研究紹介

生命医科学研究センター

大容量データ管理技術開発ユニット

ユニットリーダー 粕川 雄也 (Ph.D.)
粕川 雄也 (Ph.D.)

生命科学研究から生み出されるデータは膨大であり、応用研究の研究者は様々な基礎研究の成果を調査・収集するため逐一論文誌やデータベースを検索することが次第に困難となっています。本ユニットでは、日々生み出される大量の次世代シーケンサーデータなどに対応するため、大規模データセットを解析し比較するためのツールを開発し、適切なコンピュータ環境のセットアップを行います。これにより、応用研究の対象テーマを選択・検討するために必要な基礎研究成果や、その付加情報の入手を容易にし、応用研究への橋渡しを支援します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

情報学 / 生物学 / 医歯薬学

キーワード

  • 生命情報科学
  • データベース
  • データ工学
  • ゲノミクス / トランスクリプトミクス
  • 統計学

主要論文

  1. Hon C.C., Ramilowski, J.A., Harshbarger, J., Bertin, N., Rackham, O.J., Gough, J., Denisenko, E., Schmeier, S., Poulsen, T.M., Severin, J., Lizio, M., Kawaji, H., Kasukawa, T., Itoh, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Djebali, S., Alam, T., Medvedeva, Y.A., Testa, A.C., Lipovich, L., Yip, C.W., Abugessaisa, I., Mendez, M., Hasegawa, A., Tang, D., Lassmann, T., Heutink, P., Babina, M., Wells, C.A., Kojima, S., Nakamura, Y., Suzuki, H., Daub, C.O., de Hoon, M.J., Arner, E., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A.R.:
    "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
    Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
  2. Lizio, M., Harshbarger, J., Abugessaisa, I., Noguchi, S., Kondo, A., Severin, J., Mungall, C., Arenillas, D., Mathelier, A., Medvedeva, Y.A., Lennartsson, A., Drabløs, F., Ramilowski, J.A., Rackham, O., Gough, J., Andersson, R., Sandelin, A., Ienasescu, H., Ono, H., Bono, H., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A.R.:
    "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
    Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
  3. Abugessaisa, I., Shimoji, H., Sahin, S., Kondo, A., Harshbarger, J., Lizio, M., Hayashizaki, Y., Carninci, P.; FANTOM consortium, Forrest, A., Kasukawa, T., Kawaji, H.:
    "FANTOM5 transcriptome catalog of cellular states based on Semantic MediaWiki"
    Database (Oxford), baw105. (2016).
  4. Medvedeva, Y.A., Lennartsson, A., Ehsani, R., Kulakovskiy, I.V., Vorontsov, I.E., Panahandeh, P., Khimulya, G., Kasukawa, T.; FANTOM Consortium, Drabløs, F.:
    "EpiFactors: a comprehensive database of human epigenetic factors and complexes"
    Database (Oxford), bav067. (2015).
  5. Arner, E. et al.:
    "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
    Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
  6. Marina Lizio, Jayson Harshbarger, Hisashi Shimoji, Jessica Severin, Takeya Kasukawa, Serkan Sahin, Imad Abugessaisa, Shiro Fukuda, Fumi Hori, Sachi Ishikawa-Kato, et al.:
    "Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas."
    Genome Biol. 16, 22. (2015).
  7. FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT).:
    "A promoter-level mammalian expression atlas."
    Nature 507 (7493), 462-470. (2014).
  8. Kasukawa, T., Masumoto, K., Nikaido, I., Nagano, M., Uno, K.D., Tsujino, K., Hanashima, C., Shigeyoshi, Y., and Ueda, H.R.:
    "Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain."
    PLoS ONE. 6(8), e23228. (2011).
  9. Maeda, N., Kasukawa, T., Oyama, R., Gough, J., Frith, M., Engstrom, P.G., Lenhard, B., Aturaliya, R.N., Batalov, S., Beisel, K.W., Bult, C.J., Fletcher, C.F., Forrest, A., Furuno, M., Hill, D., Itoh, M., Kanamori-Katayama, M., Katayama, S., Katoh, M., Kawashima, T., Quackenbush, J., Ravasi, T., Ring, B.Z., Shibata, K., Sugiura. K., Takenaka, Y., Teasdale, R.D., Wells, C.A., Zhu, Y., Kai, C., Kawai, J., Hume, D.A., Carninci, P., and Hayashizaki, Y.:
    "Transcript annotation in FANTOM3: mouse gene catalog based on physical cDNAs."
    PLoS Genet. 2 (4), e62. (2006).
  10. The FANTOM Consortium and RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group):
    "The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome."
    Science. 309, 1559-1563, (2005).

メンバーリスト

主宰者

粕川 雄也
ユニットリーダー

メンバー

ABUGESSAISA Imad
研究員
野口 修平
特別研究員
武田 伸幸
テクニカルスタッフⅠ
北倉 輝昭
テクニカルスタッフⅠ
近藤 敦
テクニカルスタッフⅠ
古川 章
テクニカルスタッフⅠ