研究概要

主要論文

• 1.Hon C.C., Ramilowski, J.A., Harshbarger, J., Bertin, N., Rackham, O.J., Gough, J., Denisenko, E., Schmeier, S., Poulsen, T.M., Severin, J., Lizio, M., Kawaji, H., Kasukawa, T., Itoh, M., Burroughs, A.M., Noma, S., Djebali, S., Alam, T., Medvedeva, Y.A., Testa, A.C., Lipovich, L., Yip, C.W., Abugessaisa, I., Mendez, M., Hasegawa, A., Tang, D., Lassmann, T., Heutink, P., Babina, M., Wells, C.A., Kojima, S., Nakamura, Y., Suzuki, H., Daub, C.O., de Hoon, M.J., Arner, E., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A.R.:
  "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
  Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
• 2.Lizio, M., Harshbarger, J., Abugessaisa, I., Noguchi, S., Kondo, A., Severin, J., Mungall, C., Arenillas, D., Mathelier, A., Medvedeva, Y.A., Lennartsson, A., Drabløs, F., Ramilowski, J.A., Rackham, O., Gough, J., Andersson, R., Sandelin, A., Ienasescu, H., Ono, H., Bono, H., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A.R.:
  "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
  Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
• 3.Abugessaisa, I., Shimoji, H., Sahin, S., Kondo, A., Harshbarger, J., Lizio, M., Hayashizaki, Y., Carninci, P.; FANTOM consortium, Forrest, A., Kasukawa, T., Kawaji, H.:
  "FANTOM5 transcriptome catalog of cellular states based on Semantic MediaWiki"
  Database (Oxford), baw105. (2016).
• 4.Medvedeva, Y.A., Lennartsson, A., Ehsani, R., Kulakovskiy, I.V., Vorontsov, I.E., Panahandeh, P., Khimulya, G., Kasukawa, T.; FANTOM Consortium, Drabløs, F.:
  "EpiFactors: a comprehensive database of human epigenetic factors and complexes"
  Database (Oxford), bav067. (2015).
• 5.Arner, E. et al.:
  "Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells."
  Science 347 (6225), 1010-1014. (2015).
• 6.Marina Lizio, Jayson Harshbarger, Hisashi Shimoji, Jessica Severin, Takeya Kasukawa, Serkan Sahin, Imad Abugessaisa, Shiro Fukuda, Fumi Hori, Sachi Ishikawa-Kato, et al.:
  "Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas."
  Genome Biol. 16, 22. (2015).
• 7.FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT).:
  "A promoter-level mammalian expression atlas."
  Nature 507 (7493), 462-470. (2014).
• 8.Kasukawa, T., Masumoto, K., Nikaido, I., Nagano, M., Uno, K.D., Tsujino, K., Hanashima, C., Shigeyoshi, Y., and Ueda, H.R.:
  "Quantitative Expression Profile of Distinct Functional Regions in the Adult Mouse Brain."
  PLoS ONE. 6(8), e23228. (2011).
• 9.Maeda, N., Kasukawa, T., Oyama, R., Gough, J., Frith, M., Engstrom, P.G., Lenhard, B., Aturaliya, R.N., Batalov, S., Beisel, K.W., Bult, C.J., Fletcher, C.F., Forrest, A., Furuno, M., Hill, D., Itoh, M., Kanamori-Katayama, M., Katayama, S., Katoh, M., Kawashima, T., Quackenbush, J., Ravasi, T., Ring, B.Z., Shibata, K., Sugiura. K., Takenaka, Y., Teasdale, R.D., Wells, C.A., Zhu, Y., Kai, C., Kawai, J., Hume, D.A., Carninci, P., and Hayashizaki, Y.:
  "Transcript annotation in FANTOM3: mouse gene catalog based on physical cDNAs."
  PLoS Genet. 2 (4), e62. (2006).
• 10.The FANTOM Consortium and RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group):
  "The Transcriptional Landscape of the Mammalian Genome."
  Science. 309, 1559-1563, (2005).

研究成果（プレスリリース）

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  2024年11月27日
  FANTOMウェブリソースの最新アップデート

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  2023年6月2日
  ヒト間葉系間質／幹細胞の中からその虚血環境下での血管内皮増殖因子（VEGF）の分泌機能において主役を演じる細胞群を同定することに成功

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  2022年7月7日
  ゲノム編集のための昆虫遺伝子機能アノテーションワークフローを開発

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  2020年12月14日
  FANTOMデータベースの最新アップデート

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  2019年6月25日
  転写開始点の標準データセットを構築

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