研究紹介

環境資源科学研究センター

メタボローム情報研究チーム

チームリーダー 有田 正規 (D.Sci.)
有田 正規 (D.Sci.)

当チームではメタボロームの定量データ解析、ネットワーク解析、シミュレーションに必要な基盤ソフトウェアの開発を行っています。また、未知代謝産物にも柔軟に対応できるデータベースを構築しています。開発したソフトウェアは他チームにおいて集積したメタボローム、トランスクリプトームデータに応用し、植物のシステム的理解を実現します。

研究主分野

複合領域

研究関連分野

総合生物

キーワード

  • ゲノム
  • データベース
  • メタボローム
  • アルゴリズム

主要論文

  1. Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M
    "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library"
    Journal of Cheminformatics 9:19, 2017
  2. Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O
    "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra"
    Nature Biotechnology 34(11):1099-1101, 2016
  3. Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M.
    "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software"
    Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016
  4. Fukushima A, Nakamura M, Suzuki H, Yamazaki M, Knoch E, Mori T, Umemoto N, Morita M, Hirai G, Sodeoka M, Saito K
    "Comparative Characterization of the Leaf Tissue of Physalis alkekengi and Physalis peruviana Using RNA-seq and Metabolite Profiling"
    Frontiers in Plant Science 7:1883, 2016
  5. Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M:
    "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis"
    Nature Methods 12(6), 523-526, 2015
  6. Fukushima A, Nakamura M, Suzuki H, Saito K, Yamazaki M:
    "High-Throughput Sequencing and De Novo Assembly of Red and Green Forms of the Perilla frutescens var. crispa Transcriptome"
    PLOS One 10(6), e0129154, 2015
  7. Hasegawa Y, Arita M:
    "Optimal implementations for reliable circadian clocks"
    Physical Review Letters 113(10), 108101, 2014
  8. Fukushima A, Kusano M.:
    "Recent progress in the development of metabolome databases for plant systems biology"
    Frontiers in Plant Science, 4(73), 2013
  9. Fukushima A.:
    "DiffCorr: an R package to analyze and visualize differential correlations in biological networks"
    Gene, 518(1), 209-214, 2013
  10. Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E.:
    "MRMPROBS: a data assessment and metabolite identification tool for large-scale multiple reaction monitoring based widely targeted metabolomics"
    Anal Chem, 85(10), 5191-5199, 2013

メンバーリスト

主宰者

有田 正規
チームリーダー

メンバー

福島 敦史
研究員
津川 裕司
研究員