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2020年3月3日

筑波大学
理化学研究所

見逃されていた細胞ごとのばらつきを可視化するソフトウェアを開発

国立大学法人筑波大学 医学医療系・人工知能科学センターの尾崎遼准教授(国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員主幹研究員)、国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センターの二階堂愛チームリーダーらの研究グループは、1細胞RNAシーケンス法(1細胞RNA-seq)データのリードカバレッジの細胞間変動(細胞ごとのばらつき)を可視化するソフトウェア「Millefy(ミルフィー)」を開発しました。

1細胞RNA-seqデータのリードカバレッジには、既知・新規転写単位、正常・異常スプライシング、アンチセンスRNAやエンハンサーRNAの発現などの様々なRNA関連生命現象が反映されています。これらの生命現象の細胞間変動は、発生・再生過程や疾患において観察される、細胞間での機能の違いに寄与すると考えられるため、リードカバレッジの細胞間変動の可視化は、疾患機序解明やバイオマーカー探索において重要です。しかし、これを効果的に捉えるデータ可視化手法はこれまで存在しませんでした。

本研究では、リードカバレッジの細胞間変動を可視化するソフトウェア「Millefy(ミルフィー)」を開発しました。Millefyを、既報のマウス胚性幹細胞(ES細胞)およびトリプルネガティブ乳がん患者由来上皮細胞の1細胞RNA-seqデータに適用したところ、アンチセンスRNAの制御、エンハンサーRNAの発現、非翻訳領域長といった、遺伝子発現量だけでは発見・解釈が困難な細胞間変動を明らかにできることがわかりました。

本研究の成果は、発生・再生研究、がんなどの疾患研究、神経科学といった、1細胞RNA-seqが盛んに用いられている分野において、バイオマーカーの探索や新規機序の発見に貢献すると期待されます。

詳細は筑波大学のホームページをご覧ください。

報道担当

理化学研究所 広報室 報道担当
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