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バイオリソース研究センター（BRC®） ゲノム可塑性発生制御研究チーム

チームディレクター 坂下 陽彦（Ph.D.）

研究概要

坂下 陽彦

ひとつの細胞である受精卵が発生過程を経て個体を形成し、また生殖を通じて世代継承が行われるメカニズムの解明を目指します。発生・分化に伴うエピゲノムランドスケープおよび転写制御ネットワークの動態、トランスポゾン、クラスター遺伝子ならびに非コード領域の機能解析を通して、ゲノムに高度な可塑性をもたらす制御因子・分子ネットワークを明らかにしていきます。また、様々なモデル生物を用いた比較解析を通じて、動物ゲノムの可塑性を司る制御メカニズムの進化的多様性と保存性を追求します。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 農学
  • 情報学
  • 総合生物
  • 医歯薬学
  • 発生生物学関連
  • 分子生物学関連
  • ゲノム生物学関連

キーワード

  • 全能性制御
  • 初期胚発生
  • エピゲノム制御
  • トランスポゾン
  • 比較ゲノミクス

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. *Otsuka K., Sakashita A., Maezawa S., Schultz RM., Namekawa SH.
    "KRAB-zinc-finger proteins regulate endogenous retroviruses to sculpt germline transcriptome and genome evolution."
    Genome Res. In press (2025)
  • 2. *Guo Y., Kitano T., Inoue K., Murano K., Hirose M., Li TD., Sakashita A., Ishizu H., Ogonuki N., Matoba S., Sato M., Ogura A., Siomi H.
    "Obox4 promote zygotic genome activation upon loss of Dux."
    Elife Jun10:13:e95856. (2024)
  • 3. *Sakashita A, Ooga M, Otsuka K, Maezawa S, Takeuchi C, Wakayama S, Wakayama T, Namekawa SH.
    "Polycomb protein SCML2 mediates paternal epigenetic inheritance through sperm chromatin."
    Nucleic Acids Res. Jul 21;51(13):6668-6683. (2023)
  • 4. *Sakashita A, Kitano T, Ishizu H, Guo Y, Masuda H, Ariura M, Murano K, Siomi H.
    "Transcription of MERVL retrotransposons is required for preimplantation embryo development."
    Nat Genet. Mar;55(3):484-495. (2023)
  • 5. *Sakashita A, Takeuchi C, Maezawa S, Namekawa SH.
    "Bioinformatics Pipelines for Identification of Super-Enhancers and 3D Chromatin Contacts."
    Methods Mol Biol. : 2577:123-146. (2023)
  • 6. *Sakashita A., Ariura M., Namekawa SH.
    "CRISPR-mediated activation of transposable elements in embryonic stem cell."
    Methods Mol Biol. ;2509:171-194. (2022)
  • 7. *Sakashita A, Maezawa S, Takahashi K, Alavattam KG, Yukawa M, Hu YC, Kojima S, Parrish NF, Barski A, Pavlicev M, Namekawa SH.
    "Endogenous retroviruses drive species-specific germline transcriptomes in mammals."
    Nat Struct Mol Biol.; 27(10):967-977. (2020)
  • 8. *Maezawa S, Sakashita A (Co-first), Yukawa M, Chen X, Takahashi K, Alavattam KG, Nakata I, Weirauch MT, Barski A, Namekawa SH.
    "Super-enhancer switching drives a burst in gene expression at the mitosis-to-meiosis transition."
    Nat Struct Mol Biol.; 27(10):978-988. (2020)
  • 9. *Sakashita A, T Wakai, Y Kawabata, C Nishimura, Y Sotomaru, KG Alavattam, Namekawa SH, Kono T.
    "XY oocytes of sex-reversed females with a Sry mutation deviate from the normal developmental process beyond the mitotic stage."
    Biol Reprod.; 100(3):697-710. (2019)
  • 10. *Alavattam KG, Maezawa S, Sakashita A, Khoury H, Barski A, Kaplan N, Namekawa SH.
    "Attenuated chromatin compartmentalization in meiosis and its maturation in sperm development."
    Nat Struct Mol Biol.; 26(3):175-184. (2019)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

坂下 陽彦
チームディレクター

お問い合わせ先

〒305-0074 茨城県つくば市高野台3-1-1
Email: akihiko.sakashita@riken.jp

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