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計算科学研究センター AI創薬連携基盤ユニット

ユニットリーダー 奥野 恭史(Ph.D.)

研究概要

奥野 恭史(Ph.D.)

当ユニットは、実践的な創薬に適用できるAIやシミュレーション技術を開発し、HPC/AI駆動型生命科学統合プラットフォームの構築を行います。また、理化学研究所 創薬・医療技術基盤プログラム(DMP)や他機関との連携、共同研究を通じて、当部門で開発したHPC/AI 技術を実践的な創薬に応用します。

研究主分野

  • 医歯薬学

研究関連分野

  • 情報学
  • 複合領域
  • 総合理工

キーワード

  • 創薬
  • 人工知能
  • 深層学習
  • スーパーコンピュータ
  • 分子シミュレーション

主要論文

  • 1. Araki M, Matsumoto S, Bekker G.J, Isaka Y, Sagae Y, Kamiya N, Okuno Y:
    "Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics"
    Nature Communications. 12:2793, 2021.
  • 2. Mizuta H, Okada K, Araki M, Adachi J, Takemoto A, Kutkowska J, Maruyama K, Yanagitani N, Oh-hara T, Watanabe K, Tamai K, Friboulet L, Katayama K, Ma B, Sasakura Y, Sagae Y, Kukimoto-Niino M, Shirouzu M, Takagi S, Simizu S, Nishio M, Okuno Y, Fujita N, Katayama R:
    "Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer"
    Nature Communications. 12:1261, 2021.
  • 3. Saito Y, Koya J, Araki M, Kogure Y, Shingaki S, Tabata, M, McClure M, Yoshifuji K, Matsumoto S, Isaka Y, Tanaka H, Kanai T, Miyano S, Shiraishi Y, Okuno Y, Kataoka K:
    "Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes invasive bladder cancer"
    Nature. 582:95-99, 2020.
  • 4. Ono F, Chiba S, Isaka Y, Matsumoto S, Ma B, Katayama R, Araki M, Okuno Y:
    "Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method"
    Scientific Reports. 2:2161, 2020.
  • 5. Kanada R, Tokuhisa A, Tsuda K, Okuno Y, Terayama K:
    "Exploring Successful Parameter Region for Coarse-Grained Simulation of Biomolecules by Bayesian Optimization and Active Learning"
    Biomolecules, 10 (3) 482, 2020.
  • 6. Ikemura S, Yasuda H, Matsumoto S, Kamada M, Hamamoto J, Masuzawa K, Kobayashi K, Manabe T, Arai D, Nakachi I, Kawada I, Ishioka K, Nakamura M, Namkoong H, Naoki K, Ono F, Araki M, Kanada R, Ma B, Hayashi Y, Mimaki S, Yoh K, Kobayashi S, Kohno T, Okuno Y, Goto K, Tsuchihara K, Soejima K:
    "Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 116 (20):10025-10030, 2019.
  • 7. Okada K, Araki M, Sakashita T, Ma B, Kanada R, Yanagitani N, Horiike A, Koike S, Oh-Hara T, Watanabe K, Tamai K, Maemondo M, Nishio M, Ishikawa T, Okuno Y, Fujita N, Katayama R:
    "Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance"
    EBioMedicine, 41, 105-119, 2019.
  • 8. Nakaoku T, Kohno T, Araki M, Niho S, Chauhan R, Knowles PP, Tsuchihara K, Matsumoto S, Shimada Y, Mimaki S, Ishii G, Ichikawa H, Nagatoishi S, Tsumoto K, Okuno Y, Yoh K, McDonald NQ, Goto K:
    "A secondary RET mutation in the activation loop conferring resistance to vandetanib"
    Nature Communications. 9 (1):625, 2018.
  • 9. Uchibori K, Inase N, Araki M, Kamada M, Sato S, Okuno Y, Fujita N, Katayama R:
    "Brigatinib combined with anti-EGFR antibody overcomes osimertinib resistance in EGFR-mutated non-small-cell lung cancer"
    Nature Communications. 8:14768, 2017.
  • 10. Kawai R, Chiba S, Okuwaki K, Kanada R, Doi H, Ono M, Mochizuki Y, Okuno Y:
    "Stabilization mechanism for a nonfibrillar amyloid β oligomer based on formation of a hydrophobic core determined by dissipative particle dynamics."
    ACS Chemical Neuroscience. 11(3):385-394, 2020.

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

奥野 恭史
ユニットリーダー

メンバー

大田 雅照
上級研究員
金田 亮
上級研究員
井阪 悠太
特別研究員

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-26
Email: yasushi.okuno [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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