計算科学研究センター バイオメディカル計算知能ユニット
ユニットリーダー 奥野 恭史(Ph.D.)
研究概要

当ユニットでは、シミュレーション-AI-実験の融合を図る研究開発を行い、HPC/AI駆動の新たな生命科学の創成を目指します。具体的には、シミュレーション-AI-実験の融合により、生体分子の立体構造・ダイナミクス・機能の予測、ネットワークアプローチによる疾患メカニズム解明と創薬標的分子の推定、また、基礎研究と臨床研究を橋渡しする統合手法の研究開発を行います。
研究主分野
- 医歯薬学
研究関連分野
- 情報学
- 複合領域
- 総合理工
キーワード
- 医学
- 創薬
- 人工知能
- シミュレーション
- トランスレーショナル・リサーチ
主要論文
- 1.
Nakamura K, Kojima R, Uchino E, Ono K, Yanagita M, Murashita K, Itoh K, Nakaji S, Okuno Y:
"Health improvement framework for actionable treatment planning using a surrogate Bayesian model"
Nature Communications. 12:3088, 2021. - 2.
Matsumoto S, Ishida S, Araki M, Kato T, Terayama K, Okuno Y:
"Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning"
Nature Machine Intelligence. 3:153-160, 2021. - 3.
Tanaka, Y, Higashihara, K, Nakazawa, M.A, Yamashita F, Tamada Y, Okuno Y
"Dynamic changes in gene-to-gene regulatory networks in response to SARS-CoV-2 infection"
Scientific Reports. 11:11241, 2021. - 4.
Kojima R, Ishida S, Ohta, M, Iwata H, Honma T, Okuno Y:
"kGCN: a graph-based deep learning framework for chemical structure"
Journal of Cheminformatics. 12:32, 2020. - 5.
Tanaka Y, Tamada Y, Ikeguchi M, Yamashita F, Okuno Y:
"System-based differential gene network analysis for characterizing sample-specific subnetwork"
Biomolecules. 10(2):306, 2020. - 6.
Tokuhisa, A, Kanada, R, Chiba, S, Terayama K, Isaka Y, Ma B, Kamiya N, Okuno Y
"Coarse-grained diffraction template matching model to retrieve multiconformational models for biomolecule structures from noisy diffraction patterns"
Journal of Chemical Information and Modeling. 60(6): 2803-2818, 2020. - 7.
Matsumoto S, Araki M, Isaka Y, Ono F, Hirohashi K, Ohashi S, Muto M, Okuno Y:
"E487K-induced disorder in functionally relevant dynamics of mitochondrial aldehyde dehydrogenase 2"
Biophysical Journal. 119(3):628-637, 2020. - 8.
Ishida S, Terayama K, Kojima R, Takasu K, Okuno Y:
"Prediction and interpretable visualization of retrosynthetic reactions using graph convolutional networks"
Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (12):5026-5033, 2019. - 9.
Terayama K, Tamura R, Nose Y, Hiramatsu H, Hosono H, Okuno Y, Tsuda K:
"Efficient construction method for phase diagrams using uncertainty sampling"
Physical Review Materials. 3(3):033802, 2019. - 10.
Terayama K, Iwata H, Araki M, Okuno Y, Tsuda K:
"Machine learning accelerates MD-based binding-pose prediction between ligands and proteins"
Bioinformatics. 34(5):770-778, 2018.
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 奥野 恭史
- ユニットリーダー
メンバー
- 德久 淳師
- 上級研究員
- MA Biao
- 研究員
お問い合わせ先
〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-26
Email: yasushi.okuno [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。