環境資源科学研究センター ホロビオント・レジリエンス研究チーム
チームディレクター 市橋 泰範（Ph.D.）
研究概要
生物は長い時間をかけて進化し、生息環境に適応してきました。その過程で人類は農業を発明し、自然界の生命の仕組みを利用して食料を生産してきました。しかし、近年では生態系への過度な介入が多くの環境問題を引き起こしています。人類が自然を支配するのではなく、人類と自然が調和するために、土壌-植物-微生物の複雑系をシステムレベルで解明し、エンジニアリングする研究を進めます。農業現場や自然環境のリアルワールドデータを活用し、ハイパフォーマンス・コンピューティングを駆使したコンバージェンス・サイエンスにより、環境問題の革新的な解決策に貢献します。
研究主分野
- 複合領域
研究関連分野
- 農学
- 情報学
- 環境学
- 総合生物
- 生物学
- 自然共生システム
- 植物栄養学・土壌学
- 応用微生物学
キーワード
- 植物-微生物共生
- フィールドマルチオミクス
- デジタルツイン
- 共生微生物
- 21世紀の緑の革命
主要論文
- 1.
Kuchikata H, Sano M, Fujiwara F, Murashima K, Kumaishi K, Narukawa M, Nose Y, Kobayashi M, Hamamoto S, Kobayashi NI, Sugiyama A, Nihei N, Ichihashi Y, Kusano M:
"Soil volatilomics uncovers tight linkage between soybean presence and soil omics profiles in agricultural fields"
Sci. Rep. 14, 20541 (2024) - 2.
Miyamoto H, Shigeta K, Suda W, Ichihashi Y, Nihei N, Matsuura M, Tsuboi A, Tominaga N, Aono M, Sato M, Taguchi S, Nakaguma T, Tsuji N, Ishii C, Matsushita T, Shindo C, Ito T, Kato T, Kurotani A, Shima H, Moriya S, Wada S, Horiuchi S, Satoh T, Mori K, Nishiuchi T, Miyamoto H, Kodama H, Hattori M, Ohno H, Kikuchi J, Yokota Hirai M:
"An agroecological structure model of compost – soil - plant interactions for sustainable organic farming"
ISME COMMUN. 3, 28 (2023) - 3.
Fujiwara F, Miyazawa K, Nihei N, Ichihashi Y:
"Agroecosystem Engineering Extended from Plant-Microbe Interactions Revealed by Multi-Omics Data"
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 87(1), 21-27 (2023) - 4.
Dang T, Kumaishi K, Usui E, Kobori S, Sato T, Toda Y, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Ichihashi Y, Iwata H:
"Stochastic variational variable selection for high-dimensional microbiome data"
Microbiome 10(1), 236 (2022) - 5.
Kumaishi K, Usui E, Suzuki K, Kobori S, Sato T, Toda Y, Takanashi H, Shinozaki S, Noda M, Takakura A, Matsumoto K, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Iwata H, Ichihashi Y:
"High throughput method of 16S rRNA gene sequencing library preparation for plant root microbial community profiling"
Sci. Rep. 12, 19289 (2022) - 6.
Fujii T, Minami M, Watanabe T, Sato Takumi Kumaishi K, Ichihashi Y:
"Characterization of inter-annual changes in soil microbial lora of Panax ginseng cultivation fields in Shimane Prefecture of Western Japan by DNA metabarcoding using next-generation sequencing"
J. Nat. Med. 75, 1067–1079 (2021) - 7.
Ichihashi Y, Date Y, Shino A, Shimizu T, Shibata A, Kumaishi K, Funahashi F, Wakayama K, Yamazaki K, Umezawa A, Sato T, Kobayashi M, Kamimura M, Kusano M, Che F-S, O`Brien M, Tanoi K, Hayashi M, Nakamura R, Shirasu K, Kikuchi J, Nihei N:
"Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield"
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 117(25), 14552-14560 (2020) - 8.
Notaguchi M, Kurotani K, Sato Y, Tabata R, Kawakatsu Y, Okayasu K, Sawai Y, Okada R, Asahina M, Ichihashi Y, Shirasu K, Suzuki T, Niwa M, Higashiyama T:
"Cell–cell adhesion in plant grafting is facilitated by β-1,4-glucanases"
Science 369(6504), 698-702 (2020) - 9.
Toju H, Peay KG, Yamamichi M, Narisawa K, Hiruma K, Naito K, Fukuda S, Ushio M, Nakaoka S, Onoda Y, Yoshida K, Schlaeppi K, Bai Y, Sugiura R, Ichihashi Y, Minamisawa K, Kiers ET:
"Core microbiomes for sustainable agroecosystems"
Nat. Plants 4, 247-257 (2018) - 10.
Ichihashi Y, Aguilar-Martínez JA, Farhi M, Chitwood DH, Kumar R, Millon LV, Peng J, Maloof JN, Sinha NR:
"Evolutionary developmental transcriptomics reveals a gene network module regulating interspecific diversity in plant leaf shape"
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 111(25): E2616-E2621 (2014)
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 市橋 泰範
- チームディレクター