研究紹介

生命医科学研究センター

統合細胞システム研究チーム

チームリーダー 岡田 眞里子 (Ph.D.)
岡田 眞里子 (Ph.D.)

本研究室では、蛋白質、RNA、DNA などの細胞内の分子の相互作用ネットワークを定量的に解析することにより、細胞内の情報処理や制御の機構を明らかにすることを目指しています。特に注目しているのは、細胞内シグナル伝達系と転写因子による遺伝子発現制御の動態です。細胞の入力に対する分子活性の定量的実験解析、数理モデル、シミュレーション解析の組み合わせにより、分子機構を詳細に解析します。細胞におけるシグナル伝達系と転写制御の連動を明らかにすることで、細胞の初期応答における特異性発現の仕組みを理解したいと考えています。

研究主分野

生物学

研究関連分野

情報学 / 複合領域 / 総合理工 / 数物系科学 / 総合生物

キーワード

  • シグナル伝達
  • 数理モデル
  • 転写制御
  • オミクスデータ統合

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Magi, S., Iwamoto, K., and Okada-Hatakeyama, M.:
    "Current Status of Mathematical Modeling of Cancer – From the Viewpoint of Cancer Hallmarks."
    Current Opinion in Systems Biology. 2:38-47 (2017).
  2. Domínguez-Hüttinger, E., Christodoulides, P., Miyauchi, K., Irvine, A.D., Okada-Hatakeyama, M., Kubo, M., and Tanaka, R.J.:
    "Mathematical modeling of atopic dermatitis reveals "double-switch" mechanisms underlying 4 common disease phenotypes."
    J. Allergy Clin. Immunol. pii: S0091-6749(16)31433-6 (2016)
  3. Mina, M., Magi, S., Jurman, G., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Arner, E., Forrest, A.R.R., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Daub, C.O., the FANTOM Consortium, Okada-Hatakeyama, M., and Furlanello, C.:
    "Promoter-level expression clustering identifies time development of transcriptional regulatory cascades initiated by ErbB receptors in breast cancer cells."
    Sci. Rep. 5:11999. doi: 10.1038/srep11999 (2015).
  4. Nagashima, T., Inoue, N., Yumoto, N., Saeki, Y., Magi, S., Volinsky, N., Sorkin, A., Kholodenko, B.N. and Okada-Hatakeyama, M.:
    "Feedforward regulation of mRNA stability by prolonged ERK activity."
    FEBS J. 282(4), 613-629 (2015).
  5. Shinohara, H., Behar, M., Inoue K., Hiroshima, M., Yasuda, T., Nagashima, T., Kimura, S., Sanjo, H., Maeda, S., Yumoto, N., Ki, S., Akira, S., Sako, Y., Hoffmann, A., Kurosaki, T., and Okada-Hatakeyama, M.:
    "Positive feedback within a kinase signaling complex functions as a switch mechanism for NF-κB activation."
    Science 344(6185): 760-764 (2014).
  6. Nakakuki, T., Birtwistle, M.R., Saeki, Y., Yumoto, N., Ide, K., Nagashima, T., Brusch, L., Ogunnaike, B.A., Okada-Hatakeyama, M., and Kholodenko, B.N.:
    "Ligand-specific c-Fos expression emerges from the spatiotemporal control of ErbB network dynamics."
    Cell 141(5): 884-896, 2010.
  7. Nagashima, T., Shimodaira, H., Ide, K., Nakakuki, T., Tani, Y., Takahashi, K., Yumoto, N., and Hatakeyama, M.:
    "Quantitative transcriptional control of ErbB receptor signaling undergoes graded to biphasic response for cell differentiation."
    J. Biol. Chem. 282, 4045-4056. (2007)
  8. Kimura, S., Ide, K., Kashihara, A., Kano, M., Hatakeyama, M., Masui, R., Nakagawa, N., Yokoyama, S., Kuramitsu, S., and Konagaya, A.:
    "Inference of S-system models of genetic networks using a cooperative coevolutionary algorithm."
    Bioinformatics 21, 1154-1163. (2005)
  9. Hatakeyama, M., Kimura, S., Naka, T., Kawasaki, T., Yumoto, N., Ichikawa, M., Kim, J-H., Saito, K., Saeki, M., Shirouzu, M., Yokoyama, S. and Konagaya, A.:
    "A computational model on the modulation of MAPK and Akt pathways in heregulin induced ErbB signaling."
    Biochem. J. 373, 451-463. (2003)
  10. Birtwistle, M.R., Hatakeyama, M., Yumoto, N., Ogunnaike, B.A., Hoek, J.B., and Kholodenko, B.N.:
    "Ligand-dependent responses of the ErbB signaling network: experimental and modeling analysis."
    Mol. Syst. Biol. 3:144 (2007)

メンバーリスト

主宰者

岡田 眞里子
チームリーダー

メンバー

篠原 久明
上級研究員
岩本 一成
研究員
間木 重行
研究員
井上 健太郎
研究員