研究紹介

生命医科学研究センター

Parrishゲノム免疫生物学理研白眉研究チーム

理研白眉研究チームリーダー PARRISH Nicholas (M.D., Ph.D)
PARRISH Nicholas (M.D., Ph.D)

生命体のゲノムとウイルス間の相互作用に関心があります。特に免疫反応における“自己”が、どのようにゲノムレベルで確立されるかに非常に興味を持っています。外科の臨床医という私自身の背景もあり、ウイルス感染の防御や治療、また移植臓器など特定の“非自己”に対して免疫寛容を誘導する、といった実用的なイノベーションにつながる新しい知見を探求しています。これまで同僚と共に、生命体のゲノム上に存在するウイルスの配列が、piRNAsと呼ばれるスモールRNAをつくり出すことを発見しました。これによるRNA干渉が、ウイルス感染の予防や改善につながるという仮説を、今後検証していきたいと考えています。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

複合領域 / 生物学 / 医歯薬学

ゲノム生物学:ゲノム機能発現 / 免疫学:免疫記憶 / ウイルス学:感染防御・制御

キーワード

  • 内在性ウイルス様配列
  • RNAサイレンシング
  • ゲノム工学
  • ウイルス免疫
  • レトロ転位

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。
  1. *Parrish, N.F., Tomonaga, K.:
    “A Viral (Arc)hive for Metazoan Memory.”
    Cell, 172(1-2):8-10. (2018).
  2. *Parrish, N.F., Tomonaga, K.:
    “Endogenized viral sequences in mammals.”
    Curr Opin Microbiol., 31:176-183. (2016).
  3. *Sudmant, P.H., Rausch, T., Gardner, E.J., Handsaker, R.E., Abyzov, A., Huddleston, J., Zhang, Y., Ye, K., Jun, G., Fritz, M.H., Konkel, M.K., Malhotra, A., Stütz, A.M., Shi, X., Casale, F.P., Chen, J., Hormozdiari, F., Dayama, G., Chen, K., Malig, M., Chaisson, M.J.P., Walter, K., Meiers, S., Kashin, S., Garrison, E., Auton, A., Lam, H.Y.K., Mu, X.J., Alkan, C., Antaki, D., Bae, T., Cerveira, E., Chines, P., Chong, Z., Clarke, L., Dal, E., Ding, L., Emery, S., Fan, X., Gujral, M., Kahveci, F., Kidd, J.M., Kong, Y., Lameijer, E.W., McCarthy, S., Flicek, P., Gibbs, R.A., Marth, G., Mason, C.E., Menelaou, A., Muzny, D.M., Nelson, B.J., Noor, A., Parrish, N.F., Pendleton, M., Quitadamo, A., Raeder, B., Schadt, E.E., Romanovitch, M., Schlattl, A., Sebra, R., Shabalin, A.A., Untergasser, A., Walker, J.A., Wang, M., Yu, F., Zhang, C., Zhang, J., Zheng-Bradley, X., Zhou, W., Zichner, T., Sebat, J., Batzer, M.A., McCarroll, S.A.; 1000 Genomes Project Consortium, Mills, R.E., Gerstein, M.B., Bashir, A., Stegle, O., Devine, S.E., Lee, C., Eichler, E.E., Korbel, J.O.:
    “An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes.”
    Nature, 526(7571):75-81. (2015).
  4. *1000 Genomes Project Consortium, Auton, A., Brooks, L.D., Durbin, R.M., Garrison, E.P., Kang, H.M., Korbel, J.O., Marchini, J.L., McCarthy, S., McVean, G.A., Abecasis, G.R.:
    “A global reference for human genetic variation.”
    Nature, 526(7571):68-74. (2015).
  5. *Sofuku, K., Parrish, N.F., Honda, T., Tomonaga, K.:
    “Transcription Profiling Demonstrates Epigenetic Control of Non-retroviral RNA Virus-Derived Elements in the Human Genome.”
    Cell Reports, 12(10):1548-54. (2015).
  6. *Parrish, N.F., Fujino, K., Shiromoto, Y., Iwasaki, Y.W., Ha, H., Xing, J., Makino, A., Kuramochi-Miyagawa, S., Nakano, T., Siomi, H., Honda, T., Tomonaga, K.:
    “piRNAs derived from ancient viral processed pseudogenes as transgenerational sequence-specific immune memory in mammals.”
    RNA, 21(10):1691-703. (2015).

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