国立大学法人筑波大学 医学医療系・人工知能科学センターの尾崎遼准教授（国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員主幹研究員）、国立研究開発法人理化学研究所 生命機能科学研究センターの二階堂愛チームリーダーらの研究グループは、1細胞RNAシーケンス法（1細胞RNA-seq）データのリードカバレッジの細胞間変動（細胞ごとのばらつき）を可視化するソフトウェア「Millefy（ミルフィー）」を開発しました。
1細胞RNA-seqデータのリードカバレッジには、既知・新規転写単位、正常・異常スプライシング、アンチセンスRNAやエンハンサーRNAの発現などの様々なRNA関連生命現象が反映されています。これらの生命現象の細胞間変動は、発生・再生過程や疾患において観察される、細胞間での機能の違いに寄与すると考えられるため、リードカバレッジの細胞間変動の可視化は、疾患機序解明やバイオマーカー探索において重要です。しかし、これを効果的に捉えるデータ可視化手法はこれまで存在しませんでした。
本研究では、リードカバレッジの細胞間変動を可視化するソフトウェア「Millefy（ミルフィー）」を開発しました。Millefyを、既報のマウス胚性幹細胞（ES細胞）およびトリプルネガティブ乳がん患者由来上皮細胞の1細胞RNA-seqデータに適用したところ、アンチセンスRNAの制御、エンハンサーRNAの発現、非翻訳領域長といった、遺伝子発現量だけでは発見・解釈が困難な細胞間変動を明らかにできることがわかりました。
本研究の成果は、発生・再生研究、がんなどの疾患研究、神経科学といった、1細胞RNA-seqが盛んに用いられている分野において、バイオマーカーの探索や新規機序の発見に貢献すると期待されます。
詳細は筑波大学のホームページをご覧ください。
報道担当
理化学研究所 広報室 報道担当
お問い合わせフォーム