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生命医科学研究センター 共生微生物叢研究チーム

チームリーダー 須田 亙(D.Agr.)

研究概要

須田 亙

ヒトを含むあらゆる動物は微生物と共生しています。この共生微生物の集団(共生微生物叢)は宿主の生理機能と密接に関係し、疾患の発症にも大きな影響を与えることが知られています。共生微生物叢研究チームでは、微生物の遺伝子を網羅的に解析するメタゲノム解析等の微生物叢観測技術を高度化することで膨大なデータを収集しています。得られたデータに基づいて、疾患発症や恒常性維持に関わる共生微生物の発見や、その作用機序の解明に取り組み、共生微生物叢の普遍的性質の理解を目指します。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 応用微生物学関連
  • 細菌学関連
  • 農学
  • 医歯薬学
  • 情報学
  • 生物学
  • 複合領域

キーワード

  • メタゲノム
  • バイオインフォマティクス
  • マイクロバイオーム
  • 腸内細菌
  • データドリブン

主要論文

  • 1. Aiyoshi T, Kakihara T, Watanabe E, Tanaka N, Ogata Y, Masuoka H, Kurokawa R, Fujishiro J, Masumoto K, Suda W.:
    "A comprehensive microbial analysis of pediatric patients with acute appendicitis."
    J. Microbiol. Immunol. Infect. S1684-1182(23)00074-9 (2023)
  • 2. Kawamoto S, Uemura K, Hori N, Takayasu L, Konishi Y, Katoh K, Matsumoto T, Suzuki M, Sakai Y, Matsudaira T, Adachi T, Ohtani N, Standley DM, Suda W, Fukuda S, Hara E.:
    "Bacterial induction of B cell senescence promotes age-related changes in the gut microbiota."
    Nat. Cell Biol. 25(6):865-876 (2023)
  • 3. Nagata N, Takeuchi T, Masuoka H, Aoki R, Ishikane M, Iwamoto N, Sugiyama M, Suda W, Nakanishi Y, Terada-Hirashima J, Kimura M, Nishijima T, Inooka H, Miyoshi-Akiyama T, Kojima Y, Shimokawa C, Hisaeda H, Zhang F, Yeoh YK, Ng SC, Uemura N, Itoi T, Mizokami M, Kawai T, Sugiyama H, Ohmagari N, Ohno H.:
    "Human Gut Microbiota and Its Metabolites Impact Immune Responses in COVID-19 and Its Complications."
    Gastroenterology 164(2):272-288. (2023)
  • 4. Furuhashi H, Takayasu L, Isshi K, Hara Y, Ono S, Kato M, Sumiyama K, Suda, W.:
    "Effect of storage temperature and flash-freezing on salivary microbiota profiles based on 16S rRNA-targeted sequencing."
    Eur. J. Oral Sci., 130(2), e12852 (2022)
  • 5. Li Y, Watanabe E, Kawashima Y, Plichta DR, Wang Z, Ujike M, Ang QY, Wu R, Furuichi M, Takeshita K, Yoshida K, Nishiyama K, Kearney SM, Suda W, Hattori M, Sasajima S, Matsunaga T, Zhang X, Watanabe K, Fujishiro J, Norman JM, Olle B, Matsuyama S, Namkoong H, Uwamino Y, Ishii M, Fukunaga K, Hasegawa N, Ohara O, Xavier RJ, Atarashi K, Honda K.:
    "Identification of trypsin-degrading commensals in the large intestine."
    Nature 609(7927):582-589 (2022)
  • 6. Kiguchi Y, Nishijima S, Kumar N, Hattori M, Suda W.:
    "Long-read metagenomics of multiple displacement amplified DNA of low-biomass human gut phageomes by SACRA pre-processing chimeric reads."
    DNA Res. 28(6):dsab019 (2021)
  • 7. Masuoka H, Suda W, Tomitsuka E, Shindo C, Takayasu L, Horwood P, Greenhill AR, Hattori M, Umezaki M, Hirayama K.:
    "The influences of low protein diet on the intestinal microbiota of mice."
    Sci Rep. 10(1):17077 (2020)
  • 8. Miyauchi E, Kim SW, Suda W, Kawasumi M, Onawa S, Taguchi-Atarashi N, Morita H, Taylor TD, Hattori M, Ohno H.:
    "Gut microorganisms act together to exacerbate inflammation in spinal cords."
    Nature 585(7823):102-106 (2020)
  • 9. Takewaki D, Suda W, Sato W, Takayasu L, Kumar N, Kimura K, Kaga N, Mizuno T, Miyake S, Hattori M, Yamamura T.:
    "Alterations of the gut ecological and functional microenvironment in different stages of multiple sclerosis."
    Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 117(36):22402-22412 (2020)
  • 10. Suzuki Y, Nishijima S, Furuta Y, Yoshimura J, Suda W, Oshima K, Hattori M, Morishita S.:
    "Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut."
    Microbiome 7(1):119 (2019)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

須田 亙
チームリーダー

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