ
近本 圭祐
研究パートタイマーⅠ
立石 彬久
研究パートタイマーⅠ
市原 祐一郎
研究パートタイマーⅡ
荻野 智大
研究パートタイマーⅡ
佐野 恭平
研究パートタイマーⅡ
岩﨑 絢子
研究パートタイマーⅡ
濱田 健太郎
研究パートタイマーⅡ
藤平 遼
研究パートタイマーⅡ
中西 未来子
研究パートタイマーⅡ
エン 子丹
研修生
青山 祥太朗
研修生
高井 佳基
研修生
辻 杏歩
研修生

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22 中央研究棟C213
Email: eiryo.kawakami [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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