研究紹介

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革新知能統合研究センター

がん探索医療研究チーム

チームリーダー 浜本 隆二 (Ph.D.)
浜本 隆二 (Ph.D.)

近年の遺伝子解析技術の発展は生物学以外でも様々な分野に影響を与え、医療分野では、現在クリニカルシークエンスデータを中心にしたPrecision Medicineの確立が推進されております。当チームはがんのオミックスデータ(ゲノム・エピゲノム解析データ、画像情報 [CT、MRI、PET、内視鏡画像、病理画像など]、臨床情報、プロテオーム解析データ、microRNA、株化がん細胞・PDX [Patient-Derived Xenografts]マウスなどのデータ)を、機械学習技術・深層学習技術など人工知能技術を用いてマルチモーダルに解析することによりがんの本態を解明し、がんの診断・治療及び創薬へと発展させていきます。

研究主分野

分子生物 & 遺伝学

研究関連分野

生物学 & 生化学 / 免疫学 / 臨床医学 / コンピューター科学

研究テーマ

  • 機械学習・深層学習技術を用いたがん組織におけるヒストン修飾解析
  • 機械学習・深層学習技術を用いた医療画像解析
  • 機械学習・深層学習技術を用いたがんのオミックス解析

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. *Vassiliki Saloura, Theodore Vougiouklakis, Makda Zewde, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Xiaolan Deng, Kazuma Kiyotani, Jae-Hyun Park, Yo Matsuo, Mark Lingen, Ryuji Hamamoto, Yusuke Nakamura:
    "WHSC1L1-mediated EGFR mono-methylation enhances the cytoplasmic and nuclear oncogenic activity of EGFR"
    Scientific Reports, 7, 40664 (2017)
  2. *Yuichiro Yoshioka, Takehiro Suzuki, Yo Matsuo, Makoto Nakakido, Giichiro Tsurita, Cristiano Simone, Toshiaki Watanabe, Naoshi Dohmae, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto:
    "SMYD3-mediated lysine methylation in the PH domain is critical for activation of AKT1"
    Oncotarget, 7, 75023-75037 (2016)
  3. *Ryuji Hamamoto, Vassiliki Saloura, Yusuke Nakamura:
    "Critical roles of non-histone protein lysine methylation in human tumorigenesis"
    Nature Reviews Cancer, 15, 110-124 (2015)
  4. *Kenbun Sone, Lianhua Piao, Makoto Nakakido, Koji Ueda, Thomas Jenuwein, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto:
    "Critical role of lysine 134 methylation on histone H2AX for γ-H2AX production and DNA repair"
    Nature Communications, 5, 5691 (2014)
  5. *Hyun-Soo Cho, Tadahiro Shimazu, Gouji Toyokawa, Yataro Daigo, Yoshihiko Maehara, Shinya Hayami, Akihiro Ito, Ken Masuda, Noriko Ikawa, Helen I. Field, Eiju Tsuchiya, Shin-ichi Ohnuma, Bruce A.J. Ponder, Minoru Yoshida, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto:
    "Enhanced HSP70 lysine methylation promotes proliferation of cancer cells through activation of aurora kinase B"
    Nature Communications, 3, 1072 (2012)
  6. *Kyohei Arita, Shin Isogai, Takashi Oda, Motoko Unoki, Kazuya Sugita, Naotaka Sekiyama, Keiko Kuwata, Ryuji Hamamoto, Hidehito Tochio, Mamoru Sato, Mariko Ariyoshi, Masahiro Shirakawa:
    "Recognition of modification status on a histone H3 tail by linked histone reader modules of UHRF1"
    Proc Natl Acad Sci USA, 109, 12950-12955 (2012)
  7. *Masashi Takawa, Hyun-Soo Cho, Shinya Hayami, Gouji Toyokawa, Masaharu Kogure, Yuka Yamane, Yukiko Iwai, Kazuhiro Maejima, Koji Ueda, Akiko Masuda, Naoshi Dohmae, Helen I. Field, Tatsuhiko Tsunoda, Takaaki Kobayashi, Takayuki Akasu, Masanori Sugiyama, Shin-ichi Ohnuma, Yutaka Atomi, Bruce A.J. Ponder, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto:
    "Histone Lysine Methyltransferase SETD8 Promotes Carcinogenesis by Deregulating PCNA Expression"
    Cancer Research, 72, 3217-3227 (2012)
  8. *Hyun-Soo Cho, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Shinya Hayami, Motoko Unoki, Masanori Yoshimatsu, Gouji Toyokawa, Masashi Takawa, Taiping Chen, Julia K. Kurash, Helen I. Field, Bruce A.J. Ponder, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto:
    "Demethylation of MYPT1 by LSD1 promotes cell cycle progression in cancer cells"
    Cancer Research, 71, 1-6 (2011)
  9. *Masataka Tsuge, Ryuji Hamamoto, Fabio Pittella Silva, Yozo Ohnishi, Kazuaki Chayama, Naoyuki Kamatani, Yoichi Furukawa, Yusuke Nakamura:
    "VNTR Polymorphism of E2F-1 binding element in the 5' flanking region of SMYD3 is a risk factor for human cancers"
    Nature Genetics, 37, 1104-1107 (2005)
  10. *Ryuji Hamamoto, Yoichi Furukawa, Masashi Morita, Yumiko Iimura, Fabio Pittella Silva, Meihua Li, Ryuichiro Yagyu, Yusuke Nakamura:
    "SMYD3 encodes a histone methyltransferase involved in the proliferation of cancer cells"
    Nature Cell Biology, 6, 731-740 (2004)

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