データ圧縮技術の研究を行っています。特に、簡潔データ構造と呼ばれる、データを圧縮した状態でデータに対する様々な操作をサポートする技術の基礎と応用に焦点をあてて研究を行っています。近年、様々な分野でデータは大規模化しているので、大規模データを効率的に処理する技術が必要とされています。簡潔データ構造は大規模データを高速かつメモリ効率良く処理することを可能とする技術であり、簡潔データ構造を応用することにより、大規模データを効率良く処理するための人工知能技術や知識発見技術の研究を行っています。

研究主分野

コンピューター科学

研究関連分野

生物学 & 生化学 / 薬学 & 毒物学

研究テーマ

• データ圧縮
• データマイニング
• 人工知能

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

1. *Tabei, Y., Saigo, H., Yamanishi, Y., Puglisi, S. J.:
   "Scalable partial least squares regression on grammar compressed data matrices"
   In Proceedings of the 22^nd ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD), (2016)
2. *Tabei, Y., Yamanishi, Y., Kotera, M.:
   "Simultaneous prediction of enzymatic orthologs from chemical transformation patters for de novo metabolic pathway reconstructions"
   In Proceedings of the 23^rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), (2016)
3. *Bellazougui, D., Coding, P., Puglisi, S. J., Tabei, Y.:
   "Access, rank, and select in grammar-compressed string"
   In Proceedings of the 23^rd European Symposium on Algorithms (ESA), (2015)
4. *Maruyama, S., Tabei, Y.
   "Fully-online grammar compression in constant space"
   In Proceedings of the 24^th Data Compression Conference, (2014)
5. *Tabei, Y., Kishimoto, A., Massaki K., Yamanishi, Y.:
   "Succinct interval-splitting tree for scalable similarity search of compound-protein pairs with property constraints"
   In Proceedings of the 19nd ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD), (2013)
6. *Tabei, Y., Takabatake, Y., Sakamoto, H.:
   “A succinct grammar compression”
   In proceedings of the 24^th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), (2013)
7. *Maruyama, S., Tabei, Y., Sakamoto, Y., Sadakane, K.:
   "Fully-online grammar compression"
   In Proceedings of the 20^th String Processing and Information Retrieval(SPIRE), (2013)
8. *Tabei, Y., Pauwels, E., Stove, V., Takemoto, K., Yamanishi, Y.:
   "Identification of chemogenomic features from drug-target interaction networks using interpretable classifiers"
   In Proceedings of the 11^th European Conference on Computational Biology (ECCB), (2012)
9. *Tabei, Y.:
   "Succinct Multibit Tree: Compact representation of multibit trees by using succinct data structures in chemical fingerprint searches"
   In Proceedings of the 12^th workshop on algorithms in bioinformatics (WABI), (2012)
10. *Tabei, Y., Tsuda, K.:
    "Kernel-based similarity search in massive graph data bases with wavelet trees"
    In Proceedings of the 11^th SIAM International Conference on Data Mining (SDM), (2011)