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生命機能科学研究センター 創薬先端計算科学基盤ユニット

基盤ユニットリーダー 泰地 真弘人(D.Sci.)

研究概要

泰地 真弘人 (D.Sci.)

本基盤では、創薬研究の推進のため「大規模・高速スパコン利用先端計算科学技術によるインシリコ創薬の確立とその応用」を図ります。インシリコ創薬を高精度化するために水溶液中のタンパク質-低分子化合物の複合体構造の動態を考慮し、高精度な結合親和性を予測する分子シミュレーション技術を実現します。薬物候補化合物の分子レベルにおける理解・究明を深め、また、有望化合物構造式の特定(生成・選択)に役立てます。

研究主分野

  • 情報学

研究関連分野

  • 医歯薬学

キーワード

  • 計算創薬
  • 計算化学
  • 高性能計算
  • 専用計算機
  • 分子動力学計算

主要論文

  • 1.Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga and Makoto Taiji:
    "Evaluation of protein–ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations."
    Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. Nov.7, pp.1-11 (2016)
  • 2.Junya Yamagishi, Noriaki Okimoto, Gentaro Morimoto and Makoto Taiji:
    "A New set of atomic Radii for Accurate Estimation of Solvation Free Energy by Poisson-Boltzmann Solvent Model."
    Journal of Computational Chemistry. Vol.35, Issue.29, pp.2132-2139 (2014)
  • 3.Hiroko X. Kondo, Noriaki Okimoto, Gentaro Morimoto, and Makoto Taiji:
    "Free-Energy Landscapes of Protein Domain Movements upon Ligand Bindin."
    J. Phys. Chem. Vol.115, No.23, pp.7629-7636 (2011)
  • 4.Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Hideyoshi Fuji1,3, Atsushi Suenaga, Gentaro Morimoto, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Tetsu Narumi, and Makoto Taiji:
    "High-Performance Drug Discovery: Computational Screening by Combining Docking and Molecular Dynamics Simulations."
    PLoS Comput Biol Vol.5(10): e1000528. doi:10.1371/journal.pcbi.1000528 (2009)
  • 5.Atsushi Suenaga, Naoki Takada, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Kentaro Tomii, Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya, and Makoto Taiji:
    "Novel Mechanism of Interaction of p85 Subunit of Phosphatidylinositol 3-Kinase and ErbB3 Receptor-derived Phosphotyrosyl Peptides."
    THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 280, pp.1321-1326 (2005)
  • 6.Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Xiaomei Yu, Noriyuki Futatsugi, Tetsu Narumi,Kazuhiko Fukui, Takaho Terada, Makoto Taiji, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, and Akihiko Konagaya:
    "Molecular Dynamics, Free Energy, and SPR Analyses of the Interactions between the SH2 Domain of Grb2 and ErbB Phosphotyrosyl Peptides."
    Biochemistry Vol.42, pp.5195-5200 (2003)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

泰地 真弘人
基盤ユニットリーダー

メンバー

沖本 憲明
上級研究員
藤田 茂雄
上級研究員
平野 秀典
研究員
森本 元太郎
技師

お問い合わせ先

〒565-0874 大阪府吹田市古江台6-2-4
Email: taiji [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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