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計算科学研究センター 分⼦デザイン計算知能ユニット

ユニットリーダー 池口 満徳(Ph.D.)

研究概要

池⼝ 満徳

分子デザイン計算知能ユニットでは、今まで薬剤の開発が難しかった、動きがあり複雑な生体分子について、分子シミュレーションと人工知能を連携させ、生体系を制御する低・中・高分子を設計する方法の開発を目指しています。分子シミュレーションに、人工知能の方法を取り入れることで、精度と効率向上を目指した新たな方法開発を行っています。さらに、従来の低分子だけでなく、ニューモダリティの創薬として、ペプチドなどの中分子や、抗体などの高分子を薬剤として用いる技術にも取り組んでいます。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 情報学
  • 医歯薬学

キーワード

  • 分子シミュレーション
  • 人工知能
  • 機械学習
  • インシリコ創薬

主要論文

  • 1.Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta.:
    "Comprehensive 3D‐RISM analysis of the hydration of small molecule binding sites in ligand‐free protein structures"
    J. Comput. Chem. 41(28): 2406-2419 (2020).
  • 2.Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda, Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno, Kaori Fukuzawa, and Teruki Honma.:
    "High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning"
    J Chem Inf Model. 60 (7): 3361-3368 (2020).
  • 3.Shuntaro Chiba, Aki Tanabe, Makoto Nakakido, Yasushi Okuno, Kouhei Tsumoto, Masateru Ohta.:
    "Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis"
    Sci Rep. 10(1):17590 (2020).
  • 4Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita.:
    "Comparison based on statistical thermodynamics between globule-to-coil transition of poly(N-isopropylacrylamide) and cold denaturation of a protein"
    J. Mol. Liq. 317, 114129 (2020).
  • 5Takahiro Muraoka, Daiki Noguchi, Rinshi S. Kasai, Kohei Sato, Ryo Sasaki, Kazuhito V. Tabata, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Kiyoto Kamagata, Norihisa Hoshino, Hiroyuki Noji, Tomoyuki Akutagawa, Kazuaki Ichimura, Kazushi Kinbara.:
    "A synthetic ion channel with anisotropic ligand response"
    Nat Commun. 11(1):2924 (2020).
  • 6.Satomi Kori, Tomohiro Jimenji, Toru Ekimoto, Miwa Sato, Fumie Kusano, Takashi Oda, Motoko Unoki, Mitsunori Ikeguchi, Kyohei Arita.:
    "Serine 298 Phosphorylation in Linker 2 of UHRF1 Regulates Ligand-Binding Property of Its Tandem Tudor Domain"
    J. Mol. Biol. 432, 4061-4075 (2020).
  • 7.Shuntaro Chiba, Yasushi Okuno, Teruki Honma, Mitsunori Ikeguchi.:
    "Force-field parametrization based on radial and energy distribution functions"
    J. Comput. Chem. 40 (29): 2577-2585 (2019).
  • 8.Masao Inoue, Tomohiko, Hayashi, Simon Hikiri, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita.:
    "Mechanism of globule-to-coil transition of poly(N-isopropylacrylamide) in water: Relevance to cold denaturation of a protein"
    J. Mol. Liquids, 292, 111374 (2019).
  • 9.Tatsuya Yamada, Tomohiko Hayashi, Simon Hikiri, Naohiro Kobayashi, Hiroshi Yanagawa, Mitsunori Ikeguchi, Masato Katahira, Takashi Nagata, and Masahiro Kinoshita.:
    "How does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM2?"
    J. Chem. Inf. Model. 59(8) 3533–3544 (2019).
  • 10.Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi.:
    "Elimination of finite-size effects on binding free energies via the warp-drive method"
    J. Chem. Theory Comput. 14, 6544-6559 (2018).

メンバーリスト

主宰者

池口 満徳
ユニットリーダー

メンバー

山根 努
上級研究員
千葉 峻太朗
研究員

お問い合わせ先


Email: mitsunori.ikeguchi [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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