研究紹介

生命機能科学研究センター

細胞システム動態予測研究チーム

チームリーダー 城口 克之 (Ph.D.)
城口 克之 (Ph.D.)

光学顕微鏡1分子観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージングとシークエンシングを組み合わせた新しいアプローチの確立を目指しています。1細胞解析用の技術を独自に開発しており、分子バーコード法の開発により、高精度にRNAを定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq)を実現しています。また、菌の種類を高精度で区別し、1細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や医科学への貢献を目指しています。免疫関連の細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

複合領域 / 総合理工 / 生物学

キーワード

  • 定量ジェノミクス
  • 1細胞解析
  • デジタル計測
  • シークエンシング
  • バイオイメージング

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. Tenno M., Shiroguchi K., Muroi S., Kawakami E., Koseki K., Kryukov K., Imanishi T., Ginhoux F., Taniuchi I.
    "Cbfβ2-deficiency preserves Langerhans cell precursors by lack of selective TGFβ receptor signaling"
    J. Exp. Med. accepted.
  2. Suzuki, H. Mitsuno K., Shiroguchi K., Tsugane M., Okano T., Dohi T., Tsuji T.
    "One-step Micromolding of Complex 3D Microchambers for Single-Cell Analysis"
    Lab. Chip. 17, 647-652 (2017).
  3. Chen H.*, Shiroguchi K.*, Ge H., Xie X.S.
    "Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in E.coli"
    Mol. Syst. Biol. 11, 781 (2015) (*equal contribution)
  4. Miyazaki M. Kinosita Jr. K., Shiroguchi K.
    "Accurate polarity control and parallel alignment of actin filaments for myosin-powered transport systems"
    RSC Adv. 3, 8728-8733 (2013)
  5. * Shiroguchi K., Jia T.Z., Sims P.A., Xie X.S.
    "Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single molecule barcodes"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, 1347-1352 (2012).
  6. * Shiroguchi, K.*, Chin, H.F., Hannemann, D.E., Muneyuki, E., De La Cruz, E.M.*, Kinosita Jr. K.
    "Direct observation of the Myosin Va recovery stroke that contributes to unidirectional stepping along actin"
    PLoS Biol. 9: e1001031 (2011) *Corresponding author.
  7. * Shiroguchi K., Kinosita Jr. K.
    "Myosin V walks by lever action and Brownian motion"
    Science, 316, 1208-1212 (2007).
  8. 城口克之、
    "デジタルRNAシークエンシング: ゲノムワイドな1分子定量法"
    化学と生物 54, 11,787-788 (2016).
  9. * 城口克之
    2本足モーター,ミオシンVの脚の動きを見る
    生物物理、49(1) 27-29 (2009).

メンバーリスト

主宰者

城口 克之
チームリーダー

メンバー

小川 泰策
基礎科学特別研究員
JIN Jianshi
訪問研究員
福原 芳織
テクニカルスタッフⅠ
山本 れいこ
研究支援パートタイマー