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生命医科学研究センター 細胞内構造ダイナミクス研究チーム

チームディレクター 西田 紀貴（Ph.D.）

研究概要

西田 紀貴

タンパク質の動的性質は、機能発現において重要な役割を果たします。さらに、液-液相分離（LLPS）などの高次構造体を形成して、細胞内現象の時空間的な機能制御や病態形成にも深く関与します。これらの現象は、in vitro解析では捉えきれない細胞特有の環境に依存しており、その解明には細胞内での直接観測が不可欠です。本研究チームでは、NMR法を中心に多様な構造解析手法を統合的に活用し、細胞内タンパク質の動的構造と機能発現機構を原子レベルで解明します。これにより、生命現象の理解と創薬への貢献を目指します。

研究主分野

  • 医歯薬学

研究関連分野

  • 総合生物
  • 構造生物化学
  • 生物物理学
  • 薬系分析および物理化学関連

キーワード

  • 構造生物学
  • 核磁気共鳴法
  • 動的構造平衡
  • 細胞内NMR
  • 創薬化学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. *Nishida N*, Zhao Q, Shimada I*
    "Bioreactor in-cell NMR: A powerful tool for observing intracellular biological events."
    Curr Opin Struct Biol. 93:103086 (2025)
  • 2. *Zhao Q, Shimada I*, Nishida N*
    "Real-Time Monitoring of RAS Activity Using In Vitro and In-Cell NMR Spectroscopy"
    Methods Mol Biol. 2797:237-252 (2024)
  • 3. *Watanabe K, Zhao Q, Iwatsuki R, Fukui R, Ren W, Sugita Y*, Nishida N*
    "Deciphering the Multi-state Conformational Equilibrium of HDM2 in the Regulation of p53 Binding: Perspectives from Molecular Dynamics Simulation and NMR Analysis"
    J Am Chem Soc. 146(14):9790-9800 (2024)
  • 4. *Zhao Q, Haga R, Tamura S, Shimada I, Nishida N*
    "Real-time monitoring of the reaction of KRAS G12C mutant specific covalent inhibitor by in vitro and in-cell NMR spectroscopy"
    Sci Rep 13, 19253 (2023)
  • 5. *Nishide G, Lim K, Tamura M, Kobayashi A, Zhao Q, Hazawa M, Ando T, Nishida N*, Wong RW*
    "Nanoscopic Elucidation of Spontaneous Self-Assembly of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Open Reading Frame 6 (ORF6) Protein"
    J Phys Chem Lett. 14(38):8385-8396 (2023)
  • 6. *Zhao Q, Fujimiya R, Kubo S, Marshall CB, Ikura M, Shimada I*, Nishida N*
    "Real-time In-cell NMR Reveals the Intracellular Modulation of GTP-bound Levels of RAS"
    Cell Rep. 32, 108074 (2020)
  • 7. *Nishida N, Komori Y, Takarada O, Kubo S, Tamura S, Shimada I*, Kikkawa M*
    "Structural basis for two-way communication between dynein and microtubules."
    Nat Commun. 11, 1038 (2020)
  • 8. *Nishida N, Ito Y*, Shimada I*
    "in situ structural biology by in-cell NMR"
    Biochim Biophys Acta Gen Subj. 1864(2):129421 (2020)
  • 9. *Mochizuki A, Saso A, Zhao Q, Kubo S, Nishida N*, *Shimada I*
    "Balanced Regulation of Redox Status of Intracellular Thioredoxin Revealed by in-Cell NMR."
    J Am Chem Soc. 140:3784-3790 (2018)
  • 10. *Huang S, Umemoto R, Tamura Y, Kofuku Y, Uyeda TQ, Nishida N, Shimada I*
    "Utilization of paramagnetic relaxation enhancements for structural analysis of actin-binding proteins in complex with actin"
    Sci Rep. 6, 33690, (2016)

メンバーリスト

主宰者

西田 紀貴
チームディレクター

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Email: ims-web@riken.jp

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