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計算科学研究センター バイオメディカル計算知能ユニット

ユニットリーダー 奥野 恭史(Ph.D.)

研究概要

奥野 恭史(Ph.D.)

当ユニットでは、シミュレーション-AI-実験の融合を図る研究開発を行い、HPC/AI駆動の新たな生命科学の創成を目指します。具体的には、シミュレーション-AI-実験の融合により、生体分子の立体構造・ダイナミクス・機能の予測、ネットワークアプローチによる疾患メカニズム解明と創薬標的分子の推定、また、基礎研究と臨床研究を橋渡しする統合手法の研究開発を行います。

研究主分野

  • 医歯薬学

研究関連分野

  • 情報学
  • 複合領域
  • 総合理工

キーワード

  • 医学
  • 創薬
  • 人工知能
  • シミュレーション
  • トランスレーショナル・リサーチ

主要論文

  • 1. Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki, Norihito Kawashita, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka:
    "Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy"
    Journal of Computational Chemistry 43(20) 1362-1371 2022
  • 2. Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Kei Terayama, Yuji Okamoto, Yasushi Okuno:
    "Single-Image Super-Resolution Improvement of X-ray Single-Particle Diffraction Images Using a Convolutional Neural Network"
    Journal of Chemical Information and Modeling 2022
  • 3. Nakamura K, Kojima R, Uchino E, Ono K, Yanagita M, Murashita K, Itoh K, Nakaji S, Okuno Y:
    "Health improvement framework for actionable treatment planning using a surrogate Bayesian model"
    Nature Communications. 12:3088, 2021.
  • 4. Matsumoto S, Ishida S, Araki M, Kato T, Terayama K, Okuno Y:
    "Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning"
    Nature Machine Intelligence. 3:153-160, 2021.
  • 5. Tanaka, Y, Higashihara, K, Nakazawa, M.A, Yamashita F, Tamada Y, Okuno Y:
    "Dynamic changes in gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection"
    Scientific Reports. 11:11241, 2021.
  • 6. Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda, Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma:
    "High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning."
    Journal of chemical information and modeling 60(7) 3361-3368 2020
  • 7. Kojima R, Ishida S, Ohta, M, Iwata H, Honma T, Okuno Y:
    "kGCN: a graph-based deep learning framework for chemical structure"
    Journal of Cheminformatics. 12:32, 2020.
  • 8. Tanaka Y, Tamada Y, Ikeguchi M, Yamashita F, Okuno Y:
    "System-based differential gene network analysis for characterizing sample-specific subnetwork"
    Biomolecules. 10(2):306, 2020.
  • 9. Tokuhisa, A, Kanada, R, Chiba, S, Terayama K, Isaka Y, Ma B, Kamiya N, Okuno Y:
    "Coarse-grained diffraction template matching model to retrieve multiconformational models for biomolecule structures from noisy diffraction patterns"
    Journal of Chemical Information and Modeling. 60(6): 2803-2818, 2020.
  • 10. Matsumoto S, Araki M, Isaka Y, Ono F, Hirohashi K, Ohashi S, Muto M, Okuno Y:
    "E487K-induced disorder in functionally relevant dynamics of mitochondrial aldehyde dehydrogenase 2"
    Biophysical Journal. 119(3):628-637, 2020.

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

奥野 恭史
ユニットリーダー

メンバー

德久 淳師
上級研究員
MA Biao
研究員

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-26
Email: yasushi.okuno [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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