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生命医科学研究センター遺伝子構造制御研究チーム

チームディレクター村川泰裕（M.D., Ph.D）

English Page

研究概要

当研究チームは、生体システムを1細胞レベルで網羅的に解析し、疾患メカニズムの解明や新たな治療標的の探索を目指しています。特に、次世代シーケンシング技術を基盤に、独自の革新的な空間オミックス手法の開発に注力しています。これにより、従来の手法では解析できなかった分子・細胞群を発見し、新たな生命現象・概念を明らかにし、健康の増進に貢献することを目標としています。

研究主分野

医歯薬学

研究関連分野

情報学
複合領域
生物学
ゲノム科学

キーワード

ゲノミクス
エンハンサー
バイオインフォマティクス
ゲノム医学
RNA生物学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

1. Oguchi A, Suzuki A, Komatsu S, Yoshitomi H, Bhagat S, Son R, Bonnal RJP, Kojima S, Koido M, Takeuchi K, Myouzen K, Inoue G, Hirai T, Sano H, Takegami Y, Kanemaru A, Yamaguchi I, Ishikawa Y, Tanaka N, Hirabayashi S, Konishi R, Sekito S, Inoue T, Kere J, Takeda S, Takaori-Kondo A, Endo I, Kawaoka S, Kawaji H, Ishigaki K, Ueno H, Hayashizaki Y, Pagani M, Carninci P, Yanagita M; ITEC Consortium; Parrish N, Terao C, Yamamoto K, Murakawa Y.
"An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases."
Science. 385(6704): eadd8394. (2024)
2. Hirabayashi S., Bhagat S., Matsuki Y., Takegami Y., Uehata T., Kanemaru A., Itoh M., Shirakawa K., Takaori-Kondo A., Takeuchi O., Carninci P., Katayama S., Hayashizaki Y., Kere J., Kawaji H., Murakawa Y.
"NET-CAGE Characterizes Dynamics and Topology of Human Transcribed Cis-regulatory Elements."
Nature Genetics, 51(9):1369-1379 (2019)
3. Yoshihara M., Araki A., Kasama Y., Sunayama M., Abe M., Nishida K., Kawaji H., Hayashizaki Y., Murakawa Y.
"Hotspots of de novo point mutations in induced pluripotent stem cells."
Cell Reports, 21:308-315. (2017)
4. Murakawa, Y., Yoshihara, M., Kawaji H., Nishikawa M., Zayed H., Suzuki H., Fantom Consortium, Hayashizaki Y.
"Enhanced identification of transcriptinal enhancers provides mechanistic insights into diseases."
Trends in Genetics 32:76-88. (2016)
5. *Murakawa, Y., Hinz, M., Mothes, J., Schuetz, A., Yasuda, T., Mastrobuoni, G., Friedel, C.C., Dolken, L., Kempa, S., Schmidt-Supprian, M., Heinemann, U., Wolf, J, Scheidereit, C., Landthaler, M.
"RC3H1 represses the IKK/NF-κB negative feedback regulator A20 by binding to a 3’UTR composite structure-sequence element."
Nature Communications, 6:7367. (2015)
6. *Mino, T., Murakawa, Y., Fukao, A., Vandenbon, A., Wessels, H., Ori, D., Uehata, T., Tartey, S., Akira, S., Suzuki, Y., Vinueesa, GG., Ohler, U., Standley, DM., Landthaler, M., Fujiwara, T., Takeuchi, O.
"Regnase-1 and Roquin Regulate a Common Element in Inflammatory mRNAs by Spatiotemporally Distinct Mechanisms."
Cell, 161 1058-1073. (2015)
7. *Rybak-Wolf, A. (#), Jens, M. (#), Murakawa, Y. (#), Herzog, M., Landthaler, M., Rajewsky, N.
"A variety of Dicer substrates in human and C.elegans."
Cell, 159 1153-1167. (2014)
8. *Schuetz, A., Murakawa, Y., Rosenbaum, E., Landthaler, M., Heinemann, U.
"Roquin binding to stem-loop mRNAs induces protein dimerization and involves a winged helix-turn-helix motif."
Nature Communications, 5 5701. (2014)
9. *Baltz, AG., Munschauer, M., Schwanhausser, B., Vasile, A., Murakawa, Y., Schueler, M., Youngs, N., Penfold-Brown, D., Drew, K., Milek, M., Wyler, E., Bonneau, R., Selbach, M., Dieterich, C., Landthaler, M.
"The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts."
Molecular Cell, 46 674-690. (2012)
10. *Murakawa, Y., Sonoda, E., Barber, L.J., Zeng, W., Yokomori, K., Kimura, H., Niimi, A., Lehmann, A., Zhao, G.Y., Hochegger, H., Boulton, SJ., Takeda, S.
"Inhibitors of the proteasome suppress homologous DNA recombination in mammalian cells."
Cancer Research, 67, 8536-8543. (2007)