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仁科加速器科学研究センター 植物ゲノム進化研究チーム

チームリーダー 市田 裕之(Ph.D.)

研究概要

市田 裕之 (Ph.D.)

植物と微生物は有史以前から切磋琢磨しながら共に進化し、私たちの生活に欠かせないものとなっています。重イオンビームを植物や微生物に照射すると、塩基置換のような小さな変異から染色体レベルの大規模な構造変異に至る多様な変異が誘発され、いわば人工的に進化を加速することができます。私たちは近年飛躍的な進歩を遂げているゲノムシーケンシングの技術を変異ゲノム解析に応用することで、重イオンビーム変異誘発の効率を飛躍的に向上する「突然変異育種2.0」を確立し、農作物や産業微生物の品種改良に貢献します。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 農学
  • 情報学
  • 環境学
  • 複合領域
  • 総合生物
  • ゲノム生物学
  • 応用微生物学
  • 遺伝育種科学

キーワード

  • 重イオンビーム
  • ゲノム解析技術
  • バイオインフォマティクス
  • DNA修復
  • 微生物育種

主要論文

  • 1. Tabassum, R., Dosaka, T., Ichida, H., Morita, R., Ding, Y., Abe, T., and Katsube-Tanaka, T.:
    "FLOURY ENDOSPERM11–2 encodes plastid HSP70-2 involved with temperature dependent chalkiness of rice (Oryza sativa L.) grains"
    The Plant Journal, 103, 604–616, 2020.
  • 2. Oono, Y., Ichida, H., Morita, R., Nozawa, S, Satoh, K., Shimizu, A., Abe, T., Kato, H., and Hase, Y.:
    "Genome sequencing of ion-beam-induced mutants facilitates detection of candidate genes responsible for phenotypes of mutants in rice"
    Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 821, 111691, 2020.
  • 3. Morita, R.*, Ichida, H.*, Ishii, K., Hayashi, Y., Abe, H., Shirakawa, Y., Ichinose, K., Tsuneizumi, K., Kazama, T., Toriyama, K., Sato, T., and Abe, T.:
    "LONG GRAIN 1: a novel gene that regulates grain length in rice"
    Molecular Breeding, 39, article number 135 (8 pp), 2019.
  • 4. Ichida, H., Morita, R., Shirakawa, Y., Hayashi Y., Abe, T.:
    "Targeted exome sequencing of unselected heavy-ion beam-irradiated populations reveals less-biased mutation characteristics in the rice genome"
    The Plant Journal, 98, 301–314, 2019.
  • 5. Ichida, H. and Abe, T.:
    "An improved and robust method to efficiently deplete repetitive elements from complex plant genomes"
    Plant Science, 280, 455–460, 2019.
  • 6. Murata, H., Abe, T., Ichida, H., Hayashi, Y., Yamanaka, T., Shimokawa, T., and Tahara, K.:
    "Heavy-ion beam mutagenesis of the ectomycorrhizal agaricomycete Tricholoma matsutake that produces the prized mushroom ’matsutake' in conifer forests"
    Mycorrhiza, 28, 171–177, 2018.
  • 7. Yamamoto, Y.Y., Ichida, H., Hieno, A., Daich, O., Tokizawa, M., Nomoto, M., Tada, Y., Kusunoki, K., Koyama, H., and Hayami, N.:
    "Prediction of bipartite transcriptional regulatory elements using transcriptome data of Arabidopsis"
    DNA Research, 24, 271–278, 2017.
  • 8. Sato, Y., Hirano, T., Ichida, H., Murakami, M., Fukunishi, N., Abe, T., and Kawano, S.:
    "Morphological and physiological differences among cultivation lines of Undaria pinnatifida in a common garden experiment using a tank culture system"
    Journal of Applied Phycology, 29, 2287–2295, 2017.
  • 9. Ichida, H. and Long, S.R.:
    "LDSS-P: an advanced algorithm to extract functional short motifs associated with coordinated gene expression"
    Nucleic Acids Research, 44, 5045–5053, 2016.
  • 10. Ichida, H., Matsuyama, T., Ryuto, H., Hayashi, Y., Fukunishi, N., Abe, T., and Koba, T.:
    "Molecular characterization of microbial mutations induced by ion beam irradiation"
    Mutation Research, 639, 101–107, 2008.

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

市田 裕之
チームリーダー

メンバー

石井 公太郎
協力研究員

お問い合わせ先

〒351-0198 埼玉県和光市広沢2-1
生物科学研究棟 S-304
Email: ichida [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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