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環境資源科学研究センター 分子リガンド標的研究チーム

チームリーダー BOONE Charles(Ph.D.)

研究概要

BOONE Charles (Ph.D.)

ユニークな生理活性を示す小分子リガンドには、生体内に必ず特異的な標的分子が存在します。標的分子の決定は、分子リガンドの作用機構解明に必須であり、創薬研究の要ともなっています。しかし、分子リガンドと標的分子との相互作用は一様でないため、これまで標的分子の決定はきわめて困難でした。当チームは、酵母の遺伝子破壊株ライブラリーや遺伝子過剰発現株ライブラリーを用いた遺伝学的相互作用の検出法をもとにした新しい相互作用検出技術の開発を行います。これを用いて生理活性を引き出す原因となる標的分子を速やかにかつ正確に決定することを目指します。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 医歯薬学

キーワード

  • ケミカルゲノミクス
  • 標的同定
  • 酵母

主要論文

  • 1.Iyer, KR., Li, SC., Revie, NM., Lou, JW., Duncan, D., Fallah, S., Sanchez, H., Skulska, I., U?aj, MM., Safizadeh, H., Larsen, B., Wong, C., Aman, A., Kiyota, T., Yoshimura, M., Kimura, H., Hirano, H., Yoshida, M., Osada, H., Gingras, AC., Andes, DR., Shapiro, RS., Robbins, N., Mazhab-Jafari, MT., Whitesell, L., Yashiroda, Y., Boone, C., Cowen, LE.:
    "Identification of triazenyl indoles as inhibitors of fungal fatty acid biosynthesis with broad-spectrum activity"
    Cell Chem. Biol., 30, 795-810 (2023).
  • 2.Saeki, N., Yamamoto, C., Eguchi, Y., Sekito, T., Shigenobu, S., Yoshimura, M., Yashiroda, Y., Boone, C., Moriya, H.:
    "Overexpression profiling reveals cellular requirements in the context of genetic backgrounds and environments"
    PLoS Genetics 19 (4), e1010732 (2023).
  • 3.Forster, DT., Li, SC., Yashiroda, Y., Yoshimura, M., Li, Z., Isuhuaylas, LAV., Itto-Nakama, K., Yamanaka, D., Ohya, Y., Osada, H., Wang, B., Bader, GD., Boone, C.:
    "BIONIC: biological network integration using convolutions"
    Nat Methods 19, 1250-1261 (2022).
  • 4.Kubo, K., Itto-Nakama, K., Ohnuki, S., Yashiroda, Y., Li, SC., Kimura, H., Kawamura, Y., Shimamoto, Y., Tominaga, KI., Yamanaka, D., Adachi, Y., Takashima, S., Noda, Y., Boone, C., Ohya, Y.:
    "Jerveratrum-type steroidal alkaloids inhibit β-1,6-glucan biosynthesis in fungal cell walls."
    Microbiol. Spectr., 10, e0087321 (2022).
  • 5.Revie, NM., Iyer, KR., Maxson, ME., Zhang, J., Yan, S., Fernandes, CM., Meyer, KJ., Chen, X., Skulska, I., Fogal, M., Sanchez, H., Hossain, S., Li, S., Yashiroda, Y., Hirano, H., Yoshida, M., Osada, H, Boone, C., Shapiro, RS., Andes, DR., Wright, GD., Nodwell, JR., Del Poeta, M., Burke, MD., Whitesell, L., Robbins, N., Cowen, LE.:
    "Targeting fungal membrane homeostasis with imidazopyrazoindoles impairs azole resistance and biofilm formation"
    Nat Commun 13: 3634 (2022).
  • 6.Fu, C., Zhang, X., Veri, AO., Iyer, KR., Lash, E., Xue, A., Yan, H., Revie, NM., Wong, C., Lin, ZY., Polvi, EJ., Liston, SD., VanderSluis, B., Hou, J., Yashiroda, Y., Gingras, AC., Boone, C., O'Meara, TR., O'Meara, MJ., Noble, S., Robbins, N., Myers, CL., Cowen, LE.:
    "Leveraging machine learning essentiality predictions and chemogenomic interactions to identify antifungal targets."
    Nat. Commun. 12, 6497 (2021).
  • 7.Persaud, R., Li, SC., Chao, JD., Forestieri, R., Donohue, E., Balgi, AD., Zheng, X., Chao, JT., Yashiroda, Y., Yoshimura, M., Loewen, CJR., Gingras, AC., Boone, C., Av-Gay, Y., Roberge, M., Andersen, RJ.:
    "Clionamines stimulate autophagy, inhibit Mycobacterium tuberculosis survival in macrophages, and target Pik1."
    Cell Chem. Biol., doi: 10.1016/j.chembiol.2021.07.017. (2021).
  • 8.Tomita, K., Yashiroda, Y., Matsuo, Y., Piotrowski, JS., Li, SC., Okamoto, R., Yoshimura, M., Kimura, H., Kawamura, Y., Kawamukai, M., Boone, C., Yoshida, M., Nojiri, H., Okada, K.:
    "Genome-wide screening of genes associated with momilactone B sensitivity in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe."
    G3 (Bethesda), 11, jkab156 (2021).
  • 9.Simpkins, SW., Deshpande, R., Nelson, J., Li, SC., Piotrowski, JS., Ward, HN., Yashiroda, Y., Osada, H., Yoshida, M., Boone, C., Myers, CL.:
    "Using BEAN-counter to quantify genetic interactions from multiplexed barcode sequencing experiments."
    Nat. Protoc., 14, 415-440 (2019).
  • 10.Piotrowski, JS., Li, SC., Deshpande, R., Simpkins, SW., Nelson, J., Yashiroda, Y., Barber, JM., Safizadeh, H., Wilson, E., Okada, H., Gebre, AA., Kubo, K., Torres, NP., LeBlanc, MA., Andrusiak, K., Okamoto, R., Yoshimura, M., van Leeuwen, J., Shirahige, K., Baryshnikova, A., Brown, GW., Hirano, H., Costanzo, M., Andrews, B., Ohya, Y., Osada, H., Yoshida, M., Myers, CL., and Boone, C.:
    "Functional annotation of chemical libraries across diverse biological processes."
    Nat. Chem. Biol., 13, 982?993 (2017).

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

BOONE Charles
チームリーダー

メンバー

八代田 陽子
副チームリーダー
松山 晃久
専任研究員
PHAM Lien Thi Kim
特別研究員
吉村 麻美
テクニカルスタッフⅠ

お問い合わせ先

〒351-0198 埼玉県和光市広沢2番1号 環境資源科学研究棟 N202

交通アクセス

Email: charlieboone [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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