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計算科学研究センター 生命・医科学アプリインターフェース基盤開発ユニット

ユニットリーダー 松永 康佑（D.Sc.）

研究概要

松永 康佑

生体高分子の構造とダイナミクスは生命活動の維持を担っているだけでなく疾患にも関連していることが多く、それらの詳細を観察し理解することは重要です。我々は、近年発達している強力な実験手法であるHigh-Speed AFMやCryo-EM/ET等の最先端の計測技術で得られる計測データと、シミュレーションデータをシームレスに組み合わせるためのAI基盤技術を開発し、生体分子構造・ダイナミクスの詳細を観察するためのアプリインターフェイスやワークフローを提供します。また、高性能計算による科学研究のために開発されたソフトウェアとAIを結びつけるためのアプリインターフェイス基盤を開発しています。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 化学
  • 複合領域

キーワード

  • 統合モデリング
  • データ同化
  • 分子動力学シミュレーション

主要論文

  • 1. J. Jung, K. Yagi, C. Tan, H. Oshima, T. Mori, I.Yu, Y. Matsunaga,C. Kobayashi, S. Ito, D. Ugarte La Torre, Y. Sugita*
    "GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and QM/MM models",
    J. Phys. Chem. B. 128, 6028-6048 (2024).
  • 2. *T. Ishizone*, Y. Matsunaga, S. Fuchigami, and K. Nakamura
    "Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior",
    J. Chem. Theory Comput. 20, 436-450 (2023).
  • 3. *Y. Matsunaga*, S. Fuchigami, T. Ogane, and S. Takada
    "End-to-End Differentiable Blind Tip Reconstruction for Noisy Atomic Force Microscopy Images",
    Sci. Rep. 13, 129 (2023)
  • 4. Y. Matsunaga, M. Kamiya, H. Oshima, J. Jung, S. Ito, and Y. Sugia*
    "Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation*,
    Biophys. Rev. 14, 1503-1512 (2022).
  • 5. T. Ogane, D. Noshiro, T. Ando, A. Yamashita, Y. Sugita, and Y. Matsunaga*
    "Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images*,
    PLoS Comput. Biol. 18, e1010384 (23 pages) (2022).
  • 6. Y. Matsunaga, and Y. Sugita*
    "Use of single-molecule time-series data for refining conformational dynamics in molecular simulations*,
    Curr. Opin. Struct. Biol. 61, 153-159 (2020).
  • 7. Y. Matsunaga, and Y. Sugita*,
    "Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning*,
    eLife 7, e32668 (2018).
  • 8. Y. Matsunaga, and Y. Sugita*,
    "Refining Markov State Models for conformational dynamics using ensemble-averaged data and time-series trajectories*,
    J. Chem. Phys. 148, 241731 (2018).

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

松永 康佑
ユニットリーダー

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町6-7-1
融合連携イノベーション推進棟（IIB）
Email: ymatsunaga@riken.jp

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