Research Summary

Selected Publications

• 1. Agrawal, S.; Buyan, A.; Severin, J.; Koido, M.; Alam, T.; Abugessaisa, I.; Chang, H.Y.; Dostie, J.; Itoh, M.; Kere, J.; Kondo, N.; Li, Y.; Makeev, V.J.; Mendez, M.; Okazaki, Y.; Ramilowski, J.A.; Sigorskikh, A.I.; Strug, L.J.; Yagi, K.; Yasuzawa, K.; Yip, C.W.; Hon, C.C.; Hoffman, M.M.; Terao, C.; Kulakovskiy, I.V.; Kasukawa, T.; Shin, J.W.; Carninci, P.; De Hoon, M.J.L.:
  "Annotation of nuclear lncRNAs based on chromatin interactions"
  PLoS One 19, e0295971 (2024).
• 2. Severin, J.; Agrawal, S.; Ramilowski, J.R.; Deviatiiarov, R.; Shin, J.W.; Carninci, P.; De Hoon, M.:
  "ZENBU-Reports: a graphical web-portal builder for interactive visualization and dissemination of genome-scale data"
  NAR Genomics and Bioinformatics 5, lqad075 (2023).
• 3. De Hoon, M.J.L.; Bonetti, A.; Plessy, C.; Ando, Y.; Hon, C.C.; Ishizu, Y.; Itoh, M.; Katoh, S.; Lin, D.; Maekawa, S.; Murata, M.; Nishiyori, H.; Shin, J.W.; Stolte, J.; Suzuki, A.M.; Tagami, M.; Takahashi, H.; Thongjuea, S.; Forrest, A.R.; Hayashizaki, Y.; Kere, J.; Carninci, P.:
  "Deep sequencing of short capped RNAs reveals novel families of noncoding RNAs"
  Genome Research 32, 1727-1735 (2022).
• 4. Grapotte, M.; Saraswat, M.; Bessière, C.; Menichelli, C.; Ramilowski, J.; Severin, J.; Hayashizaki, Y.; Itoh, M.; Tagami, M.; Murata, M.; Kojima, M.; Noma, S.; Noguchi, S.; Kasukawa, T.; Hasegawa, A.; Suzuki, H.; Nishiyori-Sueki, H.; Frith, M.C.; The FANTOM consortium; Chatelain, C.; Carninci, P.; De Hoon, M.; Wasserman, W.; Bréhélin, L.; Lecellier, C.:
  "Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network"
  Nature Communications 12, 3297 (2021).
• 5. Way, G.P.; Greene, C.S.; Carninci, P.; Carvalho, B.S.; De Hoon, M.; Finley, S.; Gosline, S.J.; Cao, K.L.; Lee, J.S.; Marchionni, L.; Robine, N.; Sindi, S.S.; Theis, F.J.; Yang, J.Y.; Carpenter, A.E.; Fertig, E.J.:
  "A field guide to cultivating computational biology"
  PLoS Biology 19, e3001419 (2021).
• 6. Hashimoto, M.; Saito, Y.; Nakagawa, R.; Ogahara, I.; Takagi, S.; Takata, S.; Amitani, H.; Endo, M.; Yuki, H.; Ramilowski, J.A.; Severin, J.; Manabe, R-I.; Watanabe, T.; Ozaki, K.; Kaneko, A.; Kajita, H.; Fujiki, S.; Sato, K.; Honma, T.; Uchida, N.; Fukami, T.; Okazaki, Y.; Ohara, O.; Shultz, L.D.; Yamada, M.; Taniguchi, S.; Vyas, P.; De Hoon, M.; Momozawa, Y.; Ishikawa, F.:
  "Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive acute myeloid leukemia"
  Nature Cancer 2, 340–356 (2021).
• 7. Ramilowski, J.A.; Yip, C.W.; Agrawal, S.; Chang, J.C.; Ciani, Y.; Kulakovskiy, I.V.; Mendez, M.; Ooi, J.L.C.; Ouyang, J.F.; Parkinson, N.; Petri, A.; Roos, L.; Severin, J.; Yasuzawa, K.; Abugessaisa, I.; Akalin, A.; Antonov, I.V.; Arner, E.; Bonetti, A.; Bono, H.; Borsari, B.; Brombacher, F.; Cameron, C.J.F.; Cannistraci, C.V.; Cardenas, R.; Cardon, M.; Chang, H.; Dostie, J.; Ducoli, L.; Favorov, A.; Fort, A.; Garrido, D.; Gil, N.; Gimenez, J.; Guler, R.; Handoko, L.; Harshbarger, J.; Hasegawa, A.; Hasegawa, Y.; Hashimoto, K.; Hayatsu, N.; Heutink, P.; Hirose, T.; Imada, E.L.; Itoh, M.; Kaczkowski, B.; Kanhere, A.; Kawabata, E.; Kawaji, H.; Kawashima, T.; Kelly, S.T.; Kojima, M.; Kondo, N.; Koseki, H.; Kouno, T.; Kratz, A.; Kurowska-Stolarska, M.; Kwon, A.T.J.; Leek, J.; Lennartsson, A.; Lizio, M.; López-Redondo, F.; Luginbühl, J.; Maeda, S.; Makeev, V.J.; Marchionni, L.; Medvedeva, Y.A.; Minoda, A.; Müller, F.; Muñoz-Aguirre, M.; Murata, M.; Nishiyori, H.; Nitta, K.R.; Noguchi, S.; Noro, Y.; Nurtdinov, R.; Okazaki, Y.; Orlando, V.; Paquette, D.; Parr, C.J.C.; Rackham, O.J.L.; Rizzu, P.; Sánchez, Martinez, D.F.; Sandelin, A.; Sanjana, P.; Semple, C.A.M.; Shibayama, Y.; Sivaraman, D.M.; Suzuki, T.; Szumowski, S.C.; Tagami, M.; Taylor, M.S.; Terao, C.; Thodberg, M.; Thongjuea, S.; Tripathi, V.; Ulitsky, I.; Verardo, R.; Vorontsov, I.E.; Yamamoto, C.; Young, R.S.; Baillie, J.K.; Forrest, A.R.R.; Guigó, R.; Hoffman, M.M.; Hon, C.C.; Kasukawa, T.; Kauppinen, S.; Kere, J.; Lenhard, B.; Schneider, C.; Suzuki, H.; Yagi, K.; De Hoon, M.J.L.; Shin, J.W.; Carninci, P.:
  "Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping"
  Genome Research 30, 1060-1072 (2020).
• 8. Alam, T.; Agrawal, S.; Severin, J.; Young, R.S.; Andersson, R.; Arner, E.; Hasegawa, A.; Lizio, M.; Ramilowski, J.A.; Abugessaisa, I.; Ishizu, Y.; Noma, S.; Tarui, H.; Taylor, M.S.; Lassmann, T.; Itoh, M.; Kasukawa, T.; Kawaji, H.; Marchionni, L.; Sheng, G.; Forrest, A.R.R.; Khachigian, L.M.; Hayashizaki, Y.; Carninci, P.; De Hoon, M.J.L.:
  "Comparative transcriptomics of primary cells in vertebrates"
  Genome Research 30, 951-961 (2020).
• 9. Guigo, R.; De Hoon, M.:
  "Recent advances in functional genome analysis"
  F1000Research 2018, 7(F1000 Faculty Rev): 1968 (2018).
• 10. De Rie, D.; Abugessaisa, I.; Alam, T.; Arner, E.; Arner, P.; Ashoor, H.; Åström, G.; Babina, M.; Bertin, N.; Burroughs, A.M.; Carlisle, A.J.; Daub, C.O.; Detmar, M.; Deviatiiarov, R.; Fort, A.; Gebhard, C.; Goldowitz, D.; Guhl, S.; Ha, T.J.; Harshbarger, J.; Hasegawa, A.; Hashimoto, K.; Herlyn, M.; Heutink, P.; Hitchens, K.J.; Hon, C.C.; Huang, E.; Ishizu, Y.; Kai, C.; Kasukawa, T.; Klinken, P.; Lassmann, T.; Lecellier, C.H.; Lee, W.; Lizio, M.; Makeev, V.; Mathelier, A.; Medvedeva, Y.A.; Mejhert, N.; Mungall, C.J.; Noma, S.; Ohshima, M.; Okada-Hatakeyama, M.; Persson, H.; Rizzu, P.; Roudnicky, F.; Sætrom, P.; Sato, H.; Severin, J.; Shin, J.W.; Swoboda, R.K.; Tarui, H.; Toyoda, H.; Vitting-Seerup, K.; Winteringham, L.; Yamaguchi, Y.; Yasuzawa, K.; Yoneda, M.; Yumoto, N.; Zabierowski, S.; Zhang, P.G.; Wells, C.A.; Summers, K.M.; Kawaji, H.; Sandelin, A.; Rehli, M.; The FANTOM Consortium, Hayashizaki, Y.; Carninci, P.; Forrest, A.R.R.; De Hoon, M.J.L.:
  "An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse"
  Nature Biotechnology 35, 872-878 (2017).

Related Links

Lab Members

Contact Information