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計算科学研究センター 分子デザイン計算知能ユニット

ユニットリーダー 池口 満徳(Ph.D.)

研究概要

池⼝ 満徳

分子デザイン計算知能ユニットでは、今まで薬剤の開発が難しかった、動きがあり複雑な生体分子について、分子シミュレーションと人工知能を連携させ、生体系を制御する低・中・高分子を設計する方法の開発を目指しています。分子シミュレーションに、人工知能の方法を取り入れることで、精度と効率向上を目指した新たな方法開発を行っています。さらに、従来の低分子だけでなく、ニューモダリティの創薬として、ペプチドなどの中分子や、抗体などの高分子を薬剤として用いる技術にも取り組んでいます。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 情報学
  • 医歯薬学

キーワード

  • 分子シミュレーション
  • 人工知能
  • 機械学習
  • インシリコ創薬

主要論文

  • 1. Shigeyuki Matsumoto, Hiroaki Iwata, Yuta Isaka, Ryo Kanada, Shoichi Ishida, Biao Ma, Yoshinobu Akinaga, Mitsugu Arakia, Shuntaro Chiba, Kei Terayama, Ryosuke Kojima, Atsushi Tokuhisab, Yohei Haradaa,Kazuhiro Takemurae, Teruki Honmac, Akio Kitao eand Yasushi Okuno:
    "Precision spatiotemporal analysis of large-scale compound–protein interactions through molecular dynamics simulation"
    PNAS Nexus, 4: pgaf094. (2025).
  • 2. Kaho Shionoya, Jae-Hyun Park, Toru Ekimoto, Junko S. Takeuchi, Junki Mifune, Takeshi Morita, Naito Ishimoto, Haruka Umezawa, Kenichiro Yamamoto, Chisa Kobayashi, Atsuto Kusunoki, Norimichi Nomura, So Iwata, Masamichi Muramatsu, Jeremy R. H. Tame, Mitsunori Ikeguchi, Sam-Yong Park, Koichi Watashi:
    "Structural basis for hepatitis B virus restriction by a viral receptor homologue"
    Nature Communications, 15: 9241. (2024).
  • 3. Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno:
    "Molecular dynamics unveils multiple-site binding of inhibitors with reduced activity on the surface of dihydrofolate reductase"
    Journal of the American Chemical Society, 146(42): 28685–28695. (2024).
  • 5. Masao Inoue, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, and Mitsunori Ikeguchi:
    "Computational Analysis of Activation of Dimerized Epidermal Growth Factor Receptor Kinase Using the String Method and Markov State Model"
    Journal of Chemical Information and Modeling, 64(9): 3884-3895. (2024).
  • 6. Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno:
    "Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model"
    Journal of Chemiccal Theory and Computation,20(1): 7-17, (2024).
  • 7. Naoki Ogawa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi:
    "Conformational Selectivity of ITK Inhibitors: Insights from Molecular Dynamics Simulations”
    Journal of Chemical Information and Modeling,63(24): 7860-7872, (2023).
  • 8. Alex Zhu,Shuntaro Chiba,Yuki Shimizu,Katsuhiko Kunitake,Yasushi Okuno,Yoshitsugu Aoki,Toshifumi Yokota:
    "Ensemble-Learning and Feature Selection Techniques for Enhanced Antisense Oligonucleotide Efficacy Prediction in Exon Skipping"
    Pharmaceutics, 15, 7, 1808, 2023.
  • 9. Hideaki Ohtomo, Tsutomu Yamane, Takashi Oda, Noriyuki Kodera, Jun-ichi Kurita, Yasuo Tsunaka, Romain Amyot, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura:
    "Dynamic Solution Structures of Whole Human NAP1 Dimer Bound to One and Two Histone H2A-H2B Heterodimers Obtained by Integrative Methods"
    Journal of Molecular Biology, 435(15): 168189. (2023).
  • 10. Tsutomu Yamane,Takahiro Nakayama,Toru Ekimoto,Masao Inoue,Keigo Ikezaki ,Hiroshi Sekiguchi,Masahiro Kuramochi,Yasuo Terao,Ken Judai,Minoru Saito ,Mitsunori Ikeguchi,Yuji C. Sasaki:
    "Comparison of the Molecular Motility of Tubulin Dimeric Isoforms: Molecular Dynamics Simulations and Diffracted X-ray Tracking Study"
    International Journal of Molecular Sciences, 24(20): 15423. (2023).

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

池口 満徳
ユニットリーダー

メンバー

山根 努
上級研究員
千葉 峻太朗
研究員
宮崎 翔
テクニカルスタッフⅠ

採用情報

募集職種 応募締切
研究員(無期雇用職)募集(25-974) 2025年9月5日
パートタイマー募集(25-916) ポストが決まり次第
テクニカルスタッフⅠまたはⅡ募集(Y25005) ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
中央研究棟
Email: mitsunori.ikeguchi@riken.jp

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